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- PDB-7qrd: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with histone H3_10-25 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qrd
タイトルCrystal structure of mouse CARM1 in complex with histone H3_10-25
要素
  • Histone-arginine methyltransferase CARM1
  • SER-THR-GLY-GLY-LYS-ALA-PRO-URU-LYS-GLN-LEU-ALA-THR-LYS-ALA-ALA
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / Cytoprotection by HMOX1 / protein methyltransferase activity / Estrogen-dependent gene expression / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal / protein-arginine N-methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / nuclear replication fork / positive regulation of fat cell differentiation / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / response to cAMP / protein localization to chromatin / estrogen receptor signaling pathway / nuclear receptor coactivator activity / lysine-acetylated histone binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / methylation / cell population proliferation / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histone-arginine methyltransferase CARM1, N-terminal / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 N terminal / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / PH-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Chem-QVR / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Histone-arginine methyltransferase CARM1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Marechal, N. / Cura, V. / Troffer-Charlier, N. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CARM1 Transition State Mimics
著者: Marechal, N. / Cura, V. / Troffer-Charlier, N. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.
履歴
登録2022年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02024年10月9日Group: Atomic model / Data collection / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
B: Histone-arginine methyltransferase CARM1
C: Histone-arginine methyltransferase CARM1
D: Histone-arginine methyltransferase CARM1
L: SER-THR-GLY-GLY-LYS-ALA-PRO-URU-LYS-GLN-LEU-ALA-THR-LYS-ALA-ALA
M: SER-THR-GLY-GLY-LYS-ALA-PRO-URU-LYS-GLN-LEU-ALA-THR-LYS-ALA-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,08716
ポリマ－174,3116
非ポリマー1,77610
水10,359575
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.183, 99.204, 208.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 6分子 ABCDLM

#1: タンパク質
Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4


分子量: 42783.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド SER-THR-GLY-GLY-LYS-ALA-PRO-URU-LYS-GLN-LEU-ALA-THR-LYS-ALA-ALA


分子量: 1588.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Histone H3.1 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 5種, 585分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#6: 化合物 ChemComp-QVR / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-[(~{E})-prop-1-enyl]oxolane-3,4-diol


分子量: 277.279 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris-HCl pH 7.5 50 mM NaCl 1 mM TCEP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.1 Å / Num. obs: 105764 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 43.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 3.52 / Num. unique obs: 729 / CC1/2: 0.273 / Rpim(I) all: 1.604 / Rrim(I) all: 3.52 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20rc2_4400精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3


