PDB-7qry: Crystal structure of B30.2 PRYSPRY domain of MID1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qry

タイトル

Crystal structure of B30.2 PRYSPRY domain of MID1

要素

E3 ubiquitin-protein ligase Midline-1

キーワード

LIGASE (リガーゼ) / E3 / TRIM / MID1 TRIM18 / B30.2 domain / SPRY domain / PRYSPRY domain

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of stress-activated MAPK cascade / protein localization to microtubule / pattern specification process / negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule associated complex / centriolar satellite / regulation of microtubule cytoskeleton organization /

phosphoprotein binding / RING-type E3 ubiquitin transferase / spindle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Chaikuad, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of B30.2 PRYSPRY domain of MID1
著者: Chaikuad, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

履歴

登録	2022年1月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qry.cif.gz	270.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qry.ent.gz	220.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qry.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/7qry ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/7qry	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6jbmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (15) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase Midline-1

B: E3 ubiquitin-protein ligase Midline-1

C: E3 ubiquitin-protein ligase Midline-1

D: E3 ubiquitin-protein ligase Midline-1

84.9 kDa, 4 ポリマー
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1

A: E3 ubiquitin-protein ligase Midline-1

登録者が定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: E3 ubiquitin-protein ligase Midline-1

登録者が定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: E3 ubiquitin-protein ligase Midline-1

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4

D: E3 ubiquitin-protein ligase Midline-1

登録者が定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	38.863, 51.763, 80.380
Angle α, β, γ (deg.)	103.760, 92.640, 94.330
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 482 - 661 / Label seq-ID: 3 - 182

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase Midline-1 / Midin / Putative transcription factor XPRF / RING finger protein 59 / RING finger protein Midline-1 ...Midin / Putative transcription factor XPRF / RING finger protein 59 / RING finger protein Midline-1 / RING-type E3 ubiquitin transferase Midline-1 / Tripartite motif-containing protein 18 分子量: 21213.943 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MID1, FXY, RNF59, TRIM18, XPRF / プラスミド: pGTVL2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-pRARE2 / 参照: UniProt: O15344, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

E3 ubiquitin-protein ligase Midline-1 / Midin / Putative transcription factor XPRF / RING finger protein 59 / RING finger protein Midline-1 ...

分子量: 21213.943 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MID1, FXY, RNF59, TRIM18, XPRF / プラスミド: pGTVL2 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-pRARE2 / 参照: UniProt: O15344, RING-type E3 ubiquitin transferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.25 / 詳細: 1.1M sodium citrate, 0.1M HEPES 7.25

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.07→47.71 Å / Num. obs: 35045 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.114 / R_pim(I) all: 0.07 / R_rim(I) all: 0.146 / Net I/σ(I): 5.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.07-2.14	4	0.472	2	3431	0.867	0.303	0.625	94.6
8.02-47.71	4.3	0.092		628	0.98	0.047	0.103	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.4	データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6jbm

6jbm

解像度: 2.07→47.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 20.399 / SU ML: 0.243 / SU R Cruickshank DPI: 0.3279 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.328 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2726	1721	4.9 %	RANDOM
R_work	0.227	-	-	-
obs	0.2291	33313	94.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 134.73 Å² / B_iso mean: 49.382 Å² / B_iso min: 26.73 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.59 Å²	-0.48 Å²	1.24 Å²
2-	-	2.1 Å²	4.62 Å²
3-	-	-	-0.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.07→47.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5259	0	0	117	5376
B_iso mean	-	-	-	48.46	-
残基数	-	-	-	-	660

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	5423
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4961
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.293	1.631	7400
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.143	1.58	11416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.733	5	652
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.364	22.058	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.299	15	825
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.876	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	696
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	6124
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1296

