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- PDB-7qp5: Crystal Structure of E. coli FhuF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qp5
タイトルCrystal Structure of E. coli FhuF
要素Ferric iron reductase protein FhuF
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ferric Siderophore Reductase / Iron-Sulphur protein / Iron uptake
機能・相同性
機能・相同性情報


ferric-chelate reductase activity / reductive iron assimilation / siderophore-iron import into cell / oxidoreductase activity, acting on metal ions / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferric iron reductase / Ferric iron reductase, C-terminal / FhuF 2Fe-2S C-terminal domain / Ferric iron reductase FhuF domain / Ferric iron reductase FhuF-like transporter
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Ferric siderophore reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Trindade, I.B. / Rollo, F. / Matias, P.M. / Moe, E. / Louro, R.O.
資金援助 ポルトガル, European Union, 3件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPD/BD/135187/2017 ポルトガル
European Commission810856European Union
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaUIDB/04612/2020 and UIDP/04612/2020 ポルトガル
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: The structure of a novel ferredoxin: FhuF, a ferric-siderophore reductase from E. coli K-12 with a novel 2Fe-2S cluster coordination
著者: Trindade, I.B. / Rollo, F. / Todorovic, S. / Catarino, T. / Moe, E. / Matias, P.M. / Piccioli, M. / Louro, R.O.
履歴
登録2022年1月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferric iron reductase protein FhuF
B: Ferric iron reductase protein FhuF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4264
ポリマ－56,0752
非ポリマー3522
水2,828157
1
A: Ferric iron reductase protein FhuF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2132
ポリマ－28,0371
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ferric iron reductase protein FhuF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2132
ポリマ－28,0371
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.912, 73.574, 71.878
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.440, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1(chain "B" and resid 21 through 301)

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11GLNGLNLEULEUAA21 - 2614 - 244
d_12FESFESFESFESAC301
d_21GLNGLNLEULEUBB21 - 2614 - 244
d_22FESFESFESFESBD301

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.281609956578, -0.00462675931479, 0.959517808826), (0.000584849470999, -0.999987361124, -0.00499355012259), (0.959528785554, 0.0019674069161, -0.281603691387) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.281609956578, -0.00462675931479, 0.959517808826), (0.000584849470999, -0.999987361124, -0.00499355012259), (0.959528785554, 0.0019674069161, -0.281603691387)
ベクター: -6.68050283037, -44.8236187438, -5.15462655557)

-
要素

#1: タンパク質 Ferric iron reductase protein FhuF


分子量: 28037.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: fhuF, yjjS, b4367, JW4331 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P39405
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.78 % / 解説: Thick plate
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: Protein concentration 50 MG/ML, 0.2 M MGCL2.6H2O, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 30% W/V PEG 4000, Hanging drop vapor diffusion; 2 microliters protein + 2 microliters reservoir equilibrated against ...詳細: Protein concentration 50 MG/ML, 0.2 M MGCL2.6H2O, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 30% W/V PEG 4000, Hanging drop vapor diffusion; 2 microliters protein + 2 microliters reservoir equilibrated against 500 microliters reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→65.95 Å / Num. obs: 25252 / % possible obs: 52.7 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 28.19 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.92→2.11 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.567 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1127 / CC1/2: 0.56 / Rpim(I) all: 0.492 / % possible all: 10.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4438精密化
XDSFeb 5, 2021データ削減
STARANISO1.0.5データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ALPHA FOLD MODEL

解像度: 1.92→65.95 Å / SU ML: 0.2721 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.1797
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 1319 5.23 %
Rwork0.2093 23925 -
obs0.2115 25244 59.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→65.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3879 0 8 157 4044
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00263984
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55885431
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0386617
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045693
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.86111472
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.213809848111 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-20.3789140.3018188X-RAY DIFFRACTION4.32
2-2.090.3156480.2859848X-RAY DIFFRACTION18.89
2.09-2.20.3116730.27111531X-RAY DIFFRACTION34
2.2-2.340.30341090.25642049X-RAY DIFFRACTION45.84
2.34-2.520.31511500.26232625X-RAY DIFFRACTION58.51
2.52-2.770.29121860.26723354X-RAY DIFFRACTION74.48
2.77-3.170.29812400.23354256X-RAY DIFFRACTION94.61
3.17-3.990.24622390.18854518X-RAY DIFFRACTION99.44
3.99-65.950.20312600.17564556X-RAY DIFFRACTION99.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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