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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qqk | ||||||||||||
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タイトル | TIR-SAVED effector bound to cA3 | ||||||||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN / Microbacterium ketosireducens TIR SAVED complex bound to cA3 | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() nucleobase-containing small molecule biosynthetic process / NAD catabolic process / NAD+ nucleosidase activity / signal transduction 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||
![]() | Spagnolo, L. / White, M.F. / Hogrel, G. / Guild, A. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cyclic nucleotide-induced helical structure activates a TIR immune effector. 著者: Gaëlle Hogrel / Abbie Guild / Shirley Graham / Hannah Rickman / Sabine Grüschow / Quentin Bertrand / Laura Spagnolo / Malcolm F White / ![]() ![]() ![]() 要旨: Cyclic nucleotide signalling is a key component of antiviral defence in all domains of life. Viral detection activates a nucleotide cyclase to generate a second messenger, resulting in activation of ...Cyclic nucleotide signalling is a key component of antiviral defence in all domains of life. Viral detection activates a nucleotide cyclase to generate a second messenger, resulting in activation of effector proteins. This is exemplified by the metazoan cGAS-STING innate immunity pathway, which originated in bacteria. These defence systems require a sensor domain to bind the cyclic nucleotide and are often coupled with an effector domain that, when activated, causes cell death by destroying essential biomolecules. One example is the Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domain, which degrades the essential cofactor NAD when activated in response to infection in plants and bacteria or during programmed nerve cell death. Here we show that a bacterial antiviral defence system generates a cyclic tri-adenylate that binds to a TIR-SAVED effector, acting as the 'glue' to allow assembly of an extended superhelical solenoid structure. Adjacent TIR subunits interact to organize and complete a composite active site, allowing NAD degradation. Activation requires extended filament formation, both in vitro and in vivo. Our study highlights an example of large-scale molecular assembly controlled by cyclic nucleotides and reveals key details of the mechanism of TIR enzyme activation. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 293.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 241.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 70.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 103.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 14122MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46815.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: RS81_00402 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: RNA鎖 | 分子量: 942.660 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: one tier of TIR_SAVED bound to cA3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL CRYO ARM 300 |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 46 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 596378 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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