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- PDB-7qoa: Structure of CodB, a cytosine transporter in an outward-facing co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qoa
タイトルStructure of CodB, a cytosine transporter in an outward-facing conformation
要素Cytosine permease
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Membrane Transporter / Cytosine / Sodium
機能・相同性cytosine transmembrane transporter activity / Cytosine permease / Purine-cytosine permease / Permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin / membrane => GO:0016020 / 2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 6-AMINOPYRIMIDIN-2(1H)-ONE / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Cytosine permease
機能・相同性情報
生物種Proteus vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hatton, C.E. / Cameron, A.D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2022
タイトル: Structure of cytosine transport protein CodB provides insight into nucleobase-cation symporter 1 mechanism.
著者: Hatton, C.E. / Brotherton, D.H. / Spencer, M. / Cameron, A.D.
履歴
登録2021年12月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosine permease
B: Cytosine permease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,63713
ポリマ－88,3842
非ポリマー3,25311
水1,18966
1
A: Cytosine permease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2427
ポリマ－44,1921
非ポリマー2,0506
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytosine permease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3956
ポリマ－44,1921
非ポリマー1,2045
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.246, 209.027, 102.452
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 Cytosine permease


分子量: 44191.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / 遺伝子: EKQ45_12260 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A857SHB2
#4: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 5種, 76分子

#2: 化合物 ChemComp-CYT / 6-AMINOPYRIMIDIN-2(1H)-ONE / CYTOSINE / シトシン


分子量: 111.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PEF / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 3-[AMINOETHYLPHOSPHORYL]-[1,2-DI-PALMITOYL]-SN-GLYCEROL / DPPE


分子量: 691.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H74NO8P / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物
ChemComp-A6L / 2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / monoolein / モノオレイン


分子量: 356.540 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.5, 0.45 M NaCl, 39% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→73.16 Å / Num. obs: 45754 / % possible obs: 99.41 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 42.05 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.3739 / Net I/σ(I): 11.57
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 4436 / CC1/2: 0.466

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MR-Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JLN

2jln


解像度: 2.4→73.16 Å / SU ML: 0.331 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.1704
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2652 2209 4.86 %
Rwork0.2179 43279 -
obs0.2201 45488 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→73.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5883 0 134 66 6083
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00746144
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90388357
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491019
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00671013
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2955897
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.450.34871390.29252604X-RAY DIFFRACTION98.14
2.45-2.510.34071350.27612675X-RAY DIFFRACTION99.47
2.51-2.570.31861420.25332694X-RAY DIFFRACTION99.47
2.57-2.640.31751230.24812664X-RAY DIFFRACTION99.46
2.64-2.720.28661390.23872682X-RAY DIFFRACTION99.61
2.72-2.810.31571360.22862680X-RAY DIFFRACTION99.54
2.81-2.910.25391340.22172682X-RAY DIFFRACTION99.58
2.91-3.020.30451320.23552721X-RAY DIFFRACTION99.55
3.02-3.160.30651450.25152679X-RAY DIFFRACTION99.82
3.16-3.330.26541390.22552708X-RAY DIFFRACTION99.55
3.33-3.540.27231300.20242714X-RAY DIFFRACTION99.58
3.54-3.810.21261550.1932685X-RAY DIFFRACTION99.16
3.81-4.190.25991460.19692716X-RAY DIFFRACTION99.76
4.19-4.80.24031460.21112725X-RAY DIFFRACTION99.69
4.8-6.050.27861170.22672800X-RAY DIFFRACTION99.59
6.05-73.160.23451510.19652850X-RAY DIFFRACTION98.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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