PDB-7qon: Monoclinic triose phosphate isomerase from Fasciola hepatica.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qon

タイトル

Monoclinic triose phosphate isomerase from Fasciola hepatica.

要素

Triosephosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / Fasciolysis

機能・相同性

機能・相同性情報

triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / gluconeogenesis / glycolytic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Fasciola hepatica (かんてつ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Kontellas, G. / Isupov, M.N. / Littlechild, J.A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Monoclinic triose phosphate isomerase from Fasciola hepatica.
著者: Kontellas, G. / Isupov, M.N. / Littlechild, J.A.

履歴

登録	2021年12月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qon.cif.gz	454 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qon.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qon.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qon_validation.pdf.gz	479.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qon_full_validation.pdf.gz	493.9 KB	表示
XML形式データ	7qon_validation.xml.gz	51.7 KB	表示
CIF形式データ	7qon_validation.cif.gz	76.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/7qon ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/7qon	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jk2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8)

登録構造単位

AAA: Triosephosphate isomerase

BBB: Triosephosphate isomerase

CCC: Triosephosphate isomerase

DDD: Triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Triosephosphate isomerase

BBB: Triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
56.4 kDa, 2 ポリマー

2

CCC: Triosephosphate isomerase

DDD: Triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
56.4 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.393, 110.464, 118.143
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.367, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	ARG	ARG	AAA	A	3 - 252	3 - 252
2	2	1	SER	SER	ARG	ARG	BBB	B	3 - 252	3 - 252
3	3	2	SER	SER	ARG	ARG	AAA	A	3 - 252	3 - 252
4	4	2	SER	SER	ARG	ARG	CCC	C	3 - 252	3 - 252
5	5	3	SER	SER	GLY	GLY	AAA	A	3 - 253	3 - 253
6	6	3	SER	SER	GLY	GLY	DDD	D	3 - 253	3 - 253
7	7	4	ALA	ALA	GLY	GLY	BBB	B	2 - 253	2 - 253
8	8	4	ALA	ALA	GLY	GLY	CCC	C	2 - 253	2 - 253
9	9	5	SER	SER	ARG	ARG	BBB	B	3 - 252	3 - 252
10	10	5	SER	SER	ARG	ARG	DDD	D	3 - 252	3 - 252
11	11	6	SER	SER	ARG	ARG	CCC	C	3 - 252	3 - 252
12	12	6	SER	SER	ARG	ARG	DDD	D	3 - 252	3 - 252

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質	Triosephosphate isomerase 分子量: 27823.805 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fasciola hepatica (かんてつ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: S4UI50, triose-phosphate isomerase

-
非ポリマー , 5種, 1128分子

#2: 化合物	... ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1090 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 0.2 M Li2SO4, 0.1 M ADA pH 6.5, 30 % v/v PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.51→51.809 Å / Num. obs: 167030 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.51→1.54 Å / R_merge(I) obs: 1.457 / Num. unique obs: 8244 / CC_1/2: 0.321

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PARROT		位相決定
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2JK2

2jk2

解像度: 1.51→51.809 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 2.055 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.073 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1932	8336	4.992 %
R_work	0.1651	158658	-
all	0.167	-	-
obs	-	166994	99.073 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.833 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.797 Å²	0 Å²	0.712 Å²
2-	-	0.347 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.257 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51→51.809 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7766	0	74	1090	8930

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	8805
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	8547
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.41	1.64	11959
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.351	1.587	19882
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.269	5	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.041	22.559	465
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.901	15	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.23	15	61
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	10174
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2000
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	1727
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	7437
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	3935
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	3816
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	728
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.149	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.272	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.231	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.271	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.499	6.737	4308
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.491	6.732	4306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.02	11.317	5436
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.014	11.316	5436
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.29	8.059	4497
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.272	8.058	4477
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.68	12.872	6421
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.68	12.874	6422
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.192	36.102	10046
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.133	35.393	9768
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.079	0.05	8437
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.095	0.05	8371
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.069	0.05	8491
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.085	0.05	8501
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.084	0.05	8473
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.091	0.05	8286

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07929	0.05008
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07929	0.05008
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09517	0.05008
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09517	0.05008
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06897	0.05009
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06897	0.05009
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08529	0.05009
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08529	0.05009
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08414	0.05008
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08414	0.05008
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09058	0.05008
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09058	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.51-1.549	0.319	644	0.329	11690	X-RAY DIFFRACTION	99.709
1.549-1.592	0.312	616	0.305	11472	X-RAY DIFFRACTION	99.6702
1.592-1.638	0.284	611	0.284	11172	X-RAY DIFFRACTION	99.527
1.638-1.688	0.272	548	0.262	10830	X-RAY DIFFRACTION	99.3885
1.688-1.744	0.254	570	0.244	10474	X-RAY DIFFRACTION	99.7111
1.744-1.805	0.256	510	0.224	10165	X-RAY DIFFRACTION	99.6453
1.805-1.873	0.249	549	0.207	9785	X-RAY DIFFRACTION	99.4706
1.873-1.949	0.221	508	0.182	9411	X-RAY DIFFRACTION	99.2893
1.949-2.036	0.204	468	0.172	9056	X-RAY DIFFRACTION	99.2807
2.036-2.135	0.185	450	0.161	8655	X-RAY DIFFRACTION	99.4647
2.135-2.251	0.183	397	0.154	8243	X-RAY DIFFRACTION	99.2077
2.251-2.387	0.193	388	0.149	7716	X-RAY DIFFRACTION	98.8413
2.387-2.552	0.179	385	0.141	7236	X-RAY DIFFRACTION	98.1329
2.552-2.756	0.177	367	0.142	6767	X-RAY DIFFRACTION	98.6176
2.756-3.019	0.194	317	0.15	6253	X-RAY DIFFRACTION	98.427
3.019-3.375	0.193	282	0.153	5561	X-RAY DIFFRACTION	97.5785
3.375-3.897	0.15	298	0.126	4835	X-RAY DIFFRACTION	96.2859
3.897-4.771	0.138	211	0.116	4212	X-RAY DIFFRACTION	98.3763
4.771-6.742	0.183	137	0.153	3283	X-RAY DIFFRACTION	97.6027
6.742-51.809	0.172	80	0.182	1843	X-RAY DIFFRACTION	98.3632

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

-
非ポリマー , 5種, 1128分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

-非ポリマー , 5種, 1128分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

-
非ポリマー , 5種, 1128分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)