PDB-7qp1: Crystal structure of metacaspase from candida glabrata with calcium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qp1

タイトル

Crystal structure of metacaspase from candida glabrata with calcium

要素

Metacaspase-1

キーワード

APOPTOSIS / METACASPASE / PROTEASE / CA2+-DEPENDENT ACTIVATION

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / apoptotic process / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

[Candida] glabrata (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Conchou, L. / Ballut, L. / Violot, S. / Aghajari, N.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and molecular determinants of Candida glabrata metacaspase maturation and activation by calcium.
著者: Conchou, L. / Doumeche, B. / Galisson, F. / Violot, S. / Dugelay, C. / Diesis, E. / Page, A. / Bienvenu, A.L. / Picot, S. / Aghajari, N. / Ballut, L.

履歴

登録	2021年12月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qp1.cif.gz	224.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qp1.ent.gz	179.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qp1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qp1_validation.pdf.gz	668.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qp1_full_validation.pdf.gz	678.4 KB	表示
XML形式データ	7qp1_validation.xml.gz	20.6 KB	表示
CIF形式データ	7qp1_validation.cif.gz	27.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/7qp1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/7qp1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qp0C 4f6oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (2) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Metacaspase-1

B: Metacaspase-1

ヘテロ分子

87.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Metacaspase-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
43.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Metacaspase-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.370, 97.370, 54.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 69 through 253 or resid 310 through 392))
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	LYS	LYS	(chain A and (resid 69 through 253 or resid 310 through 392))	A	A	69 - 253	69 - 253
1	2	LYS	LYS	MET	MET	(chain A and (resid 69 through 253 or resid 310 through 392))	A	A	310 - 392	310 - 392
2	1	ARG	ARG	MET	MET	chain B	B	B	69 - 392	69 - 392

#1: タンパク質	Metacaspase-1 分子量: 43844.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) [Candida] glabrata (菌類) / 遺伝子: MCA1, CAGL0I10945g / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q6FPX9, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.89 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.6 / 詳細: (NH4)2SO4 0,2 M, 30% (m/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→40 Å / Num. obs: 11590 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 3→3.2 Å / 冗長度: 10.7 % / Num. unique obs: 2039 / CC_1/2: 0.823 / R_rim(I) all: 1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4F6O

4f6o

解像度: 3→24.99 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 32.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2605	579	5.01 %
R_work	0.2078	10986	-
obs	0.2104	11565	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 189.53 Å² / B_iso mean: 93.154 Å² / B_iso min: 46.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3→24.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4014	0	4	7	4025
B_iso mean	-	-	73.98	74.18	-
残基数	-	-	-	-	510

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1506	X-RAY DIFFRACTION	3.517	TORSIONAL
1	2	B	1506	X-RAY DIFFRACTION	3.517	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
3-3.3	0.3516	144	0.3046	2741	2885
3.3-3.78	0.3095	145	0.2413	2743	2888
3.78-4.75	0.231	144	0.1885	2750	2894
4.75-24.99	0.2417	146	0.1857	2752	2898

