PDB-7qnr: SMYD3 in complex with fragment FL01791

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qnr

タイトル

SMYD3 in complex with fragment FL01791

要素

Histone-lysine N-methyltransferase SMYD3

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase / epigenetic / oncogen / histone

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3K36 dimethyltransferase activity / histone H4 methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / myotube cell development / histone H3K4 trimethyltransferase activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II complex binding / cellular response to dexamethasone stimulus / establishment of protein localization / PKMTs methylate histone lysines ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Lund, B.A. / Cederfelt, D. / Dobritzsch, D.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2024
タイトル: Identification of fragments targeting SMYD3 using highly sensitive kinetic and multiplexed biosensor-based screening
著者: FitzGerald, E.A. / Cederfelt, D. / Lund, B.A. / Myers, N. / Zhang, H. / Dobritzsch, D. / Danielson, H.

履歴

登録	2021年12月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年4月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	7qlbC 7qnuC 6z2r PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (4) #7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-lysine N-methyltransferase SMYD3

ヘテロ分子

50.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.236, 66.218, 105.302
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Histone-lysine N-methyltransferase SMYD3 / SET and MYND domain-containing protein 3 / Zinc finger MYND domain-containing protein 1 分子量: 49460.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMYD3, ZMYND1, ZNFN3A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H7B4, [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-E45 / 3-propan-2-yl-1,2,4-thiadiazol-5-amine / 3-イソプロピル-5-アミノ-1,2,4-チアジアゾ-ル分子量: 143.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉N₃S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.06 % / 解説: needles
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Tris pH 8.25-8.75 0.1M Magnesium acetate 15-18 % PEG 3350 PH範囲: 8.25-8.75 / Temp details: room temperature

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.965459 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.965459 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→44.56 Å / Num. obs: 233855 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 22.49 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.1338 / R_pim(I) all: 0.07183 / Net I/σ(I): 7.03
反射シェル	解像度: 1.57→1.626 Å / R_merge(I) obs: 2.605 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 5660 / CC_1/2: 0.171 / R_pim(I) all: 1.373

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.4	精密化
PHENIX	1.20rc4_4425	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6z2r

6z2r
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.57→44.56 Å / SU ML: 0.2601 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.03 / 位相誤差: 28.5946
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2348	2090	1.96 %
R_work	0.2035	104669	-
obs	0.2041	106759	93.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→44.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3408	0	39	340	3787

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0061	3553
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8277	4798
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	529
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0196	624
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.9962	499

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.57-1.6	0.3394	127	0.3952	6189	X-RAY DIFFRACTION	81.94
1.6-1.64	0.382	139	0.3598	6950	X-RAY DIFFRACTION	93.34
1.64-1.69	0.3734	143	0.3557	7166	X-RAY DIFFRACTION	94.91
1.69-1.74	0.3072	149	0.3374	7148	X-RAY DIFFRACTION	95.75
1.74-1.79	0.3812	145	0.3351	7199	X-RAY DIFFRACTION	95.92
1.79-1.86	0.3224	142	0.3041	7133	X-RAY DIFFRACTION	95.3
1.86-1.93	0.3053	141	0.2604	7124	X-RAY DIFFRACTION	95.34
1.93-2.02	0.3207	145	0.2353	7274	X-RAY DIFFRACTION	96.49
2.02-2.12	0.2374	143	0.215	7177	X-RAY DIFFRACTION	95.91
2.12-2.26	0.2796	144	0.1915	7138	X-RAY DIFFRACTION	94.88
2.26-2.43	0.2087	138	0.1835	7030	X-RAY DIFFRACTION	93.85
2.43-2.68	0.2771	129	0.1791	6877	X-RAY DIFFRACTION	91.74
2.68-3.06	0.1961	139	0.174	6886	X-RAY DIFFRACTION	91.87
3.06-3.86	0.1762	136	0.1603	6687	X-RAY DIFFRACTION	89.17
3.86-44.56	0.1846	130	0.1678	6691	X-RAY DIFFRACTION	89.04

