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- PDB-7qox: Factor XI and Plasma Kallikrein apple domain structures reveals d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qox
タイトルFactor XI and Plasma Kallikrein apple domain structures reveals different kininogen bound complexes
要素
  • Kininogen-1 light chain
  • Plasma kallikrein heavy chain
キーワードBLOOD CLOTTING / Plasma kallikrein (PK) / High molecular weight kininogen (HK) / Factor XII (FXII) / Factor XI (FXI) / Factor IX (FIX) / bradykinin (BK)
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma kallikrein / Factor XII activation / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / positive regulation of fibrinolysis / negative regulation of cell adhesion / zymogen activation / plasminogen activation / Defective factor XII causes hereditary angioedema / Activation of Matrix Metalloproteinases / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity ...plasma kallikrein / Factor XII activation / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / positive regulation of fibrinolysis / negative regulation of cell adhesion / zymogen activation / plasminogen activation / Defective factor XII causes hereditary angioedema / Activation of Matrix Metalloproteinases / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of blood coagulation / fibrinolysis / negative regulation of proteolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / platelet alpha granule lumen / Post-translational protein phosphorylation / hormone activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / vasodilation / Platelet degranulation / heparin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / : / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / blood microparticle / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
HMW kininogen / Kininogen-type cystatin domain / Kininogen-type cystatin domain profile. / : / Proteinase inhibitor I25, cystatin, conserved site / Cysteine proteases inhibitors signature. / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / Cystatin domain / Cystatin-like domain ...HMW kininogen / Kininogen-type cystatin domain / Kininogen-type cystatin domain profile. / : / Proteinase inhibitor I25, cystatin, conserved site / Cysteine proteases inhibitors signature. / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / Cystatin domain / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Apple domain. / Apple domain / APPLE domain / Cystatin superfamily / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-PG6 / Kininogen-1 / Plasma kallikrein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Li, C. / Awital, B. / Wong, S. / Dreveny, I. / Meijers, J. / Emsley, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
British Heart FoundationRG/12/9/29775 英国
引用ジャーナル: J Thromb Haemost / 年: 2019
タイトル: Plasma kallikrein structure reveals apple domain disc rotated conformation compared to factor XI.
著者: Li, C. / Voos, K.M. / Pathak, M. / Hall, G. / McCrae, K.R. / Dreveny, I. / Li, R. / Emsley, J.
履歴
登録2021年12月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasma kallikrein heavy chain
B: Plasma kallikrein heavy chain
D: Kininogen-1 light chain
C: Kininogen-1 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,68622
ポリマ－88,7974
非ポリマー2,88918
水5,945330
1
A: Plasma kallikrein heavy chain
C: Kininogen-1 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,77310
ポリマ－44,3982
非ポリマー1,3758
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area17210 Å2
手法PISA
2
B: Plasma kallikrein heavy chain
D: Kininogen-1 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,91312
ポリマ－44,3982
非ポリマー1,51510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6090 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area17400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.543, 68.258, 120.311
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.550, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 317 or resid 319 through 323 or resid 326 through 358 or resid 401))
21(chain B and (resid 1 through 358 or resid 402))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 1 through 317 or resid 319 through 323 or resid 326 through 358 or resid 401))A1 - 317
121(chain A and (resid 1 through 317 or resid 319 through 323 or resid 326 through 358 or resid 401))A319 - 323
131(chain A and (resid 1 through 317 or resid 319 through 323 or resid 326 through 358 or resid 401))A326 - 358
141(chain A and (resid 1 through 317 or resid 319 through 323 or resid 326 through 358 or resid 401))A401
211(chain B and (resid 1 through 358 or resid 402))B0

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 6分子 ABDC

#1: タンパク質 Plasma kallikrein heavy chain


分子量: 41134.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLKB1, KLK3
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P03952
#2: タンパク質・ペプチド Kininogen-1 light chain


分子量: 3263.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KNG1, BDK, KNG
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P01042
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 346分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム


分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.73 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: Morpheus screen H9 condition: 0.1M amino acids, 0.1M buffer system 3 pH8.5, 30% precipitant mix 1.

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→29.64 Å / Num. obs: 38760 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 29.46 Å2 / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.32→2.4 Å / Num. unique obs: 9002 / CC1/2: 0.597

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6I58

6i58


解像度: 2.32→29.64 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2526 1935 4.99 %
Rwork0.1993 36825 -
obs0.2019 38760 99.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.07 Å2 / Biso mean: 33.7441 Å2 / Biso min: 14.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.32→29.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5847 0 191 330 6368
Biso mean--43.76 36 -
残基数----745
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2144X-RAY DIFFRACTION5.492TORSIONAL
12B2144X-RAY DIFFRACTION5.492TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.32-2.380.32651380.26472449258794
2.38-2.440.29511330.249926352768100
2.44-2.510.29771480.250726302778100
2.51-2.590.31281200.250226212741100
2.59-2.680.3061170.25326532770100
2.68-2.790.33481400.239326382778100
2.79-2.920.2831520.222726132765100
2.92-3.070.28761510.206926602811100
3.07-3.260.2571410.199926512792100
3.26-3.520.24081400.18212627276799
3.52-3.870.25131510.17012607275899
3.87-4.430.20621460.15852630277699
4.43-5.570.19311200.16712684280499
5.57-29.640.21811380.205427272865100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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