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4393	-1.5375	-0.1833	1.7159	0.6085	3.3282	-0.0947	0.4213	-0.8268	0.027	-0.6707	0.56	2.3165	-1.5691	0.582	1.4232	-0.4115	0.2629	1.1947	-0.3874	1.2139	-2.3626	17.0524	-7.1638
2	6.0772	0.3124	-0.5169	7.3415	1.4632	5.1698	-0.4623	0.8465	0.0225	-0.453	-0.2507	1.55	-0.0219	-0.5462	0.5086	0.4673	0.0553	0.099	0.7502	-0.0965	0.702	-3.0444	42.1854	3.8944
3	3.8704	0.0695	-1.8592	5.0437	0.2272	4.5864	-0.4156	0.1472	-0.3987	0.695	-0.2283	1.397	0.1645	-0.7441	0.631	0.665	-0.0191	0.2038	0.6941	-0.1087	0.7055	-4.9123	40.0318	12.3359
4	1.5235	-1.9569	0.3777	5.12	2.0884	4.6524	-0.7403	0.4532	-1.0615	0.3382	0.1642	0.0612	0.5381	-0.7684	0.5457	0.5633	-0.0323	0.2557	0.6321	-0.0157	0.7312	-0.1258	32.2771	6.8543
5	1.4605	2.0659	1.8768	2.956	2.6971	2.6607	1.3103	-1.9701	-1.0778	2.3857	0.8771	-0.7316	1.7047	0.9583	0.3218	1.2576	0.1624	0.0775	1.1046	0.2625	1.4508	21.5165	30.754	8.8824
6	8.1539	-1.361	-0.7422	5.1273	-0.7864	8.3573	-0.393	-1.0684	-0.6709	0.9113	0.8179	-1.598	0.1367	0.3292	0.0657	0.6694	0.1022	-0.0548	0.7985	0.0857	0.8118	11.5526	42.854	13.3628
7	1.9232	-1.4363	-0.3278	5.3581	-0.1128	3.7189	-0.6307	0.1751	-1.1051	-0.1046	0.432	-1.1316	0.8629	-0.5294	0.1893	0.7761	-0.1035	0.1918	0.7839	0.0214	0.9914	3.7879	27.2013	8.0284
8	2.2927	-1.9018	1.3377	4.1514	2.0332	4.382	-0.0862	0.1444	-0.1548	-0.4617	-0.3368	-0.5962	0.6982	0.6182	0.2897	0.8387	-0.0119	0.3832	0.731	-0.0661	1.0195	10.6175	27.5445	-1.843
9	4.2661	-0.0701	0.0045	5.6403	-1.3118	3.7238	-0.3989	0.9864	0.0459	-0.7905	-0.1972	0.7398	0.488	-0.768	0.709	0.8046	-0.1204	0.0738	1.0797	-0.2141	0.5341	0.7627	36.8836	-7.5901
10	5.4195	-2.249	-0.591	4.0436	-1.5926	3.464	0.1685	0.6595	-0.3396	-1.3623	-0.4515	-0.3156	0.307	-0.5148	0.2227	1.0913	-0.0038	0.2694	1.1525	-0.2399	0.818	3.6904	30.9512	-10.1206
11	2.4988	0.2643	0.6199	1.3869	1.1943	5.8169	-0.9584	-0.3068	-0.172	0.0683	-0.1368	0.4363	1.7523	-0.6878	1.2177	1.3015	-0.2372	0.3434	1.0638	-0.0284	1.3549	15.9049	6.4487	-10.9672
12	5.9309	0.9462	-1.9201	6.0398	0.5736	3.7763	-0.6391	0.1479	-1.0445	0.2423	0.0025	-0.1086	0.6414	0.2408	0.5414	0.6271	0.0283	0.1332	0.5873	-0.0815	0.7267	35.689	16.8777	-25.9267
13	2.8421	0.1758	-3.1251	3.5428	-0.5184	3.7349	-0.1974	2.0847	0.1264	-1.809	0.154	2.762	0.2162	-1.2445	-0.9836	1.0307	0.0353	-0.2328	1.168	-0.1852	0.8739	15.741	34.0053	-26.7904
14	4.0334	-1.3911	2.0536	6.1644	1.1644	4.0267	0.1537	1.5686	0.9184	-0.6027	0.0616	0.754	-0.1149	-0.4888	-0.3655	0.6271	0.1121	-0.0658	0.8478	0.0058	0.8421	31.3381	31.4024	-31.4481
15	4.9028	1.5138	-0.6479	3.3755	1.3232	4.0993	-0.1721	0.72	-0.0759	0.0336	-0.3727	1.505	0.9907	-0.7767	0.1994	0.8373	-0.0988	0.0858	0.7305	-0.1999	0.9114	21.6815	16.9182	-26.048
16	2.626	-0.8859	-1.2455	2.7092	-2.171	3.3199	0.0939	-0.6109	0.4951	0.536	0.0918	0.7556	-0.0017	-0.7559	0.2409	0.8666	-0.0393	0.3005	0.8351	-0.1935	0.9519	19.5202	23.1647	-17.9949
17	6.1834	0.0306	0.5709	4.0816	0.7198	3.9894	-0.4269	-0.6017	-0.5787	1.5742	-0.083	0.0603	0.9634	0.2718	0.6077	1.2211	0.0589	0.279	0.9076	0.083	0.5268	31.1526	18.7355	-10.7317
18	4.9379	-2.8411	0.6935	3.9678	0.3628	3.0423	-0.4458	-1.152	-0.2955	0.8158	0.0748	0.578	0.4262	0.2627	0.3421	1.2608	0.1184	0.3599	1.1324	-0.1292	0.8451	24.9393	18.6726	-7.8875

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 69 through 92 )	A	69 - 92
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 93 through 130 )	A	93 - 130
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 131 through 166 )	A	131 - 166
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 167 through 185 )	A	167 - 185
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 186 through 198 )	A	186 - 198
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 199 through 213 )	A	199 - 213
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 214 through 235 )	A	214 - 235
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 236 through 315 )	A	236 - 315
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 316 through 356 )	A	316 - 356
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 357 through 392 )	A	357 - 392
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 69 through 92 )	B	69 - 92
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 93 through 185 )	B	93 - 185
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 186 through 198 )	B	186 - 198
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 199 through 213 )	B	199 - 213
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 214 through 235 )	B	214 - 235
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 236 through 314 )	B	236 - 314
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 315 through 356 )	B	315 - 356
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 357 through 392 )	B	357 - 392

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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