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- PDB-7qqa: MgADP-bound Fe protein of the iron-only nitrogenase from Azotobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qqa
タイトルMgADP-bound Fe protein of the iron-only nitrogenase from Azotobacter vinelandii
要素Nitrogenase iron protein
キーワードELECTRON TRANSPORT / Nitrogen fixation / Fe protein / iron-only nitrogenase / alternative nitrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / nitrogenase / nitrogenase activity / nitrogen fixation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogenase iron protein NifH / NifH/frxC family / NifH/chlL conserved site / 4Fe-4S iron sulfur cluster binding proteins, NifH/frxC family / NifH/frxC family signature 2. / NifH/frxC family signature 1. / NIFH_FRXC family profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / IRON/SULFUR CLUSTER / Nitrogenase iron protein
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Trncik, C. / Mueller, T. / Franke, P. / Einsle, O.
資金援助European Union, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)235777276European Union
German Research Foundation (DFG)273919336European Union
European Research Council (ERC)310656European Union
引用ジャーナル: Journal of Inorganic Biochemistry / 年: 2022
タイトル: MgADP-bound Fe protein of the iron-only nitrogenase from Azotobacter vinelandii
著者: Trncik, C. / Mueller, T. / Franke, P. / Einsle, O.
履歴
登録2022年1月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nitrogenase iron protein
B: Nitrogenase iron protein
C: Nitrogenase iron protein
D: Nitrogenase iron protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,34714
ポリマ－119,8374
非ポリマー2,50910
水13,727762
1
A: Nitrogenase iron protein
B: Nitrogenase iron protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1737
ポリマ－59,9192
非ポリマー1,2555
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area20860 Å2
2
C: Nitrogenase iron protein
D: Nitrogenase iron protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1737
ポリマ－59,9192
非ポリマー1,2555
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area21260 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)48.677, 80.366, 80.024
Angle α, β, γ (deg.)68.570, 75.850, 76.030
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRAA2 - 2711 - 270
21TYRTYRBB2 - 2711 - 270
12TYRTYRAA2 - 2711 - 270
22TYRTYRCC2 - 2711 - 270
13ALAALAAA2 - 2741 - 273
23ALAALADD2 - 2741 - 273
14GLYGLYBB2 - 2721 - 271
24GLYGLYCC2 - 2721 - 271
15TYRTYRBB2 - 2711 - 270
25TYRTYRDD2 - 2711 - 270
16TYRTYRCC2 - 2711 - 270
26TYRTYRDD2 - 2711 - 270

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Nitrogenase iron protein / Nitrogenase Fe protein / Nitrogenase component II / Nitrogenase reductase


分子量: 29959.307 Da / 分子数: 4 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 株: DJ / ATCC BAA-1303 / 参照: UniProt: C1DK95, nitrogenase
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 762 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.05 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES/NaOH pH7.0, PEG 550

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→73.48 Å / Num. obs: 67524 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.99 Å / Num. unique obs: 3377 / CC1/2: 0.71

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Q93

6q93


解像度: 1.79→73.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 4.687 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2486 3226 4.8 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.1995 64307 66.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 119.99 Å2 / Biso mean: 31.013 Å2 / Biso min: 10.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å2-0.08 Å2-0.01 Å2
2--0.11 Å20.11 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.79→73.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8322 0 128 762 9212
Biso mean--24.31 36.76 -
残基数----1088
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0138590
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0168240
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5011.65311592
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2851.5919048
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.00751084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.21823.786412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.196151544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4431540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021820
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A82200.1
12B82200.1
21A80430.12
22C80430.12
31A84470.08
32D84470.08
41B81230.11
42C81230.11
51B82210.09
52D82210.09
61C80430.12
62D80430.12
LS精密化 シェル解像度: 1.79→1.836 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 14 -
Rwork0.242 157 -
all-171 -
obs--2.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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