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.389866104683	-0.345669286145	-0.27781202344	1.61419498798	-0.192173134864	2.03985196064	0.00054574113023	-0.0888641774644	-0.0865439062407	0.0178062048454	0.0922143866212	0.2738704129	0.0493642528877	-0.101839920045	-0.0976731024431	0.142286306234	0.00148042414935	-0.035409871003	0.231045594033	0.0339941503843	0.269666041911	3.42995792454	5.58188200534	21.4996680477
2	4.96050795474	1.37516348526	1.67941951136	3.68253780021	0.223684221351	5.24558658238	0.00712964917802	0.275503461838	-0.228355479113	-0.402677050396	0.102906836675	-0.300437438747	0.155156521766	0.241933534052	-0.105332081901	0.376591822227	0.0715423926411	0.0209415368819	0.249691896073	-0.0403254825745	0.244967962197	15.6749540232	-2.01411260873	-6.08059039986
3	1.73479456649	-0.2620888824	1.12539969584	5.21794942099	1.65018519812	2.73464695487	0.154832512419	0.206940227255	-0.173993255983	-0.443645161332	-0.0411889952242	0.0347442684274	0.0409039587355	0.0660897486023	-0.0708747143881	0.25995442736	-0.00897480960107	-0.0211835661871	0.201582730446	0.0113049705498	0.165070671612	11.3996779133	9.75148181002	-5.20219102921
4	2.27368112749	0.965566339963	-0.232250260583	2.04853000686	-0.151076288523	2.73909193843	0.00428226168397	-0.0330948375798	-0.0348261479734	-0.0703647774352	0.0443435356005	-0.0426004339061	-0.0924630299901	0.0916352978907	-0.0530570902759	0.129456743752	0.037538273167	-0.00912985513319	0.0962415456069	0.00305610900606	0.148823190298	14.2391524229	19.1479814092	9.62622304505
5	0.526343940393	0.0426319934231	0.0291326272657	2.17595360908	-0.552180023663	0.98172416454	0.0365444738663	0.055763322806	-0.0464324301992	-0.202773113653	0.0318969781613	0.100045644798	0.0556192804875	-0.0545617587905	-0.085739790126	0.179270211926	0.0100745503425	-0.0409425095948	0.207776471967	-0.00221097003909	0.185548759716	11.7025751441	9.03312704955	10.2362409928
6	1.46858788626	-1.0180548498	0.201469355292	1.21921234169	-0.117832772391	0.401343630501	-0.0604831693639	-0.0975487101535	0.082112446347	0.125490798809	0.0573799208446	-0.0286807598203	0.0404685672501	0.0476111542471	0.000988129860863	0.212147541383	0.0230712303505	-0.0256557847036	0.216028106465	-0.0114809048515	0.214342288274	21.5257215204	4.49125909403	27.6835879965
7	2.1396434537	0.836809104481	1.82561098496	1.78619341227	0.830731891746	2.25096321547	-0.382266553365	0.208408152948	0.508740632592	-0.11125206478	-0.0881406280841	-0.191904570079	-0.800566010991	0.197768948054	0.618747180248	0.301507624091	0.0149852434868	-0.0250931203028	0.250100679985	0.0230593658164	0.307774834431	36.5329519501	-1.41946497376	13.5952699755
8	2.52070718861	-0.152673507489	-0.350458767331	1.84466284512	0.034553318404	2.0017540108	-0.0168777287817	0.0254815288325	0.0242383732901	-0.171487319867	-0.0120055886432	-0.102393232959	0.0724077271405	0.0278415032457	0.0389818024059	0.192121864946	0.0272807789248	-0.0198754330139	0.172134642046	0.00117939085428	0.204388481108	31.0227835469	-12.5907918242	15.5679256561
9	3.47742627309	-2.22740921315	-0.425388035001	6.07845991955	1.19455390137	1.82953236305	-0.025027339595	-0.0919352577701	-0.421699464227	0.023955726156	0.0355170352212	0.393956607692	0.124244100605	-0.0392654420388	-0.0065847539886	0.183757214738	-0.0201486501078	-0.0525138556761	0.170017151955	0.0177924847981	0.217844524339	14.7837937885	-19.0627933248	17.9339075234
10	3.6878031159	-2.21414052679	0.137356550845	2.36733532859	-2.27539132782	4.39800149606	-0.131037798504	-0.0720509474256	-0.62623261344	-0.258859929773	0.106616329621	0.346721375422	0.16947226097	-0.165172672416	-0.0777401579548	0.246564450641	-0.0329499115344	-0.0463364942398	0.279240809301	-0.01022771117	0.370304433761	9.04278688258	-26.0752454365	14.5395369371

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	{A\|3 - 40}	3 - 40	1 - 38
2	2	{A\|41 - 72}	41 - 72	39 - 70
3	3	{A\|73 - 114}	73 - 114	71 - 112
4	4	{A\|115 - 154}	115 - 154	113 - 152
5	5	{A\|155 - 225}	155 - 225	153 - 223
6	6	{A\|226 - 279}	226 - 279	224 - 277
7	7	{A\|280 - 299}	280 - 299	278 - 297
8	8	{A\|300 - 360}	300 - 366	298 - 364
9	9	{A\|367 - 408}	367 - 408	365 - 406
10	10	{A\|409 - 428}	409 - 428	407 - 426

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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