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- PDB-7qs4: Crystal structure of B30.2 PRYSPRY domain of TRIM36 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qs4
タイトルCrystal structure of B30.2 PRYSPRY domain of TRIM36
要素HAPRIN-a2
キーワードLIGASE (リガーゼ) / E3 / TRIM / TRIM36 / B30.2 domain / SPRY domain / PRYSPRY domain
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-protein transferase activity / regulation of cell cycle / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase Trim36 / TRIM36, PRY/SPRY domain / Midline-1, COS domain / TRIM C-terminal subgroup One Signature domain / COS domain / COS domain profile. / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / B30.2/SPRY domain ...E3 ubiquitin-protein ligase Trim36 / TRIM36, PRY/SPRY domain / Midline-1, COS domain / TRIM C-terminal subgroup One Signature domain / COS domain / COS domain profile. / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Zhubi, R. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of B30.2 PRYSPRY domain of TRIM36
著者: Chaikuad, A. / Zhubi, R. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2022年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HAPRIN-a2
B: HAPRIN-a2
C: HAPRIN-a2
D: HAPRIN-a2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,8544
ポリマ－104,8544
非ポリマー00
水1,74797
1
A: HAPRIN-a2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2141
ポリマ－26,2141
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: HAPRIN-a2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2141
ポリマ－26,2141
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: HAPRIN-a2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2141
ポリマ－26,2141
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: HAPRIN-a2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2141
ポリマ－26,2141
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.736, 93.064, 103.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A510 - 723
2010B510 - 723
1020A510 - 723
2020C510 - 723
1030A507 - 714
2030D507 - 714
1040B510 - 724
2040C510 - 724
1050B510 - 715
2050D510 - 715
1060C510 - 714
2060D510 - 714

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
HAPRIN-a2


分子量: 26213.561 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pNIC-CTH0 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-pRARE2 / 参照: UniProt: Q4R1Q4
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.81 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 24% PEG 3350, 0.15M sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→46.53 Å / Num. obs: 42900 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.25-2.339.40.927241390.8610.3351.04100
8.71-46.538.50.0348400.9990.0120.03699.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.7データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.25→46.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 21.632 / SU ML: 0.228 / SU R Cruickshank DPI: 0.2909 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2449 2169 5.1 %RANDOM
Rwork0.2026 ---
obs0.2049 40675 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 218.05 Å2 / Biso mean: 69.725 Å2 / Biso min: 38.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.12 Å20 Å2-0 Å2
2---4.26 Å20 Å2
3---7.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→46.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6086 0 0 97 6183
Biso mean---59.33 -
残基数----760
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0136275
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175887
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2481.6488491
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1251.57913584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5185758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.11322.322323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.66151066
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2231534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2787
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027033
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021483
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A52490.13
12B52490.13
21A52670.1
22C52670.1
31A51340.1
32D51340.1
41B53440.09
42C53440.09
51B49680.1
52D49680.1
61C50960.08
62D50960.08
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 150 -
Rwork0.334 2962 -
all-3112 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.2116-1.1129-0.89693.98941.00611.7467-0.03990.40360.3646-0.16250.1407-0.6913-0.05190.2531-0.10080.2213-0.07880.04130.2437-0.00550.13433.008735.9471-14.5884
25.0615-1.1512-1.26214.5750.53383.3136-0.08950.6975-0.5797-0.48050.1144-0.10770.30490.1528-0.02480.2270.00160.00820.2355-0.09980.091-0.102320.9084-16.3825
35.94455.11924.82878.64065.91736.4513-0.0794-0.04980.1026-0.0839-0.04660.0413-0.1905-0.08870.1260.15170.0440.02470.10140.01220.162223.583827.54176.1252
43.6599-0.558-0.9513.29450.98152.1198-0.03570.23710.1108-0.0166-0.04840.30970.1145-0.17390.08410.1246-0.0074-0.0220.04940.02160.0527-21.487534.9499-4.6765
55.4944-0.2691-0.213.10850.732.03240.0199-0.01530.614-0.07430.0230.2915-0.4096-0.082-0.04290.20260.02860.03130.01280.02230.1568-18.790750.43310.8334
62.8872-0.0585-0.33474.0042-2.38233.4738-0.0008-0.22270.55710.1616-0.1231-0.5728-0.270.4070.12390.2007-0.04470.02020.1306-0.06780.207318.533750.05335.8095
74.7891.16630.49733.3474-1.17732.871-0.13960.61750.6271-0.23580.1636-0.0081-0.28620.0527-0.02390.2635-0.0410.09940.11880.01290.228611.511157.5876-3.4657
83.20930.89620.12785.1133-1.07582.06670.0258-0.39890.15490.33740.10330.6875-0.0071-0.0788-0.1290.20410.02180.07680.26150.00820.0984-0.661935.7916.6188
94.40860.7672-1.51595.2934-0.51982.721-0.0209-0.7254-0.27130.71320.088-0.09170.20490.0059-0.0670.25630.0158-0.02310.26580.05880.02917.158224.409219.262
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A507 - 574
2X-RAY DIFFRACTION2A575 - 715
3X-RAY DIFFRACTION3A716 - 735
4X-RAY DIFFRACTION4B510 - 570
5X-RAY DIFFRACTION5B571 - 724
6X-RAY DIFFRACTION6C510 - 655
7X-RAY DIFFRACTION7C656 - 724
8X-RAY DIFFRACTION8D507 - 573
9X-RAY DIFFRACTION9D574 - 715

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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