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- PDB-7qrl: LytM domain of DipM, a coordinator of a complex net of autolysins... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qrl
タイトルLytM domain of DipM, a coordinator of a complex net of autolysins in Caulobacter crescentus
要素(DipM) x 2
キーワードCELL CYCLE / LytM factor Autolysin activator
機能・相同性
機能・相同性情報


metalloendopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Glucose Permease (Domain IIA) / Glucose Permease (Domain IIA) / : / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. ...Glucose Permease (Domain IIA) / Glucose Permease (Domain IIA) / : / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Batuecas, M.T. / Miguel-Ruano, V. / Hermoso, J.A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBFU2017-90030-P スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: LytM domain of DipM, a coordinator of a complex net of autolysins in Caulobacter crescentus
著者: Batuecas, M.T. / Miguel-Ruano, V. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2022年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DipM
B: DipM
C: DipM
D: DipM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7504
ポリマ－61,7504
非ポリマー00
水8,485471
1
A: DipM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1231
ポリマ－15,1231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DipM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1231
ポリマ－15,1231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: DipM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7521
ポリマ－15,7521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: DipM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7521
ポリマ－15,7521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.869, 105.839, 108.431
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAARGARGAA467 - 6091 - 143
21ALAALAARGARGBB467 - 6091 - 143
12ALAALAPROPROAA467 - 6081 - 142
22ALAALAPROPROCC467 - 6087 - 148
13ALAALAPROPROAA467 - 6081 - 142
23ALAALAPROPRODD467 - 6087 - 148
14ALAALAPROPROBB467 - 6081 - 142
24ALAALAPROPROCC467 - 6087 - 148
15ALAALAPROPROBB467 - 6081 - 142
25ALAALAPROPRODD467 - 6087 - 148
16THRTHRARGARGCC461 - 6091 - 149
26THRTHRARGARGDD461 - 6091 - 149

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質 DipM / Peptidase / M23/M37 family


分子量: 15123.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (バクテリア)
株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: dipM, CC_1996 / プラスミド: pTB146 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A6T7
#2: タンパク質 DipM / Peptidase / M23/M37 family


分子量: 15751.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (バクテリア)
株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: dipM, CC_1996 / プラスミド: pTB146 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A6T7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.02M Magnesium chloride, 0.1M Hepes pH 7.5 and 22% Polyacrylic acid sodium salt 5100 .
Temp details: 30% polyethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979185 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979185 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→49.75 Å / Num. obs: 36758 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 11.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3319 / CC1/2: 0.703 / Rpim(I) all: 0.474 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KVP

5kvp


解像度: 2.25→49.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 10.728 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2191 1754 4.8 %RANDOM
Rwork0.1877 ---
obs0.1892 34958 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.39 Å2 / Biso mean: 25.599 Å2 / Biso min: 11.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.38 Å2-0 Å20 Å2
2--1.54 Å2-0 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→49.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4352 0 0 471 4823
Biso mean---32.34 -
残基数----584
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0134530
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0154378
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5691.656163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3041.58310082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3065595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.6522.264212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.51115732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0151529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2592
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021012
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A42650.07
12B42650.07
21A39870.11
22C39870.11
31A39700.12
32D39700.12
41B39890.12
42C39890.12
51B39820.12
52D39820.12
61C43260.07
62D43260.07
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 121 -
Rwork0.235 2576 -
all-2697 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6663-0.1537-0.29620.9660.01110.3770.02-0.0872-0.01610.0372-0.0280.01950.04610.01660.0080.01240.0016-0.01240.063-0.00660.073127.07293.539921.8908
21.52020.39720.160.51410.01120.75780.02720.02210.0833-0.0395-0.00930.0289-0.0234-0.0059-0.01790.01050.0107-0.00630.02470.00170.09264.202521.63854.7969
30.4914-0.132-0.09610.4349-0.38710.6802-0.0167-0.04190.0663-0.00370.00730.0359-0.02930.02870.00940.0093-0.0089-0.01520.0459-0.00250.099736.390724.7807-3.143
40.3106-0.01770.0181.0196-0.30180.7006-0.0229-0.0276-0.00370.00780.03170.06070.01960.0038-0.00880.00330.00890.00230.06040.00690.0976-4.8092-4.310624.6416
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A467 - 609
2X-RAY DIFFRACTION2B467 - 609
3X-RAY DIFFRACTION3C461 - 609
4X-RAY DIFFRACTION4D461 - 609

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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