PDB-7qq0: X-ray structure of the adduct obtained upon reaction of [cis-Rh2(...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qq0

タイトル

X-ray structure of the adduct obtained upon reaction of [cis-Rh2(OCOCH3)2(OCOCF3)2] with RNase A (2)

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / Protein metalation / dirhodium tetraacetate derivative / dimetallic paddlewheel complexes

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.32 Å

データ登録者

Loreto, D. / Merlino, A.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2022
タイトル: Reactivity of a fluorine-containing dirhodium tetracarboxylate compound with proteins.
著者: Loreto, D. / Esposito, A. / Demitri, N. / Guaragna, A. / Merlino, A.

履歴

登録	2022年1月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qq0.cif.gz	78.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qq0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qq0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qq0_validation.pdf.gz	475.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qq0_full_validation.pdf.gz	477.4 KB	表示
XML形式データ	7qq0_validation.xml.gz	6.8 KB	表示
CIF形式データ	7qq0_validation.cif.gz	12.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qq0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qq0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qpwC 7qpyC 7qpzC 7qq1C 1jvtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

AAA: Ribonuclease pancreatic

BBB: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

28.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.210, 32.560, 72.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.309, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-416- HOH

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease
#2: 化合物	ChemComp-F3I / (mi2-acetato-O, O')-hexaaquo-dirhodium (II) 分子量: 367.907 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₁₀O₈Rh₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-RHF / RHODIUM(II) ION 分子量: 102.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Rh
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
2	2.16	43.06
1

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 22% PEG 4K 10 mM sodium citrate buffer pH 5.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.32→41.143 Å / Num. obs: 54908 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.5 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.138 / R_pim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.32→1.35 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.862 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2752 / CC_1/2: 0.704 / R_pim(I) all: 0.57 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
AutoProcess		データ削減
AutoProcess		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JVT

1jvt

解像度: 1.32→41.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 1.088 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.07 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	2648	4.79 %
R_work	0.2088	52631	-
all	0.21	-	-
obs	-	54908	99.471 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.032 Å²	0 Å²	0.036 Å²
2-	-	0.062 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.32→41.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1902	0	26	387	2315

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2113
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	3.098	1.674	2891
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.545	1.584	4222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.654	5	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.654	24.327	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.29	15	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.66	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2495
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	405
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	442
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	1720
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	926
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	251
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.08	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.173	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.167	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.525	1.52	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.525	1.52	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.36	2.272	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.359	2.272	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.905	1.673	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.884	1.669	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.855	2.443	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.85	2.432	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.998	19.754	2475
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.748	18.886	2352

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.32-1.354	0.313	192	0.288	3859	X-RAY DIFFRACTION	99.7783
1.391-1.432	0.254	152	0.242	3733	X-RAY DIFFRACTION	99.8971
1.432-1.476	0.256	151	0.217	3609	X-RAY DIFFRACTION	99.7877
1.476-1.524	0.224	148	0.215	3459	X-RAY DIFFRACTION	99.8063
1.524-1.578	0.224	201	0.203	3320	X-RAY DIFFRACTION	99.8865
1.578-1.637	0.231	166	0.196	3235	X-RAY DIFFRACTION	99.7361
1.637-1.704	0.245	158	0.194	3100	X-RAY DIFFRACTION	99.299
1.704-1.78	0.219	168	0.187	2953	X-RAY DIFFRACTION	99.4266
1.78-1.866	0.238	184	0.202	2797	X-RAY DIFFRACTION	98.6759
1.866-1.967	0.232	110	0.204	2739	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.967-2.087	0.207	125	0.199	2581	X-RAY DIFFRACTION	99.6318
2.087-2.231	0.228	146	0.203	2385	X-RAY DIFFRACTION	99.1771
2.231-2.409	0.237	122	0.198	2283	X-RAY DIFFRACTION	99.0935
2.409-2.639	0.233	103	0.186	2071	X-RAY DIFFRACTION	99.3148
2.639-2.95	0.244	98	0.203	1909	X-RAY DIFFRACTION	99.603
2.95-3.405	0.275	86	0.203	1617	X-RAY DIFFRACTION	97.9298
3.405-4.168	0.198	65	0.178	1441	X-RAY DIFFRACTION	98.3671
4.168-5.885	0.297	57	0.23	1123	X-RAY DIFFRACTION	99.4941

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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