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- PDB-7qs9: Structural basis on the interaction of Scribble PDZ domains with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qs9
タイトルStructural basis on the interaction of Scribble PDZ domains with the Tick Born encephalitis virus (TBEV) NS5 protein
要素
  • Protein scribble homolog
  • RNA-directed RNA polymerase NS5
キーワードVIRAL PROTEIN / Tick Born encephalitis virus / TBEV / cell polarity / isothermal titration calorimetry / NS5 / PDZ / scribble
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / establishment of T cell polarity / extrinsic component of postsynaptic density membrane / apoptotic process involved in morphogenesis / establishment of apical/basal cell polarity / cochlear nucleus development / Scrib-APC-beta-catenin complex / astrocyte cell migration / synaptic vesicle targeting / polarized epithelial cell differentiation ...neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / establishment of T cell polarity / extrinsic component of postsynaptic density membrane / apoptotic process involved in morphogenesis / establishment of apical/basal cell polarity / cochlear nucleus development / Scrib-APC-beta-catenin complex / astrocyte cell migration / synaptic vesicle targeting / polarized epithelial cell differentiation / epithelial structure maintenance / myelin sheath abaxonal region / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / protein localization to adherens junction / cell-cell contact zone / mammary gland duct morphogenesis / post-anal tail morphogenesis / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / activation of GTPase activity / auditory receptor cell stereocilium organization / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / receptor clustering / positive chemotaxis / flavivirin / positive regulation of receptor recycling / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / negative regulation of activated T cell proliferation / CDC42 GTPase cycle / negative regulation of mitotic cell cycle / immunological synapse / synaptic vesicle endocytosis / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / signaling adaptor activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / neural tube closure / Asymmetric localization of PCP proteins / adherens junction / wound healing / cell-cell adhesion / positive regulation of type II interferon production / double-stranded RNA binding / cell-cell junction / nucleoside-triphosphate phosphatase / cell migration / cell junction / lamellipodium / viral capsid / presynapse / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / basolateral plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / cell population proliferation / RNA helicase activity / postsynaptic density / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / cadherin binding / induction by virus of host autophagy / positive regulation of apoptotic process / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / glutamatergic synapse / host cell nucleus / virion attachment to host cell / protein kinase binding / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine Rich Repeat / Genome polyprotein, Flavivirus / : / mRNA cap 0/1 methyltransferase / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C ...: / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine Rich Repeat / Genome polyprotein, Flavivirus / : / mRNA cap 0/1 methyltransferase / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein M / Leucine rich repeat / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Leucine-rich repeat profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / PDZ domain / Leucine-rich repeat / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Protein scribble homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Tick-borne encephalitis virus (ダニ媒介脳炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Javorsky, A. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2022
タイトル: Molecular basis of Tick Born encephalitis virus NS5 mediated subversion of apico-basal cell polarity signalling.
著者: Javorsky, A. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M.
履歴
登録2022年1月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein scribble homolog
B: Protein scribble homolog
C: RNA-directed RNA polymerase NS5
E: RNA-directed RNA polymerase NS5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5114
ポリマ－27,5114
非ポリマー00
水2,234124
1
A: Protein scribble homolog
C: RNA-directed RNA polymerase NS5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7552
ポリマ－13,7552
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area780 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area5260 Å2
手法PISA
2
B: Protein scribble homolog
E: RNA-directed RNA polymerase NS5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7552
ポリマ－13,7552
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area5220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.201, 35.555, 44.981
Angle α, β, γ (deg.)75.597, 85.870, 84.693
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Protein scribble homolog / Scribble / hScrib / Protein LAP4


分子量: 12792.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCRIB, CRIB1, KIAA0147, LAP4, SCRB1, VARTUL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14160
#2: タンパク質・ペプチド RNA-directed RNA polymerase NS5 / Non-structural protein 5


分子量: 963.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Tick-borne encephalitis virus (ダニ媒介脳炎ウイルス)
参照: UniProt: Q01299, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase, methyltransferase cap1, RNA-directed RNA polymerase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.15m KBr, 30% w/v PEG 2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→34.33 Å / Num. obs: 55150 / % possible obs: 97.43 % / 冗長度: 3.62 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 1.16 / Num. unique obs: 5642 / CC1/2: 0.53

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER1.15.2-3472-000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VWC

5vwc


解像度: 1.8→34.33 Å / SU ML: 0.2516 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 32.2011
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2874 735 4.85 %
Rwork0.2382 14435 -
obs0.2405 55150 97.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1419 0 0 124 1543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00641432
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71771928
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0457218
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031257
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.8428848
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.940.35771520.3022823X-RAY DIFFRACTION95.87
1.94-2.140.40581420.26522889X-RAY DIFFRACTION97.02
2.14-2.440.28311610.24492845X-RAY DIFFRACTION97.34
2.44-3.080.29091410.24622938X-RAY DIFFRACTION98.18
3.08-34.330.2321390.20712940X-RAY DIFFRACTION98.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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