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万見
- PDB-7qrn: Crystal structure of Ovalbumin-related protein X (OVAX) complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qrn
タイトルCrystal structure of Ovalbumin-related protein X (OVAX) complexed with fondaparinux
要素Ovalbumin-related protein X
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / chicken egg / serpin / innate immunity / heparin binding protein / fondaparinux
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / heparin binding / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors
類似検索 - ドメイン・相同性
fondaparinux / Ovalbumin-related protein X
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Coste, F. / Bruneau, G. / Rehault-Godbert, S.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Other governmentMUSE フランス
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2022
タイトル: Antimicrobial Proteins and Peptides in Avian Eggshell: Structural Diversity and Potential Roles in Biomineralization.
著者: Moreau, T. / Gautron, J. / Hincke, M.T. / Monget, P. / Rehault-Godbert, S. / Guyot, N.
履歴
登録2022年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ovalbumin-related protein X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,84213
ポリマ－45,4811
非ポリマー2,36112
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area15280 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)53.504, 68.069, 108.472
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ovalbumin-related protein X


分子量: 45481.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: OVALX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: R9TNA6
#2: 多糖 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2- ...2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-3,6-di-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-methyl 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranoside


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗凝固薬 / 分子量: 1508.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: fondaparinux
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/5,5,4/[a2122h-1a_1-5_1*OC_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_3*OSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2122A-1b_1-5][a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O]/1-2-3-4-5/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO33SO36SO3]{[(4+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: phosphate/citrate, LiSO4, PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→57.66 Å / Num. obs: 35271 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 32.73 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.832→1.863 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1691 / CC1/2: 0.801 / Rpim(I) all: 0.385 / Rrim(I) all: 0.883 / % possible all: 97.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
PHENIX1.19_4092精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OVA

1ova


解像度: 1.83→38.09 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2125 1733 4.92 %
Rwork0.1772 33517 -
obs0.179 35250 99.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 144.46 Å2 / Biso mean: 44.9539 Å2 / Biso min: 19.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→38.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2802 0 140 123 3065
Biso mean--67.97 48.67 -
残基数----364
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.83-1.890.29971450.2732703284899
1.89-1.950.261120.2182792290499
1.95-2.020.23361500.20592755290599
2.02-2.10.26731620.19172712287499
2.1-2.190.25861570.17582761291899
2.19-2.310.2271400.170827932933100
2.31-2.450.21521330.17832791292499
2.45-2.640.20391620.17872785294799
2.64-2.910.22521430.181328002943100
2.91-3.330.2251420.17212825296799
3.33-4.190.17831480.15832844299299
4.19-38.090.20281390.1792956309598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.80521.0543-0.99670.7392-0.19064.6737-0.0909-0.1522-0.16270.09090.0583-0.00660.6259-0.0226-0.05220.2510.02890.0370.1848-0.01980.2846-7.42750.6333-4.6001
22.01481.34760.70812.8098-0.72213.8333-0.0298-0.1783-0.13330.00860.0361-0.1099-0.03030.4780.00790.1610.01430.01340.3886-0.04340.34814.074511.48050.218
32.84210.04131.75422.9414-3.01915.72380.30180.82280.4248-0.5515-0.0476-0.19640.2171.0142-0.31440.46250.04740.0420.6164-0.01420.3898-2.981117.5813-33.7772
40.96230.2598-0.24140.95520.07474.9519-0.00180.1610.0006-0.17730.11170.00610.08450.1841-0.09260.1516-0.00070.00080.1845-0.01260.2451-6.09976.6422-19.9621
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 89 )A8 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 90 through 198 )A90 - 198
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 199 through 219 )A199 - 219
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 220 through 402 )A220 - 402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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