PDB-7qse: human Carbonic Anhydrase II in complex with N-(2-aminophenyl)-4-(...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qse

タイトル

human Carbonic Anhydrase II in complex with N-(2-aminophenyl)-4-((2-oxo-2-((4-sulfamoylbenzyl)amino)ethyl)amino)benzamide

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase / metalloenzyme / sulfonamide / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of dipeptide transmembrane transport / : / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.428 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: human Carbonic Anhydrase II in complex with N-(2-aminophenyl)-4-((2-oxo-2-((4-sulfamoylbenzyl)amino)ethyl)amino)benzamide
著者: Angeli, A. / Ferraroni, M.

履歴

登録	2022年1月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / struct Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qse.cif.gz	76.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qse.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qse.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/7qse ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/7qse	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fikS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.317, 41.243, 72.085
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.346, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EUM / ~{N}-(2-aminophenyl)-4-[[2-oxidanylidene-2-[(4-sulfamoylphenyl)methylamino]ethyl]amino]benzamide / N-(2-aminophenyl)-4-((2-oxo-2-((4-sulfamoylbenzyl)amino)ethyl)amino)benzamide 分子量: 453.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₃N₅O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.5 M sodium citrate, 0.1 M Tris pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.428→41.24 Å / Num. obs: 43568 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.029 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 32.9
反射シェル	解像度: 1.43→1.45 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.261 / Num. unique obs: 2006 / CC_1/2: 0.93 / R_pim(I) all: 0.184 / R_rim(I) all: 0.321 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FIK

4fik

解像度: 1.428→35.538 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / SU B: 0.802 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.057 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1642	2236	5.135 %
R_work	0.147	41312	-
all	0.148	-	-
obs	-	43548	96.905 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.597 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.115 Å²	-0 Å²	-0.108 Å²
2-	-	0.017 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.135 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.428→35.538 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2054	0	39	221	2314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	2174
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2002
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.999	1.633	2951
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.492	1.601	4637
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.237	5	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.541	23.645	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.737	15	352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.318	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	261
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	492
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	412
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	1933
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.062	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.289	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.249	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.49	1.28	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.49	1.282	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.191	1.921	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.19	1.924	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.768	1.592	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.767	1.591	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.2	2.265	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.199	2.265	1660
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.09	16.212	2402
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.971	15.826	2360

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.428-1.465	0.209	169	0.188	2921	X-RAY DIFFRACTION	93.5797
1.465-1.506	0.208	145	0.159	2927	X-RAY DIFFRACTION	95.7308
1.506-1.549	0.192	174	0.156	2818	X-RAY DIFFRACTION	96.144
1.549-1.597	0.176	164	0.143	2784	X-RAY DIFFRACTION	95.9635
1.597-1.649	0.2	148	0.142	2672	X-RAY DIFFRACTION	96.1145
1.649-1.707	0.191	139	0.148	2608	X-RAY DIFFRACTION	96.5214
1.707-1.771	0.171	134	0.142	2540	X-RAY DIFFRACTION	96.8139
1.771-1.844	0.165	149	0.142	2411	X-RAY DIFFRACTION	95.6294
1.844-1.926	0.151	132	0.146	2326	X-RAY DIFFRACTION	97.1926
1.926-2.02	0.174	118	0.143	2266	X-RAY DIFFRACTION	97.7049
2.02-2.129	0.171	123	0.148	2132	X-RAY DIFFRACTION	97.8308
2.129-2.258	0.172	102	0.145	2062	X-RAY DIFFRACTION	98.0517
2.258-2.413	0.156	93	0.138	1930	X-RAY DIFFRACTION	98.3471
2.413-2.607	0.154	115	0.15	1780	X-RAY DIFFRACTION	98.5439
2.607-2.855	0.183	83	0.151	1678	X-RAY DIFFRACTION	98.545
2.855-3.191	0.166	83	0.153	1514	X-RAY DIFFRACTION	98.7631
3.191-3.684	0.151	54	0.135	1360	X-RAY DIFFRACTION	99.0196
3.684-4.508	0.128	45	0.123	1170	X-RAY DIFFRACTION	99.1028
4.508-6.363	0.114	49	0.114	881	X-RAY DIFFRACTION	98.831
6.363-35.538	0.208	17	0.189	532	X-RAY DIFFRACTION	98.5637

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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