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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qsa | ||||||
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タイトル | Structural basis on the interaction of Scribble PDZ domains with the Tick Born encephalitis virus (TBEV) NS5 protein | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / Tick Born encephalitis virus / TBEV / cell polarity / isothermal titration calorimetry / NS5 / PDZ / scribble | ||||||
機能・相同性 | ![]() extrinsic component of postsynaptic density membrane / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / establishment of T cell polarity / apoptotic process involved in morphogenesis / establishment of apical/basal cell polarity / cochlear nucleus development / synaptic vesicle targeting / Scrib-APC-beta-catenin complex / astrocyte cell migration / polarized epithelial cell differentiation ...extrinsic component of postsynaptic density membrane / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / establishment of T cell polarity / apoptotic process involved in morphogenesis / establishment of apical/basal cell polarity / cochlear nucleus development / synaptic vesicle targeting / Scrib-APC-beta-catenin complex / astrocyte cell migration / polarized epithelial cell differentiation / protein localization to adherens junction / myelin sheath abaxonal region / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / cell-cell contact zone / mammary gland duct morphogenesis / post-anal tail morphogenesis / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / activation of GTPase activity / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / auditory receptor cell stereocilium organization / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / positive regulation of receptor recycling / positive chemotaxis / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / receptor clustering / negative regulation of activated T cell proliferation / flavivirin / CDC42 GTPase cycle / immunological synapse / synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of mitotic cell cycle / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / signaling adaptor activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / Asymmetric localization of PCP proteins / neural tube closure / adherens junction / wound healing / cell-cell adhesion / double-stranded RNA binding / positive regulation of type II interferon production / viral capsid / cell-cell junction / cell migration / nucleoside-triphosphate phosphatase / presynapse / cell junction / lamellipodium / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / basolateral plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / cell population proliferation / RNA helicase activity / postsynaptic density / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / cadherin binding / induction by virus of host autophagy / positive regulation of apoptotic process / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / glutamatergic synapse / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / protein kinase binding / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Javorsky, A. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Molecular basis of Tick Born encephalitis virus NS5 mediated subversion of apico-basal cell polarity signalling. 著者: Javorsky, A. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 87.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 438.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7qs9C ![]() 7qsbC ![]() 5vwiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9758.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 931.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() 参照: UniProt: Q01299, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase, methyltransferase cap1, RNA-directed RNA polymerase #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.06 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M Sodium nitrate, 0.1M Bis-Tris propane pH7.5, 20% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95372 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→31.02 Å / Num. obs: 12838 / % possible obs: 99.25 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 42.61 Å2 / CC1/2: 0.974 / Rmerge(I) obs: 0.1133 / Net I/σ(I): 7.58 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / Num. unique obs: 2401 / CC1/2: 0.51 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5VWI 解像度: 2.02→31.02 Å / SU ML: 0.3246 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.8951 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.71 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02→31.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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