PDB-7qsx: Non-obligately L8S8-complex forming RubisCO derived from ancestra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qsx

タイトル

Non-obligately L8S8-complex forming RubisCO derived from ancestral sequence reconstruction and rational engineering in L8 complex

要素

RubisCO large subunit

リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

Ribulose 1 (リブロース) / 5-bisphosphate carboxylase/oxydase /

RubisCO (リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ)

機能・相同性

2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Zarzycki, J. / Schulz, L. / Erb, T.J. / Hochberg, G.K.A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Evolution of increased complexity and specificity at the dawn of form I Rubiscos.
著者: Luca Schulz / Zhijun Guo / Jan Zarzycki / Wieland Steinchen / Jan M Schuller / Thomas Heimerl / Simone Prinz / Oliver Mueller-Cajar / Tobias J Erb / Georg K A Hochberg /

要旨: The evolution of ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenases (Rubiscos) that discriminate strongly between their substrate carbon dioxide and the undesired side substrate dioxygen was an ...

履歴

登録	2022年1月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qsx.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qsx.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qsx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/7qsx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/7qsx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	14178C 7qsvC 7qswC 7qsyC 7qszC 7qt1C 7qviC 6uraS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#11 - 2000年11月ルビスコ (Rubisco) 類似性 (2)

登録構造単位

A: RubisCO large subunit

B: RubisCO large subunit

C: RubisCO large subunit

D: RubisCO large subunit

E: RubisCO large subunit

F: RubisCO large subunit

G: RubisCO large subunit

H: RubisCO large subunit

ヘテロ分子

412 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, 424 kDa measured by mass photometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.599, 159.197, 127.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.900, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	RubisCO large subunit / リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ分子量: 51097.797 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) Variant (発現宿主): ArcticExpress (DE3) 参照: リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ
#2: 糖	ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₁₃P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 705 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Purified enzyme (5 mg/mL) in 25 mM Tricine-NaOH, 75 mM NaCl, pH 8.0 was incubated at 3% (v/v) CO2 in air and 30 degrees C for 1 h in the presence of 0.2 mM CABP and 3.2 mM MgCl2. The enzyme ...詳細: Purified enzyme (5 mg/mL) in 25 mM Tricine-NaOH, 75 mM NaCl, pH 8.0 was incubated at 3% (v/v) CO2 in air and 30 degrees C for 1 h in the presence of 0.2 mM CABP and 3.2 mM MgCl2. The enzyme was then mixed in a 1:1 ratio with 0.1 M ammonium sulfate, 0.3 M sodium formate, 0.1 M sodium cacodylate , 3% (w/v) gamma-PGA, and 2% (w/v) PEG 3350, pH 6.5. Before flash freezing the crystals in liquid nitrogen PEG200 was added to the mother liquor as cryoprotectant to a final concentration of 40 % (w/v).

結晶

マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.35 %

結晶化

温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Purified enzyme (5 mg/mL) in 25 mM Tricine-NaOH, 75 mM NaCl, pH 8.0 was incubated at 3% (v/v) CO2 in air and 30 degrees C for 1 h in the presence of 0.2 mM CABP and 3.2 mM MgCl2. The enzyme ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873128 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.873128 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→29.889 Å / Num. all: 118081 / Num. obs: 118081 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6 % / R_pim(I) all: 0.119 / R_rim(I) all: 0.298 / R_sym value: 0.272 / Net I/av σ(I): 2.6 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 708705

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.7-2.85	6.2	0.821	0.9	107444	17291	0.353	0.895	0.821	2.2	100
2.85-3.02	6.2	0.661	1.1	100882	16313	0.285	0.721	0.661	2.7	100
3.02-3.23	6.1	0.505	1.4	93809	15342	0.219	0.551	0.505	3.6	100
3.23-3.49	6	0.363	2	86587	14316	0.157	0.396	0.363	5	100
3.49-3.82	6	0.256	2.8	78747	13146	0.112	0.28	0.256	6.8	100
3.82-4.27	6	0.18	3.9	71977	11940	0.078	0.197	0.18	9.1	99.9
4.27-4.93	5.9	0.147	4.8	62173	10505	0.065	0.161	0.147	10.3	99.8
4.93-6.04	5.6	0.177	3.9	49926	8858	0.08	0.195	0.177	8.2	99.4
6.04-8.54	5.7	0.148	4.7	39412	6902	0.066	0.163	0.148	9	99.6
8.54-29.889	5.1	0.092	7	17748	3468	0.043	0.101	0.092	11.3	91.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS	20210323	データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6URA

6ura

解像度: 2.7→29.889 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.76 / 位相誤差: 27.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2603	1999	1.69 %
R_work	0.2182	116026	-
obs	0.2189	118025	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 135.36 Å² / B_iso mean: 32.3019 Å² / B_iso min: 16.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→29.889 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28347	0	176	705	29228
B_iso mean	-	-	27.8	29.61	-
残基数	-	-	-	-	3597

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.7-2.77	0.365	143	0.278	8289	100
2.77-2.84	0.3031	143	0.264	8310	100
2.84-2.93	0.3123	142	0.2581	8255	100
2.93-3.02	0.3119	143	0.2597	8281	100
3.02-3.13	0.2962	143	0.2581	8276	100
3.13-3.25	0.2805	143	0.2382	8354	100
3.25-3.4	0.246	143	0.2326	8264	100
3.4-3.58	0.269	143	0.2269	8305	100
3.58-3.8	0.2758	143	0.2045	8322	100
3.8-4.1	0.2217	142	0.1943	8309	100
4.1-4.51	0.23	144	0.1913	8293	100
4.51-5.16	0.2169	143	0.1885	8341	100
5.16-6.49	0.2642	143	0.2152	8292	99
6.49-29.889	0.2395	141	0.1906	8135	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 22.029 Å / Origin y: -80.8588 Å / Origin z: 89.0077 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2319 Å²	0.0095 Å²	-0.003 Å²	-	0.1782 Å²	0.0079 Å²	-	-	0.1748 Å²
L	0.2061 °²	0.0686 °²	-0.0239 °²	-	0.2358 °²	0.0061 °²	-	-	0.1912 °²
S	-0.0096 Å °	-0.0036 Å °	0.0207 Å °	0.0063 Å °	0.0191 Å °	0.0222 Å °	-0.0125 Å °	-0.0046 Å °	-0.0086 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	6 - 455
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	500 - 510
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	6 - 455
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	500 - 510
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	6 - 455
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	500 - 510
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	6 - 455
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	500 - 510
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	6 - 510
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	6 - 510
11	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	6 - 455
12	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	500 - 510
13	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	6 - 510
14	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 705

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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