PDB-7qsu: Crystal structure of homing endonuclease-associated TliVMA intein...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qsu

タイトル

Crystal structure of homing endonuclease-associated TliVMA intein (C1A, d333-339)

要素

V-ATPase

キーワード

HYDROLASE / intein / protein splicing / endonuclease

生物種

Thermococcus litoralis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Beyer, H.M. / Iwai, H.

資金援助

デンマーク, 2件

引用

ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Structural Basis for the Propagation of Homing Endonuclease-Associated Inteins.
著者: Beyer, H.M. / Iwai, H.

履歴

登録	2022年1月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月6日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: refine / reflns / struct Item: _refine.pdbx_starting_model / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ..._refine.pdbx_starting_model / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.percent_possible_obs / _struct.title
改定 1.2	2022年4月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qsu.cif.gz	194.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qsu.ent.gz	130.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qsu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qsu_validation.pdf.gz	438.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qsu_full_validation.pdf.gz	440.5 KB	表示
XML形式データ	7qsu_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	7qsu_validation.cif.gz	22.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/7qsu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/7qsu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qssSC 7qstC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: V-ATPase

ヘテロ分子

42.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.570, 43.960, 72.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.620, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	V-ATPase 分子量: 42266.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: ...詳細: SGKAVDGNTLVLTEEFGLVKIKELYEKLDGKGRKTVEGNEEWTELETPVTVYGYRNGRIVGIKATHIYKGISSGMIEIRTRTGRKIKVTPIHKLFTGRVTKDGLALEEVMAMHIKPGDRIAVVKKIDGGEYVKLTTSPDFRKSRKIKVPEVLDEDLAEFLGYLIADGTLKPRTVAIYNNDESLLKRANFLSTKLFGINGKIVQERTVKALLIHSKPLVDFFRKLGIPESKKARNWKVPRELLLSPPSVVKAFINAYIVCDGYYHERKGEIEITTASEEGAYGLSYLLAKLGIYATFRKKQIKGKEYYRIAISGKTNLEKLGIKRETRGYTNIDIVILFDEVVEVKYIPEPQEVYDITTETHNFVGGNMPTLLHN 由来: (組換発現) Thermococcus litoralis (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 70% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→37.2 Å / Num. obs: 33640 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 38.75 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.858 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 1.9→2.01 Å / Num. unique obs: 5361 / CC_1/2: 0.793

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.1_3469	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7QSS

7qss

解像度: 1.9→37.2 Å / SU ML: 0.2023 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.1656
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2102	1682	5 %
R_work	0.1761	31953	-
obs	0.1778	33635	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2915	0	23	114	3052

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0082	3000
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.869	4044
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0616	460
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0054	503
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.1566	2551

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.95	0.3002	136	0.2658	2586	X-RAY DIFFRACTION	99.42
1.95-2.02	0.2764	139	0.2258	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.02-2.09	0.2578	140	0.2172	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.09-2.17	0.2595	139	0.204	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.27	0.2265	139	0.1897	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.39	0.2343	140	0.1803	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.54	0.2287	139	0.1862	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.74	0.2162	142	0.1871	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-3.01	0.2586	140	0.1853	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.01-3.45	0.2252	140	0.1812	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-4.35	0.2107	142	0.1546	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.35-37.2	0.1641	146	0.1644	2760	X-RAY DIFFRACTION	99.73

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.28420029376	0.234961350421	0.80217744108	3.40904887351	-1.88252588195	3.34534415339	0.0406695119691	0.395049548366	0.0845798736228	-0.338142344985	-0.368475793488	-0.385527524442	0.195593283241	0.656173453322	0.211505222176	0.242909072874	0.0424041692197	0.0309814744828	0.316879474852	0.0547491209186	0.319753861821	46.6874608297	-17.9901561022	49.9340400848
2	4.50435822402	0.156174070086	2.67762752656	1.49318017252	0.208984634108	3.17674273464	-0.148528465122	-0.0813331170909	0.500767321056	0.0401560149765	-0.210350038621	-0.0123637763571	-0.196138521798	-0.229635002341	0.399702301274	0.327959003997	0.0119646862568	0.0421310019851	0.236541658223	-0.00666968993208	0.268725812998	32.0937036831	-19.9240412594	57.7861924164
3	4.81736985754	0.745981077769	2.37267980705	2.94711577133	0.771935421345	4.48857829457	0.0619430457276	0.12023720883	-0.274269859047	0.0188381255286	-0.107374262726	0.173554915706	0.440399512003	-0.545116902836	0.0513418200122	0.318225459369	-0.0298315930817	0.0203657142822	0.407199477401	-0.104007574553	0.311847580696	13.4303513862	-29.6940556984	44.6855580976
4	3.72143728071	0.787060580772	0.477705606472	2.84362069678	-0.514969841249	3.090821755	0.11329229534	-0.34858100867	-0.0697064500511	0.334019514919	-0.0938613124766	0.0139589840617	0.141548967973	-0.31663337772	-0.0293192833763	0.27810785996	-0.024011193434	0.0114081893888	0.262514956819	-0.0511518554411	0.253275763459	26.1646980391	-26.3490295178	62.1889547031
5	3.72000840824	-0.0810071005088	0.697547264204	2.9492952861	-2.64193680341	4.41349942386	0.101377977553	0.218433673037	-0.0564201824759	-0.0606421161214	-0.454780006732	-0.439582773997	0.0333021602604	0.608786002769	0.257751222984	0.325777475095	0.00358082276664	0.00674501437522	0.286466340421	-0.000765384455558	0.343802367812	47.8531783902	-22.5011847414	57.896507595

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 89 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 90 through 167 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 168 through 235 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 236 through 332 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 333 through 371 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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