PDB-7qob: Human Carbonic Anhydrase I in complex with benzoselenoate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qob

タイトル

Human Carbonic Anhydrase I in complex with benzoselenoate

要素

Carbonic anhydrase 1

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase I / inhibitor / metalloenzyme / benzoselenoate

機能・相同性

機能・相同性情報

hydro-lyase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2022
タイトル: Benzoselenoates: A novel class of carbonic anhydrase inhibitors.
著者: Tanini, D. / Capperucci, A. / Locuoco, M. / Ferraroni, M. / Costantino, G. / Angeli, A. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2021年12月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qob.cif.gz	121.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qob.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qob.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qob_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qob_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7qob_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	7qob_validation.cif.gz	31.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/7qob ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/7qob	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qnvC 1jv0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 1

BBB: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

58.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.080, 70.640, 121.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 1 / Carbonate dehydratase I / Carbonic anhydrase B / CAB / Carbonic anhydrase I / CA-I 分子量: 28906.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00915, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-E7I / benzoselenoate / セレノ安息香酸分子量: 185.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆OSe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 28-31% PEG4000, 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5-9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→40.54 Å / Num. obs: 50254 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.6 % / CC_1/2: 0.78 / R_merge(I) obs: 0.135 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 10 % / Num. unique obs: 2944 / CC_1/2: 0.798 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JV0

1jv0

解像度: 1.8→37.033 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 4.564 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.133 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2431	2375	4.739 %
R_work	0.205	47736	-
all	0.207	-	-
obs	-	50111	99.482 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.971 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.459 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.847 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.389 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.033 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4016	0	20	240	4276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	4164
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.7	1.639	5669
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.306	1.583	8726
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.774	5	514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.433	23.707	205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.258	15	662
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.943	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	530
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4856
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	956
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	779
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	3503
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1860
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	234
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.113	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.016	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.211	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.244	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.26	2.893	2052
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.244	2.894	2049
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.158	4.335	2560
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.158	4.335	2561
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.922	3.182	2112
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.921	3.182	2113
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.466	4.643	3107
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.466	4.643	3108
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.791	34.191	4573
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.795	34.198	4571

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.394	182	0.394	3472	X-RAY DIFFRACTION	98.6235
1.847-1.897	0.379	176	0.335	3350	X-RAY DIFFRACTION	98.906
1.897-1.952	0.354	162	0.304	3287	X-RAY DIFFRACTION	98.8819
1.952-2.012	0.317	171	0.28	3191	X-RAY DIFFRACTION	99.2619
2.012-2.078	0.303	164	0.247	3093	X-RAY DIFFRACTION	99.2685
2.078-2.151	0.32	144	0.238	2996	X-RAY DIFFRACTION	99.3042
2.151-2.232	0.282	142	0.232	2945	X-RAY DIFFRACTION	99.5806
2.232-2.323	0.24	154	0.205	2762	X-RAY DIFFRACTION	99.8288
2.323-2.426	0.259	129	0.197	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.9301
2.426-2.544	0.287	123	0.196	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.8168
2.544-2.682	0.252	127	0.2	2466	X-RAY DIFFRACTION	99.846
2.682-2.844	0.216	98	0.187	2368	X-RAY DIFFRACTION	99.7573
2.844-3.04	0.282	114	0.19	2198	X-RAY DIFFRACTION	99.7412
3.04-3.283	0.213	105	0.196	2061	X-RAY DIFFRACTION	99.8617
3.283-3.595	0.22	101	0.191	1900	X-RAY DIFFRACTION	99.8503
3.595-4.018	0.181	72	0.168	1741	X-RAY DIFFRACTION	99.8348
4.018-4.636	0.191	64	0.159	1554	X-RAY DIFFRACTION	99.8149
4.636-5.67	0.189	66	0.172	1336	X-RAY DIFFRACTION	100
5.67-7.984	0.22	55	0.174	1050	X-RAY DIFFRACTION	100
7.984-37.033	0.178	26	0.178	634	X-RAY DIFFRACTION	98.8024

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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