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Yorodumi- PDB-7qrl: LytM domain of DipM, a coordinator of a complex net of autolysins... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qrl | ||||||
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Title | LytM domain of DipM, a coordinator of a complex net of autolysins in Caulobacter crescentus | ||||||
Components | (DipM) x 2 | ||||||
Keywords | CELL CYCLE / LytM factor Autolysin activator | ||||||
Function / homology | Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / DipM Function and homology information | ||||||
Biological species | Caulobacter vibrioides (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Batuecas, M.T. / Miguel-Ruano, V. / Hermoso, J.A. | ||||||
Funding support | Spain, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2023 Title: LytM domain of DipM, a coordinator of a complex net of autolysins in Caulobacter crescentus Authors: Batuecas, M.T. / Miguel-Ruano, V. / Hermoso, J.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7qrl.cif.gz | 234.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7qrl.ent.gz | 188.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7qrl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7qrl_validation.pdf.gz | 437.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7qrl_full_validation.pdf.gz | 438.7 KB | Display | |
Data in XML | 7qrl_validation.xml.gz | 26.6 KB | Display | |
Data in CIF | 7qrl_validation.cif.gz | 39.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/7qrl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/7qrl | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5kvpS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 15123.107 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Caulobacter vibrioides (bacteria) / Strain: ATCC 19089 / CB15 / Gene: dipM, CC_1996 / Plasmid: pTB146 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9A6T7 #2: Protein | Mass: 15751.824 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Caulobacter vibrioides (bacteria) / Strain: ATCC 19089 / CB15 / Gene: dipM, CC_1996 / Plasmid: pTB146 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9A6T7 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 Details: 0.02M Magnesium chloride, 0.1M Hepes pH 7.5 and 22% Polyacrylic acid sodium salt 5100 . Temp details: 30% polyethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.979185 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 11, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979185 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→49.75 Å / Num. obs: 36758 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 11.1 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 8 |
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.32 Å / Redundancy: 11.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3319 / CC1/2: 0.703 / Rpim(I) all: 0.474 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5KVP Resolution: 2.25→49.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 10.728 / SU ML: 0.136 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.188 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 108.39 Å2 / Biso mean: 25.599 Å2 / Biso min: 11.79 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.25→49.75 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.25→2.308 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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