PDB-7qoq: Crystal structure of Mycobacterium hassiacum glucosyl-3-phosphogl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qoq

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium hassiacum glucosyl-3-phosphoglycerate synthase at pH 8.5 in complex with UMP and Magnesium

要素

Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Glucose / UDP-glucose / thermostable / GTA-fold

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosyl-3-phosphoglycerate synthase / glycosyltransferase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycolicibacterium hassiacum DSM 44199 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Silva, A. / Barbosa Pereira, P.J. / Macedo-Ribeiro, S. / Costa, D.

資金援助

ポルトガル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Mycobacterium hassiacum glucosyl-3-phosphoglycerate synthase at pH 8.5 in complex with UMP and Magnesium
著者: Silva, A. / Nunes-Costa, D. / Empadinhas, N. / Barbosa Pereira, P.J. / Macedo-Ribeiro, S.

履歴

登録	2021年12月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月1日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qoq.cif.gz	298.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qoq.ent.gz	197.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qoq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7qoq_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qoq_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7qoq_validation.xml.gz	27.7 KB	表示
CIF形式データ	7qoq_validation.cif.gz	42.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/7qoq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/7qoq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7pvlS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase

B: Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase

ヘテロ分子

71.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Alarico S, Nunes-Costa D, Silva A, Costa M, Macedo-Ribeiro S, Empadinhas N. A genuine mycobacterial thermophile: Mycobacterium hassiacum growth, survival and GpgS stability at ...根拠: gel filtration, Alarico S, Nunes-Costa D, Silva A, Costa M, Macedo-Ribeiro S, Empadinhas N. A genuine mycobacterial thermophile: Mycobacterium hassiacum growth, survival and GpgS stability at near-pasteurization temperatures. Microbiology (Reading). 2020;166(5):474-483. doi:10.1099/mic.0.000898

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.076, 90.377, 96.007
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase 分子量: 35151.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The C-terminal KLAAALEHHHHHH sequence corresponds to a linker followed by an hexahistidine tag used for protein purification. 由来: (組換発現) Mycolicibacterium hassiacum DSM 44199 (バクテリア) 株: DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849 / 遺伝子: gpgS, C731_3243, MHAS_02845 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: K5B7Z4, glucosyl-3-phosphoglycerate synthase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-U / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP タイプ: RNA linking / 分子量: 324.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.91 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5; 0.2 M MgCl2; 25% PEG 3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87261 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87261 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→48.29 Å / Num. obs: 46655 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 19.89 Å² / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.195 / R_pim(I) all: 0.094 / R_rim(I) all: 0.217 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 1.93→2.03 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 1.106 / Mean I/σ(I) obs: 0.441 / Num. unique obs: 5966 / CC_1/2: 0.441 / R_pim(I) all: 0.573 / R_rim(I) all: 1.251 / % possible all: 87.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7PVL

7pvl

解像度: 1.93→48 Å / SU ML: 0.2499 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.8712
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2276	2348	5.05 %
R_work	0.1756	44125	-
obs	0.1782	46473	98.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4447	0	47	558	5052

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4582
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7941	6264
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	757
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0105	804
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.8235	1659

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.93-1.97	0.3955	96	0.3486	1747	X-RAY DIFFRACTION	67.46
1.97-2.01	0.3355	172	0.2761	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.01-2.06	0.2703	116	0.2299	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.06-2.11	0.2492	155	0.2182	2588	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.11-2.16	0.269	148	0.1981	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.16-2.23	0.2566	144	0.1981	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.23-2.3	0.2918	121	0.1945	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.38	0.2539	120	0.19	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.38-2.48	0.2505	145	0.1802	2588	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.48-2.59	0.2626	139	0.1737	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.59-2.73	0.2174	141	0.1699	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.73-2.9	0.2043	138	0.1639	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.9-3.12	0.2005	141	0.1621	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.12-3.43	0.2027	138	0.1542	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.44-3.93	0.172	144	0.1441	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-4.95	0.1872	148	0.1325	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.95-48	0.2353	142	0.1847	2845	X-RAY DIFFRACTION	99.7

