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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qp5 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of E. coli FhuF | ||||||||||||
![]() | Ferric iron reductase protein FhuF | ||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Ferric Siderophore Reductase / Iron-Sulphur protein / Iron uptake | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() ferric-chelate reductase activity / reductive iron assimilation / siderophore-dependent iron import into cell / oxidoreductase activity, acting on metal ions / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Trindade, I.B. / Rollo, F. / Matias, P.M. / Moe, E. / Louro, R.O. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structure of a novel ferredoxin: FhuF, a ferric-siderophore reductase from E. coli K-12 with a novel 2Fe-2S cluster coordination 著者: Trindade, I.B. / Rollo, F. / Todorovic, S. / Catarino, T. / Moe, E. / Matias, P.M. / Piccioli, M. / Louro, R.O. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 238 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 155.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: ens_1
NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.281609956578, -0.00462675931479, 0.959517808826), (0.000584849470999, -0.999987361124, -0.00499355012259), (0.959528785554, 0.0019674069161, -0.281603691387) ...NCS oper: (Code: given Matrix: (0.281609956578, -0.00462675931479, 0.959517808826), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28037.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.78 % / 解説: Thick plate |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: Protein concentration 50 MG/ML, 0.2 M MGCL2.6H2O, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 30% W/V PEG 4000, Hanging drop vapor diffusion; 2 microliters protein + 2 microliters reservoir equilibrated against ...詳細: Protein concentration 50 MG/ML, 0.2 M MGCL2.6H2O, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 30% W/V PEG 4000, Hanging drop vapor diffusion; 2 microliters protein + 2 microliters reservoir equilibrated against 500 microliters reservoir |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.92→65.95 Å / Num. obs: 25252 / % possible obs: 52.7 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 28.19 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.92→2.11 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.567 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1127 / CC1/2: 0.56 / Rpim(I) all: 0.492 / % possible all: 10.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: ALPHA FOLD MODEL 解像度: 1.92→65.95 Å / SU ML: 0.2721 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.1797 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.92→65.95 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.213809848111 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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