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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qrs | ||||||
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タイトル | Structural insight into the Scribble PDZ domains interaction with the oncogenic Human T-cell lymphotrophic virus-1 (HTLV-1) Tax1 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Human T lymphotrophic virus-1 / HTLV-1 / cell polarity / isothermal titration calorimetry / Tax1 / PDZ / scribble (ドゥードゥルアート) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated perturbation of host exit from mitosis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / extrinsic component of postsynaptic density membrane / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / establishment of T cell polarity / apoptotic process involved in morphogenesis / establishment of apical/basal cell polarity / cochlear nucleus development / synaptic vesicle targeting / Scrib-APC-beta-catenin complex ...symbiont-mediated perturbation of host exit from mitosis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / extrinsic component of postsynaptic density membrane / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / establishment of T cell polarity / apoptotic process involved in morphogenesis / establishment of apical/basal cell polarity / cochlear nucleus development / synaptic vesicle targeting / Scrib-APC-beta-catenin complex / astrocyte cell migration / polarized epithelial cell differentiation / myelin sheath abaxonal region / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / protein localization to adherens junction / cell-cell contact zone / mammary gland duct morphogenesis / post-anal tail morphogenesis / activation of GTPase activity / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / auditory receptor cell stereocilium organization / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / positive regulation of receptor recycling / positive chemotaxis / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / receptor clustering / negative regulation of activated T cell proliferation / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / CDC42 GTPase cycle / synaptic vesicle endocytosis / 免疫シナプス / negative regulation of mitotic cell cycle / signaling adaptor activity / regulation of mRNA stability / Asymmetric localization of PCP proteins / neural tube closure / 接着結合 / wound healing / 細胞接着 / SH3 domain binding / positive regulation of type II interferon production / cell-cell junction / 遊走 / presynapse / 細胞結合 / lamellipodium / basolateral plasma membrane / cellular response to lipopolysaccharide / cell population proliferation / host cell cytoplasm / postsynaptic density / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of gene expression / glutamatergic synapse / host cell nucleus / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / extracellular exosome / 核質 / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å | ||||||
データ登録者 | Javorsky, A. / Soares da Costa, T.P. / Mackie, E.R. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2023 タイトル: Structural insight into the Scribble PDZ domains interaction with the oncogenic Human T-cell lymphotrophic virus-1 (HTLV-1) Tax1 PBM. 著者: Javorsky, A. / Maddumage, J.C. / Mackie, E.R.R. / Soares da Costa, T.P. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qrs.cif.gz | 114.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qrs.ent.gz | 72 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qrs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/7qrs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/7qrs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7qrtC 7qs8C 5vwcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12380.901 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCRIB, CRIB1, KIAA0147, LAP4, SCRB1, VARTUL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14160 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1048.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス) 株: isolate Caribbea HS-35 subtype A / 遺伝子: tax / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P14079 #3: 化合物 | ChemComp-ACT / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.86 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M Zinc chloride, 0.1M Sodium acetate ph5, 20% w/v PEG 1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.77→46.1 Å / Num. obs: 25599 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 31.33 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 16.48 |
反射 シェル | 解像度: 1.77→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.76 / Num. unique obs: 2557 / CC1/2: 0.43 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5VWC 解像度: 1.77→28.14 Å / SU ML: 0.2592 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.7626 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.51 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.77→28.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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