解像度: 2→41.65 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2536 5252 4.98 %
Rwork0.2224 100207 -
obs0.224 105459 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 146.43 Å2 / Biso mean: 50.4733 Å2 / Biso min: 22.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→41.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11519 0 148 575 12242
Biso mean--50.34 44.18 -
残基数----1437
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.020.46971580.45843123328193
2.02-2.050.45331900.421332703460100
2.05-2.070.41761940.401633003494100
2.07-2.10.38051560.382733313487100
2.1-2.120.37681600.358933253485100
2.12-2.150.36551660.349333483514100
2.15-2.180.34821870.342532813468100
2.18-2.220.36231800.329733213501100
2.22-2.250.37351870.31873268345599
2.25-2.290.34721780.306833343512100
2.29-2.330.32861620.285732873449100
2.33-2.370.28711570.27133613518100
2.37-2.420.29261690.252933363505100
2.42-2.460.25671940.243832623456100
2.46-2.520.26331620.247533823544100
2.52-2.580.30861740.252233263500100
2.58-2.640.28811660.24683322348899
2.64-2.710.26461810.2333315349699
2.71-2.790.28811600.230533703530100
2.79-2.880.2711740.228833333507100
2.88-2.990.26271570.236733713528100
2.99-3.10.27021990.23383336353599
3.1-3.250.29731650.236933393504100
3.25-3.420.24241780.207934073585100
3.42-3.630.21071510.185633563507100
3.63-3.910.20092010.169833763577100
3.91-4.30.19381920.151433923584100
4.3-4.930.17081610.141334503611100
4.93-6.20.19781830.170534683651100
6.2-41.650.22542100.20333517372797
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6296-0.4616-0.19171.40430.18291.4796-0.04650.1310.23930.0588-0.0125-0.1311-0.47980.36610.06040.5821-0.21210.04490.42160.04480.349254.758340.1853134.7156
21.59491.16730.27153.73160.34511.04760.0267-0.1087-0.0006-0.096-0.1478-0.3746-0.46950.62590.12760.3703-0.09970.05720.53690.07310.291261.585120.8023123.0156
30.96530.33940.00591.37860.14951.62590.06590.1364-0.0339-0.2724-0.1803-0.2009-0.04970.65280.04580.3115-0.07380.06440.57240.08290.338862.082118.9823121.4392
40.9011-0.38360.61472.00590.61151.0754-0.02340.143-0.2079-0.1786-0.07740.07610.03460.2910.10680.4931-0.07610.120.44680.05790.378453.372517.6251115.0678
52.1819-0.9685-0.414.7991-1.30212.96460.0853-0.1964-0.12940.7089-0.25810.2666-0.78720.69450.25530.5078-0.11310.03050.5991-0.03010.409961.5255-4.0708135.7199
61.4288-0.2104-0.21721.69440.62452.48960.2470.18670.0458-0.2132-0.10360.0761-0.4177-0.5073-0.10910.44360.20480.0320.49960.09670.288819.554819.1727114.7989
70.77980.77280.1230.49960.45690.44930.15650.07840.01050.1267-0.0340.0857-0.427-0.094-0.08020.49760.01120.05740.43490.01680.326332.664826.7043144.523
82.64-0.89210.00581.26880.94582.2120.16470.0232-0.10690.0378-0.15420.1172-0.2353-0.3408-0.03550.4650.08820.11080.5660.02940.334317.123921.0683138.0717
91.19380.0310.24730.9090.82222.64010.0991-0.0510.0883-0.0076-0.07220.0913-0.3842-0.5646-0.02820.33210.10270.06320.46750.07270.294417.094721.6667140.5618
102.82610.5266-0.22121.55190.47745.32630.2578-0.0651-0.0703-0.16840.0198-0.0981-0.76860.0975-0.35260.42580.06850.04480.32550.07480.398124.847928.8875142.2632
111.8487-0.2686-0.15591.1772-0.22922.23030.11780.02110.2721-0.0341-0.01470.0428-0.669-0.2913-0.04180.62380.18220.09990.38970.00650.372322.639640.9504177.9022
121.2487-0.19580.4182-0.04010.01731.33810.2244-0.0016-0.08790.0763-0.14560.158-0.1108-0.3492-0.05330.1875-0.00110.04290.2763-0.01430.295529.714412.5196194.4726
131.2275-0.1499-0.40871.7015-0.15731.49960.09940.04150.02830.1562-0.16120.1966-0.2376-0.50140.01870.29170.11410.07750.4567-0.0530.340214.136320.1887190.9775
141.10640.2569-0.19162.2082-0.2211.60670.08330.0491-0.19230.0064-0.1276-0.0925-0.1641-0.21450.05520.37330.0940.05940.5102-0.02430.337722.687318.4672197.4438
150.5160.0218-0.82253.49321.64912.89280.07560.1051-0.0416-0.587-0.43890.0892-0.849-0.20510.39380.50670.0872-0.07250.71780.0080.537313.6442-2.7926176.7642
161.55140.3239-0.26322.039-0.13042.49620.1843-0.18970.10020.0695-0.1104-0.1157-0.27390.3232-0.05520.2766-0.1480.01320.3312-0.03530.310756.820118.1526197.7624
170.7863-0.6980.20850.8714-0.54171.01580.19040.11420.137-0.1709-0.1148-0.0541-0.2851-0.0459-0.04990.4101-0.00660.08040.3651-0.0260.287443.999326.3847168.0112
182.15660.07930.81570.69360.26682.84530.1650.46810.0258-0.0637-0.0682-0.10760.0220.3709-0.11510.3188-0.03030.11980.47230.02540.359259.152519.9102174.3917
191.33330.40550.61261.2553-1.27982.46720.00720.2765-0.0167-0.1237-0.0803-0.1444-0.12730.64680.07040.2355-0.03470.07360.4237-0.0420.306959.209820.5096171.9586
201.2182-0.88410.93441.59250.2462.80790.00010.1637-0.0562-0.1373-0.06110.0662-0.63660.04350.12690.3848-0.11430.04830.3480.00160.392552.296428.5604170.2249
212.3887-1.40361.00862.8243-1.10170.62810.2419-0.32710.01740.1359-0.31090.08810.33210.28580.10130.72890.07580.15750.6632-0.05420.513930.631627.5618182.1543
224.5651.25660.97523.64890.08053.1036-0.4011-0.0609-0.62440.06640.12990.06420.5893-0.82710.40180.8239-0.04760.0980.66020.11770.658246.102227.2192130.4697
230.8778-0.22520.46720.1158-0.08061.60680.19290.0248-0.2443-0.0179-0.0665-0.1207-0.07860.3414-0.0990.26060.02110.0490.30240.00590.267446.162812.1086118.1118
241.618-1.07680.02272.5689-0.08360.69540.0584-0.0701-0.0835-0.30830.04040.1884-0.4688-1.0466-0.00780.43770.15420.04480.43560.00580.303714.835221.9583189.4528
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 136 through 282)A136 - 282
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 337 through 365)A337 - 365
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 366 through 445)A366 - 445
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 446 through 477)A446 - 477
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 478 through 499)A478 - 499
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 136 through 282)B136 - 282
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 283 through 336)B283 - 336
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 337 through 365)B337 - 365
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 366 through 445)B366 - 445
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 446 through 478)B446 - 478
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 136 through 282)C136 - 282
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 283 through 336)C283 - 336
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 366 through 445)C366 - 445
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 446 through 477)C446 - 477
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 478 through 499)C478 - 499
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 136 through 282)D136 - 282
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 283 through 336)D283 - 336
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 337 through 365)D337 - 365
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 366 through 445)D366 - 445
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 446 through 477)D446 - 477
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 10 through 22 )E10 - 22
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 10 through 25 )F10 - 25
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'A' and (resid 283 through 336)A283 - 336
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 337 through 365)C337 - 365

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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