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- PDB-7qpl: Crystal structure of phosphoserine phosphatase (SerB) from Brucel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qpl
タイトルCrystal structure of phosphoserine phosphatase (SerB) from Brucella melitensis in complex with phosphate and magnesium
要素O-phosphoserine phosphohydrolase
キーワードHYDROLASE / HAD phosphatase / ACT-like domain / Rossmanoid fold / L-serine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoserine phosphatase / L-phosphoserine phosphatase activity / L-serine biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoserine phosphatase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Phosphoserine phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis bv. 1 str. 16M (マルタ熱菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Pierson, E. / Wouters, J.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Other government ベルギー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of phosphoserine phosphatase (SerB) from Brucella melitensis in complex with phosphate and magnesium
著者: Pierson, E. / Wouters, J.
履歴
登録2022年1月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-phosphoserine phosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,68217
ポリマ－32,5491
非ポリマー1,13216
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)143.210, 143.210, 143.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Space group name HallI2b2c3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z+1/2,x
#5: z,-x,-y+1/2
#6: -y+1/2,z,-x
#7: -z,-x+1/2,y
#8: -z+1/2,x,-y
#9: y,-z,-x+1/2
#10: x,-y,-z+1/2
#11: -x+1/2,y,-z
#12: -x,-y+1/2,z
#13: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#14: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#15: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#16: -y+1/2,-z+1,x+1/2
#17: z+1/2,-x+1/2,-y+1
#18: -y+1,z+1/2,-x+1/2
#19: -z+1/2,-x+1,y+1/2
#20: -z+1,x+1/2,-y+1/2
#21: y+1/2,-z+1/2,-x+1
#22: x+1/2,-y+1/2,-z+1
#23: -x+1,y+1/2,-z+1/2
#24: -x+1/2,-y+1,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-777-

HOH

21A-778-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 O-phosphoserine phosphohydrolase / Phosphoserine phosphatase


分子量: 32549.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SerB sequence is preceded by the rest of HRV-3C protease cleavage site (GPGS) at N-term
由来: (組換発現) Brucella melitensis bv. 1 str. 16M (マルタ熱菌)
株: 16M / ATCC 23456 / NCTC 10094 / 遺伝子: BMEI0615 / プラスミド: AVA0421
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8YI30, phosphoserine phosphatase

-
非ポリマー , 7種, 296分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.2M Sodium Formate, 0.1M Sodium phosphate pH 6.8, 22% w/v BCS PEG smear MMW, 10% v/v glycerol
PH範囲: 6.6-7.0 / Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978565 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→38.27 Å / Num. obs: 47522 / % possible obs: 95.42 % / 冗長度: 41.4 % / Biso Wilson estimate: 39.61 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09586 / Rpim(I) all: 0.01509 / Rrim(I) all: 0.09705 / Net I/σ(I): 22.77
反射 シェル解像度: 1.77→1.833 Å / 冗長度: 41.3 % / Rmerge(I) obs: 2.942 / Mean I/σ(I) obs: 1.43 / Num. unique obs: 2558 / CC1/2: 0.616 / Rpim(I) all: 0.4624 / Rrim(I) all: 2.978 / % possible all: 54.56

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
MxCuBEデータ収集
autoPROC1.0.5(20210716)data processing
PHASER位相決定
Coot0.9.4.1モデル構築
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold model

解像度: 1.77→38.27 Å / SU ML: 0.1984 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 21.7719
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1833 --
Rwork0.1578 43157 -
obs-45353 94.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→38.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2193 0 72 280 2545
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00912308
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13763109
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0662369
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092401
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.5136346
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.77-1.80.3945300.3061053X-RAY DIFFRACTION36.21
1.8-1.850.31491330.28112262X-RAY DIFFRACTION80.72
1.85-1.890.27571570.24172809X-RAY DIFFRACTION99.97
1.89-1.940.2381410.21412832X-RAY DIFFRACTION100
1.94-20.2091640.19752810X-RAY DIFFRACTION100
2-2.060.20321560.18622834X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.140.23951480.18482842X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.220.20611670.18182776X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.330.1871320.16122872X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.450.18521830.17982784X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.60.20481310.17662866X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.80.20641600.18612825X-RAY DIFFRACTION100
2.8-3.080.19181420.1692862X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.530.17831540.15652853X-RAY DIFFRACTION100
3.53-4.450.15961310.13372916X-RAY DIFFRACTION100
4.45-38.270.16121590.13632961X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.85842077399-1.712777266111.40528650267.66066851639-2.062582070623.212878939640.1130235523140.1265556005720.00087712625120.355121013475-0.150361196875-1.109022699280.4716037315320.4265916157290.03211469999750.6181580967950.0465604571741-0.03363565151320.268649370971-0.02082463318950.4650482645359.33640372768-24.58606350530.1167085112
21.19945495993-0.4271641100721.577134246332.19813829549-0.5888043679724.58253603458-0.132080269134-0.0962656521528-0.03402731221690.2744952213480.2017975251260.273860980292-0.317578769734-0.547158852068-0.0693760646120.3639579165780.006313508954960.08299504443740.2914431334030.0309998070240.370869149198-11.7763959662-5.955840900215.4590813871
31.923057627430.161971505786-0.3983252643164.28153020555-0.6905202180594.09911470844-0.09802260797850.00440475831404-0.1128130923860.4978925498180.0843997999815-0.2030407460180.1671870529480.07622705049880.0045063414260.461351010469-0.0165051142145-0.01081329542830.1945591792-0.02245866233440.3446009912152.5242283621-14.363741712224.02821386
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 86 )1 - 861 - 86
22chain 'A' and (resid 87 through 230 )87 - 23087 - 230
33chain 'A' and (resid 231 through 295 )231 - 295231 - 295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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