PDB-7qr2: Crystal structure of chicken Ovalbumin-related protein X

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qr2

タイトル

Crystal structure of chicken Ovalbumin-related protein X

要素

Ovalbumin-related protein X

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / chicken egg /

serpin (セルピン) /

innate immunity (自然免疫系) / heparin binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

serine-type endopeptidase inhibitor activity /

heparin binding / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium /

extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Coste, F. / Rehault-Godbert, S.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of chicken Ovalbumin-related protein X
著者: Coste, F. / Rehault-Godbert, S.

履歴

登録	2022年1月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qr2.cif.gz	193.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qr2.ent.gz	126.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qr2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/7qr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/7qr2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ovaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Ovalbumin-related protein X

ヘテロ分子

46.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.742, 64.275, 115.525
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Ovalbumin-related protein X 分子量: 45481.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: OVALX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: R9TNA6
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: phosphate/citrate buffer, LiSO4, PEG1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→56.167 Å / Num. obs: 49372 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 25.42 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 1.64→1.67 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.674 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2417 / CC_1/2: 0.894 / R_pim(I) all: 0.279 / R_rim(I) all: 0.731 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OVA

1ova

解像度: 1.64→33.03 Å / SU ML: 0.2102 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.1186
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2044	2492	5.05 %
R_work	0.1765	46863	-
obs	0.178	49355	99.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→33.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2811	0	32	202	3045

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0099	2915
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0549	3962
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0675	463
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0079	498
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.2077	1044

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.64-1.67	0.3401	142	0.3024	2551	X-RAY DIFFRACTION	99.04
1.67-1.71	0.3232	161	0.2801	2503	X-RAY DIFFRACTION	99.25
1.71-1.75	0.2956	128	0.2464	2563	X-RAY DIFFRACTION	98.79
1.75-1.79	0.2645	113	0.2231	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.45
1.79-1.83	0.2398	133	0.2018	2548	X-RAY DIFFRACTION	99.44
1.83-1.88	0.2331	132	0.1913	2547	X-RAY DIFFRACTION	99.08
1.88-1.94	0.216	139	0.1798	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.31
1.94-2	0.1996	142	0.1901	2572	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2-2.07	0.2913	124	0.1897	2595	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.07-2.15	0.2073	151	0.1774	2587	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.15-2.25	0.22	125	0.1761	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.25-2.37	0.2214	131	0.1698	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.37-2.52	0.1985	146	0.1761	2592	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.52-2.71	0.2372	137	0.1791	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.71-2.98	0.2067	159	0.168	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.98-3.41	0.1722	132	0.1715	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.42-4.3	0.1896	171	0.1546	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.75
4.3-33.03	0.1741	126	0.1726	2833	X-RAY DIFFRACTION	99.6

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.22135974287	-3.58405739688	0.865572266926	2.26512264266	-0.786321010833	4.44882143373	0.0920256994477	0.120377763344	-0.311169587212	0.0592403666457	-0.193005311179	-0.006889046782	0.679814809624	0.10720101057	0.11718185195	0.249844761761	-0.0192220106324	0.0102628236652	0.144324699932	-0.00688705168135	0.228280059372	-10.4124516601	-0.572773990286	-11.0790824956
2	1.68558673034	0.309010448307	-1.18061367148	0.376933569486	0.036472934176	4.53474836638	-0.103951538473	-0.203492117745	-0.228811794134	0.0861315153126	-0.00255783271951	0.0301629972186	0.453464434298	0.177393648914	0.00602811033179	0.219691905344	0.0181158560449	0.0300396766197	0.14023188728	-0.00747174144495	0.275868856077	-8.68767162542	0.390932591198	-1.79745921059
3	1.10158172663	0.842198855993	0.513231587437	1.75140036654	-0.895977037657	2.91083952745	-0.0161980762807	-0.206957406408	-0.317035224443	-0.216478387377	0.135761148699	-0.328730149075	0.586603016814	1.10026772622	0.0843123685534	0.266962544274	0.119095926998	0.0301691954116	0.405220799291	-0.0321290196761	0.364686572656	5.42443267651	2.81170360343	-5.91393175914
4	2.59563768553	1.37743002836	-0.511108166914	1.92739711666	-1.18087121336	3.65494978629	0.0936960949256	-0.471757530277	0.146660108604	0.23275654036	-0.0885401574162	0.0382807467787	-0.298695063502	0.264613156467	0.0033344719812	0.159714384536	-0.00721334889357	0.0196785566118	0.280733322312	-0.0687344157443	0.258619923388	1.02301609566	14.3212131196	2.77053164373
5	6.86322381334	-0.012254057942	1.26631788778	5.83542229681	-2.70180621627	5.18618793718	0.119141611052	0.759698869889	1.06786829905	-0.715965514439	0.259602572791	-0.109131475381	-0.319529094092	0.254776197674	-0.355576600087	0.500827720678	-0.022315487206	0.107662266734	0.343717426343	-0.0461167999898	0.210691598235	-5.32029852851	16.9443840435	-33.3273616951
6	4.34541451736	0.367197872228	0.0612200664531	5.25119494915	0.213299252121	3.88307725373	0.144313138344	0.519280531611	0.0619509898724	-0.122486580704	0.0652334777819	-0.410150410865	-0.119173480706	0.0166010704196	-0.206761660683	0.279720903109	-0.0202309871355	0.0166457736882	0.247318951692	0.0124549466419	0.130505078045	-6.01068730212	7.78191845705	-34.0747913068
7	1.72542888809	0.24174105052	0.188152918988	1.74285650177	1.0789318763	4.95253692744	0.0899966936012	0.201445983131	-0.1639999271	-0.170214611956	0.0695228929881	-0.067597118192	0.346839714329	-0.161907099753	-0.147792596687	0.255321919754	-0.0314348445583	-0.0243242255647	0.185002749074	0.0203211568977	0.234054944656	-8.04558862515	3.58003943905	-26.3404039392
8	2.41149001797	-0.142540143482	0.186930548934	1.92669895261	-1.24305414419	5.58152055247	-0.012215661163	-0.37516814395	-0.00640901448009	0.16377251697	-0.0387019799191	-0.0155905564865	-0.00762923127383	0.0295234669844	0.0567749114988	0.156743604918	0.00787219767306	0.0208834477491	0.195701838447	-0.0113593030935	0.209912072397	-12.4209580946	5.91938804933	7.72624038017
9	1.69206226416	-0.0505858496665	-0.493118871156	0.763022945361	0.00471243014319	3.53258229949	0.0656970509666	0.290153860094	-0.00731296728296	-0.209409483381	0.123373583434	-0.053715000672	-0.0829709422536	0.261317452374	-0.143182915204	0.167820425142	-0.0193994606213	0.0118353109868	0.12611162973	-0.0136043897213	0.169831364719	-4.8008330128	8.27532069367	-22.4509165169

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 8 through 31 )	8 - 31	1 - 24
2	2	chain 'A' and (resid 32 through 91 )	32 - 91	25 - 70
3	3	chain 'A' and (resid 92 through 123 )	92 - 123	71 - 102
4	4	chain 'A' and (resid 124 through 198 )	124 - 198	103 - 177
5	5	chain 'A' and (resid 199 through 219 )	199 - 219	178 - 198
6	6	chain 'A' and (resid 220 through 240 )	220 - 240	199 - 219
7	7	chain 'A' and (resid 241 through 307 )	241 - 307	220 - 286
8	8	chain 'A' and (resid 308 through 337 )	308 - 337	287 - 316
9	9	chain 'A' and (resid 338 through 402 )	338 - 402	317 - 365

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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