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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qoa | ||||||
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タイトル | Structure of CodB, a cytosine transporter in an outward-facing conformation | ||||||
![]() | Cytosine permease | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Membrane Transporter / Cytosine / Sodium | ||||||
機能・相同性 | cytosine transmembrane transporter activity / Cytosine permease / Purine-cytosine permease / Permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin / membrane => GO:0016020 / 2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 6-AMINOPYRIMIDIN-2(1H)-ONE / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Cytosine permease![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hatton, C.E. / Cameron, A.D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of cytosine transport protein CodB provides insight into nucleobase-cation symporter 1 mechanism. 著者: Hatton, C.E. / Brotherton, D.H. / Spencer, M. / Cameron, A.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 200.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 125.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2jlnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB![](data/chem/img/LMT.gif)
![](data/chem/img/LMT.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 44191.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #4: 糖 | ChemComp-LMT / | |
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-非ポリマー , 5種, 76分子 ![](data/chem/img/CYT.gif)
![](data/chem/img/PEF.gif)
![](data/chem/img/A6L.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PEF.gif)
![](data/chem/img/A6L.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PEF / | #5: 化合物 | ChemComp-A6L / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.5, 0.45 M NaCl, 39% PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→73.16 Å / Num. obs: 45754 / % possible obs: 99.41 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 42.05 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.3739 / Net I/σ(I): 11.57 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 4436 / CC1/2: 0.466 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2JLN 解像度: 2.4→73.16 Å / SU ML: 0.331 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.1704 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.52 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→73.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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