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	5305	0.07
1	2	B	5305	0.07
2	1	A	5339	0.06
2	2	C	5339	0.06
3	1	A	5335	0.07
3	2	D	5335	0.07
4	1	B	5306	0.07
4	2	C	5306	0.07
5	1	B	5298	0.07
5	2	D	5298	0.07
6	1	C	5377	0.06
6	2	D	5377	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.07→2.124 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	115	-
R_work	0.32	2409	-
all	-	2524	-
obs	-	-	94.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0633	-0.2756	-0.1868	0.6223	-0.2525	0.6194	-0.0219	-0.0997	0.0185	0.0409	-0.0008	0.0222	-0.0399	0.0556	0.0227	0.0202	0.0085	-0.025	0.13	0.0242	0.0551	39.7114	1.1653	69.1924
2	1.4244	1.0225	-0.8893	1.1453	-0.3362	0.9392	0.0751	-0.1843	-0.2128	-0.0708	-0.2673	-0.1327	-0.0806	0.1678	0.1922	0.0751	0.0706	-0.028	0.2271	0.0849	0.0881	51.4265	-3.2208	68.0289
3	0.6933	0.2662	1.0337	0.6567	0.6784	1.6917	-0.0512	0.0369	0.0146	0.0662	0.0142	-0.0181	-0.0418	0.0795	0.0369	0.0365	-0.0037	-0.0275	0.1213	0.0832	0.0846	44.3717	-1.7058	65.1228
4	4.0647	0.8472	-0.7992	2.0261	-1.3725	0.9481	0.035	-0.0147	0.242	-0.1011	0.0292	0.0364	0.061	-0.0193	-0.0642	0.0338	-0.0326	-0.0042	0.0691	0.0158	0.1205	44.8256	-3.6337	28.5054
5	0.9906	0.3157	0.0254	0.8321	-0.2535	1.1924	-0.1028	0.0321	-0.0669	-0.081	0.1005	-0.0064	0.0536	0.015	0.0023	0.0239	-0.0215	-0.0098	0.0368	0.0311	0.1145	35.6629	-12.676	34.9638
6	8.6998	2.3554	-0.7815	7.2767	-4.0525	7.2549	0.0428	0.3246	-0.557	0.0914	0.1238	-0.061	-0.2383	-0.6281	-0.1666	0.0142	0.0158	0.029	0.1005	-0.0164	0.1799	22.3086	-1.7277	37.8308
7	1.0976	-0.0676	-0.1636	2.2518	0.3966	3.6984	0.1667	-0.0517	-0.0067	0.1089	-0.1152	-0.0296	0.0683	-0.2158	-0.0515	0.0372	-0.0262	-0.0195	0.0706	0.0082	0.0814	18.0794	1.683	20.7095
8	1.4304	0.1796	-0.6737	0.8715	-0.0575	0.8976	-0.0529	0.0882	0.0255	-0.037	-0.0126	0.0356	0.0221	0.0315	0.0655	0.0311	-0.0348	-0.0316	0.0891	0.0362	0.0438	28.3264	8.4114	12.8005
9	3.3507	0.5029	5.0711	4.6367	-0.721	8.1629	-0.0177	-0.4458	-0.419	-0.8807	0.489	-0.5713	0.256	-0.8248	-0.4712	0.1702	-0.1154	0.1058	0.2798	0.0009	0.2085	43.0124	10.2814	21.1857
10	1.7522	-0.0384	0.4214	1.0657	-0.5312	0.5847	-0.1132	-0.0849	0.1224	0.07	0.0801	0.0114	-0.0743	0.0391	0.0331	0.0215	0.0026	-0.0373	0.0527	0.0049	0.1073	55.2609	18.612	49.4199
11	1.9646	-0.446	-1.4016	0.8774	-0.6043	3.0632	-0.0101	-0.0484	0.0225	-0.001	0.1126	0.103	-0.044	0.0121	-0.1024	0.0371	-0.0114	-0.0553	0.0254	0.0256	0.1228	45.9159	17.1327	42.9162
12	1.5807	0.7333	-0.2448	3.4799	2.43	2.303	-0.1482	0.0059	-0.0258	0.2239	0.1494	0.1376	0.149	-0.0279	-0.0012	0.1271	0.0767	0.0347	0.1259	0.1206	0.1699	49.2289	13.5732	51.6843

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	482 - 601
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	602 - 629
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	630 - 661
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	482 - 507
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	508 - 654
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	655 - 661
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	482 - 527
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	528 - 656
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	657 - 661
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	481 - 601
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	602 - 638
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	639 - 661

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)