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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qpo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human trans-3-Hydroxy-L-proline dehydratase | ||||||
![]() | Trans-3-hydroxy-L-proline dehydratase | ||||||
![]() | LYASE / hydroxyproline / dehydratase | ||||||
機能・相同性 | trans-L-3-hydroxyproline dehydratase / trans-L-3-hydroxyproline dehydratase activity / Proline racemase family / Proline racemase / hydro-lyase activity / Trans-3-hydroxy-L-proline dehydratase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ferrario, E. / Miggiano, R. / Rizzi, M. / Ferraris, D.M. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: The integration of AlphaFold-predicted and crystal structures of human trans -3-hydroxy-l-proline dehydratase reveals a regulatory catalytic mechanism. 著者: Ferrario, E. / Miggiano, R. / Rizzi, M. / Ferraris, D.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 139 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 107.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6r77S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 10 - 353 / Label seq-ID: 31 - 374
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40600.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q96EM0, trans-L-3-hydroxyproline dehydratase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.36 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH=6.5 12% (w/v) PEG 20000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→47.1 Å / Num. obs: 20658 / % possible obs: 98.89 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 76.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0816 / Net I/σ(I): 5.57 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.4657 / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / Num. unique obs: 2049 / % possible all: 98.89 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6R77 解像度: 3→47.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 17.658 / SU ML: 0.314 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.408 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 79.52 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3→47.1 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 9161 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
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