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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qqi | ||||||
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タイトル | Sucrose phosphorylase from Faecalibaculum rodentium | ||||||
![]() | Aamy domain-containing protein | ||||||
![]() | TRANSFERASE / sucrose phosphorylase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ubiparip, Z. / Capra, N. / Rozeboom, H.J. / Desmet, T. / Thunnissen, A.M.W.H. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: Sucrose phosphorylase from Faecalibaculum rodentium 著者: Ubiparip, Z. / Capra, N. / Rozeboom, H.J. / Thunnissen, A.M.W.H. / Desmet, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 365 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 287.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 421.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 421.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6s9vS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56898.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: AALO17_25870 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-TRS / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein was concentrated to 30 mg/ml in 25 mM Tris, pH 7.8, 100 mM NaCl. Drops were prepared by mixing protein and reservoir solution at a 1:1 volume ratio. Composition reservoir solution: 1 ...詳細: Protein was concentrated to 30 mg/ml in 25 mM Tris, pH 7.8, 100 mM NaCl. Drops were prepared by mixing protein and reservoir solution at a 1:1 volume ratio. Composition reservoir solution: 1 M Na citrate, 0.1 M Tris, pH 7.0, 0.2 M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月25日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.965459 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.36→46 Å / Num. obs: 95834 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 10.7 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6S9V 解像度: 1.36→46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 3.355 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.057 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.554 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.36→46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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