PDB-7qnv: human carbonic anhydrase II bound to 3-methylbenzoselenoate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qnv

タイトル

human carbonic anhydrase II bound to 3-methylbenzoselenoate

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase 2 / inhibitor / metalloenzyme / selenoate

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.278 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2022
タイトル: Benzoselenoates: A novel class of carbonic anhydrase inhibitors.
著者: Tanini, D. / Capperucci, A. / Locuoco, M. / Ferraroni, M. / Costantino, G. / Angeli, A. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2021年12月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qnv.cif.gz	76.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qnv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qnv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qnv_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qnv_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	7qnv_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	7qnv_validation.cif.gz	20.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/7qnv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/7qnv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qobC 4fikS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.430, 41.420, 72.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.420, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-E6H / 3-methylbenzoselenoate 分子量: 199.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈OSe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.5 M sodium citrate, 0.1 M Tris pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9717 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9717 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.278→69.858 Å / Num. obs: 55632 / % possible obs: 88.2 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.12 / R_rim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 10.62
反射シェル	解像度: 1.278→1.31 Å / 冗長度: 2.95 % / R_merge(I) obs: 0.635 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Num. unique obs: 1877 / CC_1/2: 0.651 / R_rim(I) all: 0.776 / % possible all: 40.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FIK

4fik

解像度: 1.278→69.858 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 0.705 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.053 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1839	2723	4.895 %
R_work	0.1635	52909	-
all	0.164	-	-
obs	-	55632	88.243 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.008 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.015 Å²	-0 Å²	-0.132 Å²
2-	-	0.289 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.182 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.278→69.858 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2058	0	27	233	2318

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	2188
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2033
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.944	1.639	2976
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.459	1.599	4725
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.219	5	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.157	23.796	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.541	15	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.858	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	266
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2548
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	490
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.2	417
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	1949
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.014	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.211	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.041	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.282	0.955	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.277	0.951	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.968	1.432	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.969	1.435	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.077	1.175	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.076	1.176	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.135	1.667	1660
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.134	1.669	1661
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.174	11.979	2454
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.174	11.988	2455

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.278-1.311	0.295	77	0.295	1795	X-RAY DIFFRACTION	40.3971
1.311-1.347	0.294	108	0.286	2299	X-RAY DIFFRACTION	53.1699
1.347-1.386	0.23	145	0.23	2770	X-RAY DIFFRACTION	66.2199
1.386-1.429	0.205	166	0.198	3242	X-RAY DIFFRACTION	80
1.429-1.476	0.178	195	0.177	3799	X-RAY DIFFRACTION	96.3338
1.476-1.527	0.177	203	0.161	3787	X-RAY DIFFRACTION	99.9749
1.527-1.585	0.181	201	0.147	3665	X-RAY DIFFRACTION	99.9741
1.585-1.65	0.168	163	0.15	3541	X-RAY DIFFRACTION	99.7039
1.65-1.723	0.183	175	0.15	3413	X-RAY DIFFRACTION	100
1.723-1.807	0.159	171	0.144	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
1.807-1.905	0.163	161	0.15	3062	X-RAY DIFFRACTION	99.938
1.905-2.02	0.163	150	0.15	2957	X-RAY DIFFRACTION	99.8714
2.02-2.159	0.184	164	0.155	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.9652
2.159-2.332	0.158	156	0.147	2545	X-RAY DIFFRACTION	99.7784
2.332-2.555	0.181	101	0.154	2390	X-RAY DIFFRACTION	99.8397
2.555-2.856	0.181	106	0.16	2161	X-RAY DIFFRACTION	99.9559
2.856-3.296	0.205	104	0.165	1895	X-RAY DIFFRACTION	99.8003
3.296-4.035	0.177	94	0.157	1608	X-RAY DIFFRACTION	100
4.035-5.697	0.196	48	0.166	1278	X-RAY DIFFRACTION	99.7743
5.697-10	0.256	35	0.198	734	X-RAY DIFFRACTION	99.8701

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)