PDB-7qp3: Pseudogymnoascus pannorum M36 protease without the propeptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qp3

タイトル

Pseudogymnoascus pannorum M36 protease without the propeptide

要素

Extracellular metalloproteinase

キーワード

RECOMBINATION / Keratinase / Protease / Metalloprotein

機能・相同性

2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose

機能・相同性情報

生物種

Pseudogymnoascus pannorum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Wilkens, C. / Qiu, J. / Meyer, A.S. / Morth, J.P.

資金援助

デンマーク, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Phaeosphaeria nodorum M36 protease without the propeptide
著者: Wilkens, C. / Qiu, J. / Meyer, A.S. / Morth, J.P.

履歴

登録	2021年12月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qp3.cif.gz	281.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qp3.ent.gz	188.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qp3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/7qp3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/7qp3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4k90S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Extracellular metalloproteinase

ヘテロ分子

42.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.080, 67.490, 130.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質

Extracellular metalloproteinase

分子量: 42217.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pseudogymnoascus pannorum (菌類) / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類)
参照: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ

#3: 糖

ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGalpNAca	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-GalpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GalNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 433分子

#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M potassium thiocyanate, 30% polyethylene glycol monomethyl ether 2,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→46.93 Å / Num. obs: 30553 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.57 % / B_iso Wilson estimate: 22.38 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 8.93
反射シェル	解像度: 1.84→1.96 Å / Num. unique obs: 4782 / CC_1/2: 0.37

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
MxCuBE	3	データ収集
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4k90

4k90

解像度: 1.85→46.93 Å / SU ML: 0.2265 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.247
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1998	1525	5 %
R_work	0.1489	28971	-
obs	0.1514	30496	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→46.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2967	0	35	426	3428

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3096
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0158	4215
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0558	444
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	557
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.7754	1097

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.91	0.3548	135	0.3082	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.7
1.91-1.97	0.3241	137	0.2411	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.05	0.2658	137	0.197	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.15	0.2314	135	0.1818	2575	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.15-2.26	0.2089	138	0.1549	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.4	0.2188	136	0.1353	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.59	0.1731	139	0.131	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.85	0.2007	138	0.1346	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-3.26	0.2013	141	0.1335	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-4.11	0.1727	140	0.1228	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.11-46.93	0.1561	149	0.1368	2823	X-RAY DIFFRACTION	99.93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.94458865595	0.510674236591	-0.701239251634	1.02645709685	0.0149083961045	1.34443333631	-0.0146131878718	-0.0380912362114	0.00853559427525	0.0310152353927	-0.0137467027412	-0.0375240018858	-0.048665680665	0.00606757074366	0.0191686807829	0.189519483377	0.0115674586068	-0.0233100334708	0.147113038429	0.00998463645634	0.144468849275	9.75278090455	19.3358044988	53.5808997842
2	3.67944554107	0.809628796146	-1.0635042886	1.38942225674	-0.724443167334	1.89847708147	-0.0620592045331	0.0909403807858	-0.127798152186	-0.0500759241565	-0.0186541730101	-0.0348926841894	0.10457126369	-0.00684058842828	0.0823230357297	0.203443110509	0.00491336246423	-0.00504346530046	0.140149970998	-0.0250662930054	0.150639750953	6.37812049949	11.9631556354	44.0340984365
3	0.58229583644	0.121853029502	0.0249339934074	0.768695580688	0.218579295515	1.36900061681	-0.0118654262721	0.00274687913805	0.0852238034939	-0.00261362151301	-0.0207422075132	0.0464814419682	-0.071778992161	0.00996063208128	0.0281114467803	0.204884175666	-0.00658008918952	-0.01597921872	0.162838216117	0.0114463005005	0.198552414931	6.22773235543	44.645579242	47.5117489149
4	5.46930674307	2.74610620648	4.75014985011	4.17485427281	4.32760504138	5.5357444331	0.0908272188654	-0.277254338886	0.14669853295	0.18244231696	-0.0923297546375	-0.0245764051084	0.171605913566	-0.355109865079	-0.00827039303205	0.159095575536	-0.00393457056365	0.0219935288391	0.13717980978	-0.00836210745507	0.19709574287	1.21568793541	40.4426310266	61.7555437624
5	1.51407146573	-0.0383706681393	1.05141812353	1.25576439028	-0.017629315197	1.75223950324	-0.015315543461	0.0247563344137	0.0291686177216	-0.0059269147393	-0.0314912015475	0.0084966304908	-0.00131303486735	0.0872532744302	0.0504450153098	0.20106496872	-0.0124341428949	0.013663620155	0.170158775159	0.00112634925391	0.159714223999	4.77191402343	26.9207004233	51.1446926549

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 245 through 313 )	245 - 313	245 - 313
2	2	chain 'A' and (resid 314 through 391 )	314 - 391	314 - 391
3	3	chain 'A' and (resid 1 through 159 )	1 - 159	1 - 159
4	4	chain 'A' and (resid 160 through 178 )	160 - 178	160 - 178
5	5	chain 'A' and (resid 179 through 244 )	179 - 244	179 - 244

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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