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- PDB-7qrj: Crystal structure of Zamilon vitis protein Zav_19 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qrj
タイトルCrystal structure of Zamilon vitis protein Zav_19
要素Zav_19 protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Receptor Binding Protein Fiber head
機能・相同性Minor virion protein
機能・相同性情報
生物種Zamilon virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Jeudy, S. / Abergel, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-20-CE11-0001 フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The fibre head structure used by unrelated families of viruses is unexpectedly a major component of the Marseilleviridae and Zamilon virophages capsids
著者: Jeudy, S. / Abergel, C.
履歴
登録2022年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zav_19 protein
B: Zav_19 protein
C: Zav_19 protein
D: Zav_19 protein
E: Zav_19 protein
F: Zav_19 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,6116
ポリマ－117,6116
非ポリマー00
水25,9061438
1
A: Zav_19 protein
B: Zav_19 protein
E: Zav_19 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8063
ポリマ－58,8063
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12740 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area19700 Å2
手法PISA
2
C: Zav_19 protein
D: Zav_19 protein
F: Zav_19 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8063
ポリマ－58,8063
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12710 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area19710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.367, 103.258, 102.299
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 131.480, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Zav_19 protein


分子量: 19601.871 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zamilon virus (ウイルス) / 遺伝子: za3_19 / プラスミド: pET-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: A0A2P1EHJ0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: PEG 3350, ammonium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→45.25 Å / Num. obs: 245617 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 1177549 / Scaling rejects: 40662
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.38-1.43.90.2247557121120.9370.1270.2554.199.4
7.56-45.254.70.059735015640.9660.0320.06725.799.7

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
SHELX位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.38→45.25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.165 12263 5 %random selection
Rwork0.141 ---
obs0.142 245479 99.84 %-
原子変位パラメータBiso max: 56.08 Å2 / Biso mean: 16.019 Å2 / Biso min: 5.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→45.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8190 0 0 1438 9628
LS精密化 シェル解像度: 1.38→1.4 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2603 442 5.7 %
Rwork0.2052 7691 -
obs--0.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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