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.77484986018	1.3440301948	2.62544932218	4.91821553839	1.36004242805	6.72023504192	0.219098032163	-0.140867824548	-0.224626780357	0.110142173786	-0.204069160503	0.509282422433	0.551602247396	-0.680564148217	-0.0439567289417	0.165255049455	-0.0356301047122	0.0116093102456	0.172601600617	-0.0276891102678	0.204651881902	14.7389450771	-31.246049238	-27.8574793133
2	0.590645128695	0.0870411398279	0.120728030351	3.48176084816	0.596396479867	0.942262245876	0.0286281620988	-0.100618296004	-0.0342454982638	0.21331930717	-0.0460236326614	-0.0362329237639	0.0536093228359	-0.0566712130182	0.0118325048763	0.125843740944	-0.00523138083571	-0.00553129120178	0.140050257424	0.0107147231457	0.0890118035328	24.4641298262	-13.7164621874	-5.68281721801
3	1.27428775575	0.405465001391	0.474798285721	1.11241284188	0.440387154989	1.64854141211	-0.0484898309233	0.014640103919	0.13769980494	0.00558695907075	-0.00588067618015	0.0761490071048	-0.142081917255	-0.0706938118926	0.0359821719208	0.138745872833	-0.00741767369999	-0.0149121417943	0.103954500436	0.000513330779901	0.132029037443	24.5053821805	-1.90411641923	-10.7736257982
4	4.26288170423	-0.185976333454	-0.787425502126	2.08050242747	-0.0424619981597	3.83221780333	-0.0209186347709	-0.00443951432328	-0.0970782924879	0.120166559884	-0.0278958611647	0.0203287923646	0.201893189366	-0.127538331051	0.0524081569692	0.125085774557	-0.0296027212219	-0.0173239323402	0.0806740300361	0.00289316472484	0.127819183864	22.160496138	-21.1963112279	-13.925954474
5	1.5172207158	0.397973140251	0.111685313995	3.07528974172	-1.16319045065	4.89006758616	-0.115027867228	-0.200661939409	-0.0446404120844	0.244292870196	0.175412161846	0.270918006382	0.160820149933	-0.329747375575	-0.0509405584972	0.110836504197	0.0170600129489	-0.00903755119612	0.153244575553	0.0135163111954	0.130866834311	6.97001744113	-14.8587214671	-26.0131588759
6	0.78087629945	0.420184807086	0.633053836764	1.45960856586	0.560775179817	2.49126943219	-0.0156397598785	-0.00684092542513	0.024310804258	-0.029967243688	0.0377216750223	0.0350950532135	-0.170816409409	0.00247337641231	-0.0246806397875	0.112805454391	-0.0044455434882	0.00400280580412	0.107261640648	0.00170324773325	0.129382640601	22.0094430671	-13.5722633648	-24.6820427903
7	0.990243502124	-0.516605173806	0.521971434266	1.96293462022	-0.822377484255	0.454022383596	0.084743438091	-0.153021674614	-0.0650864762187	0.184970127558	-0.0505933083491	0.293120741458	-0.470842345322	-0.405498911567	-0.013922724779	0.197413840079	0.0466925940521	0.0304382188141	0.22980461746	-0.0245676457617	0.169267175643	12.5567508963	-17.1489421533	-16.0857838223
8	9.38588779399	-4.85979083055	-6.31812450295	6.55626145553	3.2298728654	7.12129345571	-0.0859741347531	-0.386343293842	0.305052164719	0.213730836624	0.170468274297	-0.0249382538048	-0.0622168110738	-0.00889926349821	-0.0594227931963	0.151987307969	0.000589772169342	-0.0599199454711	0.126992170214	0.00944564183327	0.104128643359	11.2799822319	-4.15288472718	-28.541768684
9	3.87572137386	-0.962447064798	-1.10626240516	6.17767917121	0.871030991243	4.52160569492	0.0490267068244	-0.459595926646	0.773120427976	0.0865355375477	0.0630523473419	0.00871461416352	-0.356972593132	-0.3397675799	-0.304470527198	0.232708314103	0.0393275184177	-0.0425528971572	0.262836784556	-0.0848269439231	0.304414795658	9.39488393324	3.4413638682	-34.0518729346
10	0.829353536738	1.47418638167	1.38971749698	2.83072723831	2.45498231229	2.32906509839	0.0784238072108	0.268872461735	-0.0888555422079	-0.0387808547172	0.22282715682	-0.627480092201	0.0352098053164	0.174513639114	-0.337526602233	0.174375582704	-0.0914145310744	0.0220530008719	0.323394130733	0.0232968822033	0.268751398194	34.2843384179	-10.4757731969	-29.1607097833
11	0.85512124794	-0.452384421595	0.0450184190037	1.92832794126	0.95768875294	1.18540058593	0.0407522806244	-0.0553103639232	-0.00168274960585	0.158160109466	-0.12821856699	0.227663969456	0.116980138819	-0.204561501172	0.0450856334497	0.132962871748	-0.0171797216291	0.0313134823137	0.172038201514	-0.0234482056035	0.149621351626	-19.2817930007	-8.53863839121	-43.9681064416
12	3.71000428875	-0.12384884455	0.202653763153	2.17795180111	0.756742812723	2.81793734729	0.037375201848	0.0424716173087	0.305230519276	0.028583227562	-0.0722616051825	0.181362287714	-0.360155016275	-0.0789170848739	0.0689319670824	0.110613873476	0.0050622839893	0.0151462882814	0.0798712528906	-0.00713099170314	0.188777433812	-15.2987428755	3.06075545834	-43.807160359
13	1.91918874983	0.193782607724	0.581735575872	1.46592539972	0.385789750553	1.14097387863	-0.0251172280551	-0.102948275344	-0.00981337900427	0.13005185802	0.0723756810577	0.0179716087739	0.0398779895439	-0.0279545664632	-0.0669308287118	0.135000588114	0.00452795411808	0.00543182343541	0.119801293227	0.000304766724457	0.128239959855	-3.53998775059	-4.44656300196	-42.0004055622
14	0.582901848444	-0.642506094038	0.689341560532	1.92953343177	-0.26297167245	2.13080445999	0.0306880439641	-0.317708774326	-0.361103084383	0.318217471441	-0.139624067402	0.217670961504	-0.31435170733	0.0237815674463	-0.0389859698161	0.127478912856	-0.0284708166269	0.0627816892716	0.206393685728	0.0139948995896	0.235864027501	-10.9909597767	-1.30858707365	-34.6742983822
15	2.17557353667	0.284590600828	1.91432805946	0.148506973841	0.378856627441	2.44770730019	0.000641035553111	-0.00389233881506	-0.0235768727974	0.0575681650022	0.0298437521404	-0.0212177142906	-0.00569354094092	0.0184713025881	0.00195650809965	0.138413847439	0.00526283812205	-0.000147756457674	0.112642655793	-0.0157882325733	0.155563492269	-1.8241084727	-14.674938092	-46.512914599

