PDB-7qrh: Crystal structure of the 5-(aminomethyl)furan-3-yl methyl phospha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qrh

タイトル

Crystal structure of the 5-(aminomethyl)furan-3-yl methyl phosphate kinase MfnE from Methanococcus vannielii.

要素

Aspartate/glutamate/uridylate kinase

キーワード

TRANSFERASE / Phosphate Kinase

機能・相同性

MfnE family / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Amino acid kinase family / Acetylglutamate kinase-like superfamily / phosphorylation / kinase activity / Aspartate/glutamate/uridylate kinase

機能・相同性情報

生物種

Methanococcus vannielii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.36 Å

データ登録者

Maddock, R.M.A. / Race, P.R. / Burton, N.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the 5-(aminomethyl)furan-3-yl methyl phosphate kinase MfnE from Methanococcus vannielii.
著者: Maddock, R.M.A. / Race, P.R.

履歴

登録	2022年1月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qrh.cif.gz	164.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qrh.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qrh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/7qrh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/7qrh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Aspartate/glutamate/uridylate kinase

BBB: Aspartate/glutamate/uridylate kinase

ヘテロ分子

50.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Other members of this family present as trimers. PISA analysis indicates this protein exists as either a dimer or quatramer.

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.147, 86.147, 234.105
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Aspartate/glutamate/uridylate kinase 分子量: 25223.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanococcus vannielii (古細菌) / 株: ATCC 35089 / DSM 1224 / JCM 13029 / OCM 148 / SB / 遺伝子: Mevan_0710 / プラスミド: pOPINF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6UQ44
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.51 % / 解説: Teardrop hexagon.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.5, 35% w/v PAA 2100

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.36→78.04 Å / Num. obs: 22089 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 113.8 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 22.3
反射シェル	解像度: 2.36→2.45 Å / Num. unique obs: 2259 / CC_1/2: 0.306

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PHENIX	1.19.2	モデル構築
PHASER		位相決定
xia2		データスケーリング
xia2		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: TrRosetta

解像度: 2.36→74.717 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.318 / ESU R Free: 0.245 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2576	1097	4.996 %
R_work	0.2036	20860	-
all	0.206	-	-
obs	-	21957	99.524 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.762 Å²	0.381 Å²	0 Å²
2-	-	0.762 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.472 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.36→74.717 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3245	0	10	18	3273

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	3305
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	3222
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.528	1.632	4479
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.327	1.577	7506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.038	5	418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.634	25.118	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.422	15	615
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.215	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	476
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3577
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	589
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	654
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.221	0.2	2784
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	1607
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1409
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.243	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.229	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.111	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.991	8.21	1678
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.993	8.207	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.338	12.312	2094
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.336	12.316	2095
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.751	8.794	1627
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.705	8.782	1620
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.478	12.953	2385
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.478	12.944	2378
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.771	98.027	3521
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.77	98.066	3522

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.36-2.421	0.384	76	0.419	1513	X-RAY DIFFRACTION	98.8799
2.421-2.488	0.462	67	0.402	1456	X-RAY DIFFRACTION	98.9604
2.488-2.56	0.4	74	0.327	1408	X-RAY DIFFRACTION	99.0642
2.56-2.639	0.346	76	0.315	1379	X-RAY DIFFRACTION	99.047
2.639-2.725	0.331	66	0.28	1350	X-RAY DIFFRACTION	99.2987
2.725-2.821	0.352	70	0.24	1301	X-RAY DIFFRACTION	99.8543
2.821-2.927	0.269	62	0.202	1279	X-RAY DIFFRACTION	99.6285
2.927-3.047	0.256	55	0.194	1225	X-RAY DIFFRACTION	99.6885
3.047-3.182	0.31	63	0.204	1174	X-RAY DIFFRACTION	99.8386
3.182-3.338	0.221	60	0.21	1124	X-RAY DIFFRACTION	99.7473
3.338-3.518	0.276	70	0.221	1057	X-RAY DIFFRACTION	99.7345
3.518-3.731	0.29	47	0.215	1043	X-RAY DIFFRACTION	99.9083
3.731-3.989	0.299	54	0.198	962	X-RAY DIFFRACTION	99.9017
3.989-4.308	0.257	49	0.179	918	X-RAY DIFFRACTION	100
4.308-4.72	0.183	43	0.15	834	X-RAY DIFFRACTION	100
4.72-5.276	0.241	41	0.161	774	X-RAY DIFFRACTION	100
5.276-6.092	0.286	40	0.218	687	X-RAY DIFFRACTION	100
6.092-7.46	0.259	41	0.217	594	X-RAY DIFFRACTION	100
7.46-10.545	0.199	29	0.154	480	X-RAY DIFFRACTION	100
10.545-74.717	0.19	14	0.242	302	X-RAY DIFFRACTION	97.8328

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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