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- PDB-7qs5: Crystal structure of B30.2 PRYSPRY domain of TRIM67 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qs5
タイトルCrystal structure of B30.2 PRYSPRY domain of TRIM67
要素Tripartite motif-containing protein 67
キーワードLIGASE / E3 / TRIM / TRIM67 / B30.2 domain / SPRY domain / PRYSPRY domain
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of neuron projection development / regulation of protein localization / cytoskeleton / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
COS domain / COS domain profile. / : / ANCHR-like B-box zinc-binding domain / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger ...COS domain / COS domain profile. / : / ANCHR-like B-box zinc-binding domain / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Zinc finger, RING-type / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like fold / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tripartite motif-containing protein 67
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Zhubi, R. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of B30.2 PRYSPRY domain of TRIM67
著者: Chaikuad, A. / Zhubi, R. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2022年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tripartite motif-containing protein 67
B: Tripartite motif-containing protein 67
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,08021
ポリマ－39,9012
非ポリマー1,17919
水3,981221
1
A: Tripartite motif-containing protein 67
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,69513
ポリマ－19,9501
非ポリマー74512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tripartite motif-containing protein 67
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3858
ポリマ－19,9501
非ポリマー4347
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.392, 135.392, 35.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TRP / Beg label comp-ID: TRP / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 609 - 766 / Label seq-ID: 6 - 163

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Tripartite motif-containing protein 67 / TRIM9-like protein


分子量: 19950.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM67, TNL / プラスミド: pGTVL2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-pRARE2 / 参照: UniProt: Q6ZTA4
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.17 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 20% high molecular weight PEG Smears, 0.1M acetate pH 4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99981 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99981 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→47.87 Å / Num. obs: 39503 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.65-1.6910.80.9472.429170.8510.3191.05100
7.38-47.8710.10.0564890.9940.0190.05999.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.7データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7B2S

7b2s


解像度: 1.65→47.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 3.463 / SU ML: 0.058 / SU R Cruickshank DPI: 0.0867 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1771 1884 4.8 %RANDOM
Rwork0.1548 ---
obs0.1559 37611 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.17 Å2 / Biso mean: 28.266 Å2 / Biso min: 15.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.52 Å20 Å20 Å2
2---0.52 Å20 Å2
3---1.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→47.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2567 0 80 221 2868
Biso mean--47.53 39.51 -
残基数----327
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0132734
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0152482
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5051.6473691
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4611.5845691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8745339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.28722.8150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.25615407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6131514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.023131
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02665
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5257 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 142 -
Rwork0.235 2769 -
all-2911 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.36270.87110.46382.29590.16121.42360.01870.15770.0076-0.16980.0010.1722-0.1262-0.0036-0.01970.02970.0122-0.01380.0193-0.0060.015647.776710.9767-10.4737
23.122-0.0177-0.35742.796-0.25861.1799-0.04890.06510.10370.0097-0.0605-0.3413-0.02240.2150.10950.01610.0043-0.02110.05280.0150.0777.112322.057-4.713
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A609 - 772
2X-RAY DIFFRACTION2B605 - 768

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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