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 6 through 21 )	A	A	6 - 21	1 - 16
2	2	chain 'A' and (resid 22 through 77 )	A	A	22 - 77	17 - 72
3	3	chain 'A' and (resid 78 through 140 )	A	A	78 - 140	73 - 135
4	4	chain 'A' and (resid 141 through 163 )	A	A	141 - 163	136 - 158
5	5	chain 'A' and (resid 164 through 192 )	A	A	164 - 192	159 - 175
6	6	chain 'A' and (resid 193 through 237 )	A	A	193 - 237	176 - 220
7	7	chain 'A' and (resid 238 through 256 )	A	A	238 - 256	221 - 239
8	8	chain 'A' and (resid 257 through 274 )	A	A	257 - 274	240 - 257
9	9	chain 'A' and (resid 275 through 302 )	A	A	275 - 302	258 - 277
10	10	chain 'A' and (resid 303 through 327 )	A	A	303 - 327	278 - 302
11	11	chain 'B' and (resid 10 through 140 )	B	F	10 - 140	1 - 131
12	12	chain 'B' and (resid 141 through 163 )	B	F	141 - 163	132 - 154
13	13	chain 'B' and (resid 164 through 237 )	B	F	164 - 237	155 - 217
14	14	chain 'B' and (resid 238 through 256 )	B	F	238 - 256	218 - 236
15	15	chain 'B' and (resid 257 through 324 )	B	F	257 - 324	237 - 291

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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