PDB-7qpp: High resolution structure of human VDR ligand binding domain in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qpp

タイトル

High resolution structure of human VDR ligand binding domain in complex with calcitriol

要素

Vitamin D3 receptor

キーワード

TRANSCRIPTION / VDR / calcitriol

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / positive regulation of vitamin D 24-hydroxylase activity / response to bile acid / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / Vitamin D (calciferol) metabolism / apoptotic process involved in mammary gland involution / phosphate ion transmembrane transport / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / calcitriol binding / lithocholic acid binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Rochel, N.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Advances in Vitamin D Receptor Function and Evolution Based on the 3D Structure of the Lamprey Ligand-Binding Domain.
著者: Sigueiro, R. / Bianchetti, L. / Peluso-Iltis, C. / Chalhoub, S. / Dejaegere, A. / Osz, J. / Rochel, N.

履歴

登録	2022年1月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qpp.cif.gz	208.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qpp.ent.gz	138.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7qpp_validation.pdf.gz	707.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qpp_full_validation.pdf.gz	711.5 KB	表示
XML形式データ	7qpp_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	7qpp_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/7qpp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/7qpp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7qpiC 1db1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (5) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Vitamin D3 receptor

ヘテロ分子

30.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.926, 51.317, 132.317
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

#1: タンパク質	Vitamin D3 receptor / VDR / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 1 分子量: 29805.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VDR, NR1I1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P11473
#2: 化合物	ChemComp-VDX / 5-{2-[1-(5-HYDROXY-1,5-DIMETHYL-HEXYL)-7A-METHYL-OCTAHYDRO-INDEN-4-YLIDENE]-ETHYLIDENE}-4-METHYLENE-CYCLOHEXANE-1,3-DIOL / 1,25 DIHYDROXY VITAMIN D3 / カルシトリオ-ル分子量: 416.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.93 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: Ammonium Sulfate, pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年5月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→20.1 Å / Num. obs: 46307 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 11.22 Å² / R_sym value: 0.005 / Net I/σ(I): 20.7
反射シェル	解像度: 1.52→1.56 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.122 / Mean I/σ(I) obs: 9.8 / Num. unique obs: 46136 / % possible all: 66.6

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17_3644	精密化
PHENIX	1.17_3644	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DB1

1db1

解像度: 1.52→19.8 Å / SU ML: 0.0872 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 13.8881
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1662	4655	10.05 %
R_work	0.1389	41652	-
obs	0.1416	46307	96.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→19.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2021	0	35	410	2466

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0114	2135
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2681	2901
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.2382	333
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0087	368
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.9487	818

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.52-1.54	0.1708	124	0.1364	1092	X-RAY DIFFRACTION	77.6
1.54-1.56	0.1606	145	0.1347	1298	X-RAY DIFFRACTION	90.24
1.56-1.58	0.1387	141	0.1248	1260	X-RAY DIFFRACTION	92.05
1.58-1.6	0.1528	139	0.1348	1349	X-RAY DIFFRACTION	92.88
1.6-1.62	0.1713	130	0.126	1332	X-RAY DIFFRACTION	93
1.62-1.64	0.1786	131	0.1314	1334	X-RAY DIFFRACTION	94.7
1.64-1.66	0.1578	165	0.1305	1345	X-RAY DIFFRACTION	94.02
1.66-1.69	0.157	138	0.1282	1329	X-RAY DIFFRACTION	95.69
1.69-1.71	0.1652	146	0.1305	1395	X-RAY DIFFRACTION	96.37
1.71-1.74	0.1674	185	0.1335	1336	X-RAY DIFFRACTION	97.38
1.74-1.77	0.1733	148	0.1284	1388	X-RAY DIFFRACTION	97.34
1.77-1.8	0.1626	141	0.1298	1415	X-RAY DIFFRACTION	98.11
1.8-1.84	0.1594	152	0.1326	1402	X-RAY DIFFRACTION	98.54
1.84-1.88	0.1516	155	0.1357	1400	X-RAY DIFFRACTION	98.29
1.88-1.92	0.1686	155	0.1362	1394	X-RAY DIFFRACTION	98.6
1.92-1.96	0.1718	165	0.1312	1419	X-RAY DIFFRACTION	99.19
1.96-2.01	0.1591	179	0.1298	1382	X-RAY DIFFRACTION	99.24
2.01-2.06	0.1537	165	0.1295	1428	X-RAY DIFFRACTION	99.07
2.06-2.13	0.1626	159	0.1259	1416	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.13-2.19	0.1577	154	0.1232	1419	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.19-2.27	0.1593	157	0.1213	1420	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.27-2.36	0.154	189	0.1215	1430	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.36-2.47	0.1691	180	0.1254	1386	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.47-2.6	0.1525	158	0.1265	1432	X-RAY DIFFRACTION	99.31
2.6-2.76	0.1611	161	0.1357	1439	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.76-2.98	0.1639	167	0.1459	1455	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.98-3.27	0.1626	163	0.1448	1457	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.27-3.74	0.166	149	0.1428	1477	X-RAY DIFFRACTION	99.03
3.74-4.71	0.1668	158	0.137	1477	X-RAY DIFFRACTION	98.91
4.71-19.8	0.2219	156	0.2079	1546	X-RAY DIFFRACTION	97.15

