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- PDB-7qr6: Stilbene dioxygenase (NOV1) from Novosphingobium aromaticivorans:... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qr6
タイトルStilbene dioxygenase (NOV1) from Novosphingobium aromaticivorans: Ser283Phe mutant
要素Dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Iron (鉄) / Dioxygenase / Biocatalysis (生体触媒) / Carotenoid Cleavage Oxygenases / Non-heme iron proteins / Biorefinery / Lignin valorization / Thermostability (耐熱性)
機能・相同性酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む / Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / metal ion binding / : / OXYGEN MOLECULE / Dioxygenase
機能・相同性情報
生物種Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Alvigini, L. / Mattevi, A.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Commission837890 (SMARTBOX)European Union
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Rationally Guided Improvement of NOV1 Dioxygenase for the Conversion of Lignin-Derived Isoeugenol to Vanillin.
著者: De Simone, M. / Alvigini, L. / Alonso-Cotchico, L. / Brissos, V. / Caroli, J. / Lucas, M.F. / Monza, E. / Melo, E.P. / Mattevi, A. / Martins, L.O.
履歴
登録2022年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dioxygenase
B: Dioxygenase
C: Dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,8979
ポリマ－166,6343
非ポリマー2646
水27015
1
A: Dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6323
ポリマ－55,5451
非ポリマー882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6323
ポリマ－55,5451
非ポリマー882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6323
ポリマ－55,5451
非ポリマー882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)178.471, 187.984, 105.867
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHELEULEUAA10 - 48710 - 487
21PHEPHELEULEUBB10 - 48710 - 487
12PHEPHELEULEUAA10 - 48710 - 487
22PHEPHELEULEUCC10 - 48710 - 487
13PROPROALAALABB5 - 4885 - 488
23PROPROALAALACC5 - 4885 - 488

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Dioxygenase /


分子量: 55544.574 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア)
株: ATCC 700278 / DSM 12444 / CCUG 56034 / CIP 105152 / NBRC 16084 / F199
遺伝子: Saro_0802
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q2GA76, 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド / 酸素


分子量: 31.999 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: sitting drop vapour diffusion, 0.16 M MgCl2, 0.08 M Tris/HCl pH 8.5, 18% wt/vol PEG 4000, and 20% vol/vol glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999977 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 36348 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.146 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.9→3.03 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.917 / Num. unique obs: 4697 / CC1/2: 0.302 / Rpim(I) all: 0.627 / Rrim(I) all: 1.121 / Rsym value: 0.731 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J55

5j55


解像度: 2.9→49.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 24.56 / SU ML: 0.437 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.506 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 1698 4.7 %RANDOM
Rwork0.2141 ---
obs0.2178 34650 91.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 175.35 Å2 / Biso mean: 67.13 Å2 / Biso min: 34.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.1 Å2-0 Å2-0 Å2
2---3.77 Å2-0 Å2
3----2.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→49.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11322 0 9 15 11346
Biso mean--55.55 50.08 -
残基数----1422
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01311689
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710381
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4361.64515859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1961.57824093
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.04651421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.77822.23677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.446151838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7491578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.21457
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022662
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A146610.15
12B146610.15
21A142240.18
22C142240.18
31B143420.17
32C143420.17
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 135 -
Rwork0.341 2703 -
all-2838 -
obs--97.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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