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- PDB-7qpx: Complex of rice blast (Magnaporthe oryzae) effector protein AVR-P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qpx
タイトルComplex of rice blast (Magnaporthe oryzae) effector protein AVR-PikC with an engineered HMA domain of Pikp-1 (Pikp-SNK-EKE) from rice (Oryza sativa)
要素
  • AVR-Pik protein
  • Resistance protein Pikp-1
キーワードANTIFUNGAL PROTEIN / Plant immunity / pathogen effector / protein engineering / blast disease
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to other organism / ADP binding / ATP hydrolysis activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / AVR-Pik-like, HMA interaction domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / NB-ARC / NB-ARC domain / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA ...: / AVR-Pik-like, HMA interaction domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / NB-ARC / NB-ARC domain / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Resistance protein Pikp-1 / AVR-Pik-like HMA interaction domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
Pyricularia oryzae (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Maidment, J.H.R. / Banfield, M.J.
資金援助 日本, 9件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M011216/1 日本
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P012574 日本
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BBS/E/J/000PR9795 日本
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M02198X 日本
European Research Council (ERC)743165 日本
The Thailand Research Fund (TRF)PHD/0152/2556 日本
John Innes Foundation 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)KAKENHI 15H05779 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)KAKENHI 20H00421 日本
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Effector target-guided engineering of an integrated domain expands the disease resistance profile of a rice NLR immune receptor.
著者: Maidment, J.H.R. / Shimizu, M. / Bentham, A.R. / Vera, S. / Franceschetti, M. / Longya, A. / Stevenson, C.E.M. / De la Concepcion, J.C. / Bialas, A. / Kamoun, S. / Terauchi, R. / Banfield, M.J.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Effector target-guided engineering of an integrated domain expands the disease resistance profile of a rice NLR immune receptor
著者: Maidment, J. / Shimizu, M. / Vera, S. / Franceschetti, M. / Longya, A. / Stevenson, C. / De la Concepcion, J. / Bialas, A. / Kamoun, S. / Terauchi, R. / Banfield, M.
履歴
登録2022年1月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Resistance protein Pikp-1
B: Resistance protein Pikp-1
C: AVR-Pik protein
D: Resistance protein Pikp-1
E: Resistance protein Pikp-1
F: AVR-Pik protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4186
ポリマ－55,4186
非ポリマー00
水3,657203
1
A: Resistance protein Pikp-1
B: Resistance protein Pikp-1
C: AVR-Pik protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7093
ポリマ－27,7093
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11310 Å2
手法PISA
2
D: Resistance protein Pikp-1
E: Resistance protein Pikp-1
F: AVR-Pik protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7093
ポリマ－27,7093
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.353, 83.130, 107.035
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Resistance protein Pikp-1


分子量: 8430.855 Da / 分子数: 4 / 変異: S258E, N261K, K262E / 由来タイプ: 組換発現
詳細: expressed protein corresponds to residues 186-263 of wild type sequence. N-terminal GP is a scar from the cleaved expression tag
由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 遺伝子: Pikp-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E9KPB5
#2: タンパク質 AVR-Pik protein


分子量: 10847.306 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: expressed protein corresponds to residues 22-113 of wild type sequence. N-terminal M was added.
由来: (組換発現) Pyricularia oryzae (菌類) / 株: 70-15 / ATCC MYA-4617 / FGSC 8958 / 遺伝子: MGG_15972 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G4MXW3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: NULL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→46.71 Å / Num. obs: 37795 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.05-2.1110.11.04828860.8380.341.10399.4
8.94-46.7180.0385340.9980.0140.04199.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimless0.6.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7A8W

7a8w


解像度: 2.05→46.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.2199 / WRfactor Rwork: 0.2012 / FOM work R set: 0.8268 / SU B: 4.484 / SU ML: 0.117 / SU R Cruickshank DPI: 0.1789 / SU Rfree: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2266 1898 5 %RANDOM
Rwork0.2044 ---
obs0.2056 35848 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.01 Å2 / Biso mean: 43.89 Å2 / Biso min: 26.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.41 Å20 Å2-0 Å2
2--1.68 Å20 Å2
3---0.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→46.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3458 0 0 203 3661
Biso mean---46.48 -
残基数----450
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0133550
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163603
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5191.634783
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.231.5998318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2615452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.52722.963162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.10815677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2161521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023930
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02740
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 151 -
Rwork0.277 2584 -
all-2735 -
obs--98.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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