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- PDB-7qrw: Crystal structure of NHL domain of TRIM3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qrw
タイトルCrystal structure of NHL domain of TRIM3
要素Isoform 4 of Tripartite motif-containing protein 3
キーワードLIGASE / E3 / TRIM / TRIM3 / NHL domain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / neural precursor cell proliferation / protein K63-linked ubiquitination / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / Interferon gamma signaling / ubiquitin protein ligase activity / protein transport / nervous system development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process ...positive regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / neural precursor cell proliferation / protein K63-linked ubiquitination / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / Interferon gamma signaling / ubiquitin protein ligase activity / protein transport / nervous system development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / early endosome / dendrite / Golgi apparatus / zinc ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / NHL repeat profile. / NHL repeat / NHL repeat / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. ...: / NHL repeat profile. / NHL repeat / NHL repeat / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Immunoglobulin E-set / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Tripartite motif-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2022
タイトル: Comparative structural analyses of the NHL domains from the human E3 ligase TRIM-NHL family.
著者: Chaikuad, A. / Zhubi, R. / Tredup, C. / Knapp, S.
履歴
登録2022年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 4 of Tripartite motif-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7295
ポリマ－30,3491
非ポリマー3804
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.933, 58.933, 161.229
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1029-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Isoform 4 of Tripartite motif-containing protein 3 / Brain-expressed RING finger protein / RING finger protein 22 / RING finger protein 97


分子量: 30348.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM3, BERP, RNF22, RNF97 / プラスミド: pGTVL2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-pRARE2 / 参照: UniProt: O75382
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.4M AmmSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→47.58 Å / Num. obs: 31138 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 16 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.7-1.7417.30.5873.821710.940.1480.62294.5
7.6-47.5813.60.0394410.9990.0110.04198.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7B2R

7b2r


解像度: 1.7→47.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 4.473 / SU ML: 0.073 / SU R Cruickshank DPI: 0.1075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 1522 4.9 %RANDOM
Rwork0.1823 ---
obs0.1839 29599 96.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.82 Å2 / Biso mean: 37.717 Å2 / Biso min: 18.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.45 Å2-0 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→47.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2105 0 21 141 2267
Biso mean--59.8 41.31 -
残基数----276
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0132221
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5381.6313008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4051.5884649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3415286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.02522.154130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.30815339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9251516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2270
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.022642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02576
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 106 -
Rwork0.222 2062 -
all-2168 -
obs--93.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.17480.43470.0441.23-0.50491.6017-0.1961-0.6659-0.07760.2090.1815-0.0533-0.1083-0.35340.01460.11650.0572-0.00890.20910.04010.052347.38965.541990.3505
23.40423.10312.26035.8066-0.99694.6751-0.1796-0.30920.12930.33630.15020.1486-0.5075-0.62340.02940.26260.2116-0.00120.1881-0.02050.065342.982215.70385.0776
32.5879-0.63461.5070.6346-1.34132.9187-0.256-0.56310.1980.21980.42540.1075-0.3889-0.9044-0.16950.16690.18760.07350.3610.05210.091133.100413.962784.216
42.9872-0.79351.73820.6511-0.32061.5223-0.15450.12290.32840.13190.0544-0.1257-0.1123-0.17670.10010.03570.0449-0.00140.18930.07090.115838.519116.861465.9856
51.4276-0.33470.44710.5134-0.75141.7624-0.03460.10670.12710.05410.0033-0.0366-0.00880.0050.03130.03150.0075-0.01580.05880.02240.08853.936610.20874.3044
63.7274-0.8525-0.61461.7465-3.128910.91780.1180.1007-0.24820.0302-0.13970.02450.01430.32540.02170.0446-0.0116-0.04690.02880.02550.088261.738517.38480.6108
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A469 - 488
2X-RAY DIFFRACTION2A489 - 503
3X-RAY DIFFRACTION3A504 - 568
4X-RAY DIFFRACTION4A569 - 654
5X-RAY DIFFRACTION5A655 - 740
6X-RAY DIFFRACTION6A741 - 744

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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