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.83815624341	0.790343497235	1.28418598934	0.644222655657	0.427545026911	1.82784607946	0.117661423165	-0.195492926055	-0.192190076325	0.343663212195	0.0410286988341	-0.125142833624	0.333358935772	0.237071276937	-0.143568075437	0.176983623203	0.0443429640896	-0.0625147412724	0.132534562295	-0.0101163410692	0.102559763642	23.3219615265	7.64041709841	53.9263889634
2	0.983202628235	-0.783560527716	0.197989723089	1.70636355925	-0.314931999314	0.979066810113	0.119116091144	0.159984112321	0.107018845166	-0.243381851903	-0.1285021024	0.00808213896623	-0.038079264013	0.032917647275	0.0224039153948	0.0695665592448	0.00569787647405	-0.00894483485972	0.0940495707311	0.00289266124573	0.0941039853399	8.88672628797	23.2170926978	24.5323083332
3	0.7255714726	-0.239412825824	0.420350259631	1.03964041619	0.00388659179856	1.28864211115	0.0179750671851	-0.0826142687678	-0.00624290531435	0.0920351627408	-0.050746047778	0.0803506307572	0.160980326914	-0.108468455939	-0.0483992440672	0.0517798410483	-0.0172704064276	0.00042835231249	0.053050424871	-0.00529157432058	0.0730563642437	7.51406393811	12.2419717057	42.205305894
4	3.00774712998	0.869363138784	-2.08396339446	1.55892566697	-0.999990698744	3.87565530762	-0.00902894801551	-0.000143694370867	0.114197753271	0.0457126918388	-0.0298051342228	0.00791711835422	-0.0414331842994	-0.117679686216	0.0292126987833	0.0475819729252	-0.00613769405931	-0.0255376812373	0.0421586641084	-0.012507952029	0.0611400029836	13.5134618853	20.0841853798	39.7481994011
5	3.49165134668	-1.39644287778	0.734665134303	6.66198474682	0.451647524735	2.52857422155	0.0113153424485	0.271885774663	0.148252270276	-0.324387175784	-0.0685574421669	-0.133854100316	-0.122160104822	0.16250439973	0.0301232874734	0.0842360976065	-0.0273066850758	-0.0338477782404	0.11017380693	0.0340796882133	0.0860136889059	13.1654021587	26.6227480469	26.230255683
6	5.5678303231	-2.40183323281	1.41314223465	3.42440687219	-1.17068219812	3.52210746703	-0.149097842424	0.180165730839	0.689571581421	0.0324148162195	-0.127737696716	-0.174535551347	-0.223197004975	0.102165680664	0.207652910213	0.0834011478148	-0.0234582640374	-0.0388218422231	0.054680869324	0.0205952976674	0.155930833203	19.1873337289	30.458780003	39.1130915638
7	4.00268119444	-0.280925844962	-1.03817048215	1.74262241408	0.0907435936596	2.77568682545	0.0717953510741	-0.00485433380408	0.125585069146	0.140913898904	-0.0508057797163	0.00645188717971	-0.0214079869232	-0.157852363143	0.00856326422414	0.0763914117455	-0.00213604886894	-0.0218515505828	0.0490595835342	-0.0142176885911	0.0399296699935	14.3542780122	17.8815046605	51.7092397078
8	4.1400075953	0.331095152041	-0.90333475052	1.63935271959	-0.183752121731	2.62638687282	-0.0202674858815	-0.273574452839	0.167805271481	0.224717801125	0.014587248365	-0.247752677545	0.0262083774315	0.317254559729	0.0216445869671	0.137254495664	0.0143615773026	-0.0451812654091	0.117898812767	-0.0140966066644	0.0993195820805	23.043443395	16.8026282316	57.5641480646
9	6.44438867413	-1.47654533386	5.39856460579	0.839769981935	-1.09956693288	4.85606862784	-0.282895275475	-0.372655070621	0.449314434961	0.0899262459518	0.0541539441128	-0.0978369338949	-0.288570353638	-0.308012801737	0.203751380438	0.0920401090114	0.00837055811808	-0.0200299805341	0.0865191261292	-0.0235988891869	0.122471062367	10.1390649485	29.2455646902	44.8288350338
10	2.47103610745	-2.08392705811	0.914044750674	5.72190358851	-2.84942537403	2.64133536998	-0.0645906894456	-0.24113138945	-0.0748766330921	0.182545596764	0.138604672543	0.298847432733	-0.0916738684107	-0.242112011994	-0.0768979532144	0.0556835032683	0.00798203515207	-0.00414893608999	0.10983938535	-0.0129805191603	0.147401770054	-3.4702985272	22.8168937827	33.4179754904

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 119 through 142 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 143 through 226 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 227 through 255 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 256 through 290 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 291 through 306 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 307 through 323 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 324 through 348 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 349 through 378 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 379 through 406 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 407 through 424 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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