PDB-7qnp: Designed Armadillo repeat protein N(A4)M4C(AII) co-crystallized w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qnp

タイトル

Designed Armadillo repeat protein N(A4)M4C(AII) co-crystallized with hen egg white lysozyme

要素

Designed Armadillo Repeat Protein N(A4)M4C(AII)
Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / armadillo / protein engineering / repeat protein / capping repeat

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

synthetic construct (人工物)

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.586 Å

データ登録者

Michel, E. / Mittl, P.R.E. / Plueckthun, A.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Improved Repeat Protein Stability by Combined Consensus and Computational Protein Design.
著者: Michel, E. / Cucuzza, S. / Mittl, P.R.E. / Zerbe, O. / Pluckthun, A.

履歴

登録	2021年12月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _pdbx_database_status.deposit_site / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qnp.cif.gz	156.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qnp.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qnp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qnp_validation.pdf.gz	458.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qnp_full_validation.pdf.gz	462.8 KB	表示
XML形式データ	7qnp_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	7qnp_validation.cif.gz	28.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/7qnp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/7qnp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7r0rC 5aeiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Designed Armadillo Repeat Protein N(A4)M4C(AII)

BBB: Lysozyme

ヘテロ分子

40.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.592, 62.655, 108.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Designed Armadillo Repeat Protein N(A4)M4C(AII) 分子量: 25261.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Lysozyme 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: unidentified (未定義) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン分子量: 88.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 35% (v/v) dioxane, pH undefined

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.586→42 Å / Num. obs: 53083 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.016 / R_rim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 22.36
反射シェル	解像度: 1.586→1.65 Å / 冗長度: 13.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.48 / Num. unique obs: 5191 / CC_1/2: 0.702 / R_pim(I) all: 0.384 / % possible all: 99.98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5aei

5aei

解像度: 1.586→41.997 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 4.013 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.09 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2185	2654	5 %
R_work	0.1865	50429	-
all	0.188	-	-
obs	-	53083	99.876 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.885 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.39 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.731 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.586→41.997 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2778	0	34	305	3117

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.013	3014
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.016	2906
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.17	1.618	4104
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.717	1.576	6681
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.717	5	397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.183	25	148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.511	15	512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.261	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	390
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.02	3582
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	688
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	762
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	2757
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1475
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1403
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.285	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.078	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.199	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.318	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.323	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.272	2.444	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.255	2.441	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.052	3.65	1959
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.056	3.653	1960
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.422	2.975	1465
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.42	2.975	1466
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.273	4.277	2145
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.272	4.278	2146
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.914	31.598	3659
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.794	30.915	3584

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.586-1.627	0.4	191	0.425	3631	0.423	3874	0.738	0.762	98.6577	0.415
1.627-1.672	0.379	189	0.367	3581	0.368	3770	0.831	0.839	100	0.355
1.672-1.72	0.342	185	0.316	3508	0.317	3693	0.862	0.88	100	0.301
1.72-1.773	0.354	178	0.285	3382	0.288	3562	0.861	0.899	99.9439	0.265
1.773-1.831	0.277	173	0.233	3281	0.235	3455	0.912	0.931	99.9711	0.21
1.831-1.895	0.238	167	0.202	3186	0.204	3354	0.92	0.936	99.9702	0.177
1.895-1.967	0.222	162	0.181	3099	0.183	3261	0.936	0.946	100	0.161
1.967-2.047	0.204	156	0.168	2957	0.17	3113	0.94	0.957	100	0.15
2.047-2.137	0.206	150	0.175	2841	0.176	2991	0.943	0.955	100	0.16
2.137-2.241	0.213	144	0.174	2744	0.176	2888	0.944	0.956	100	0.159
2.241-2.362	0.204	137	0.17	2597	0.171	2734	0.949	0.959	100	0.156
2.362-2.505	0.211	131	0.166	2478	0.168	2613	0.949	0.957	99.8469	0.156
2.505-2.677	0.217	122	0.167	2314	0.169	2437	0.945	0.955	99.959	0.159
2.677-2.891	0.194	114	0.157	2162	0.159	2276	0.956	0.965	100	0.153
2.891-3.165	0.19	105	0.171	2024	0.172	2129	0.956	0.958	100	0.169
3.165-3.536	0.196	96	0.182	1842	0.183	1938	0.959	0.958	100	0.185
3.536-4.079	0.188	86	0.16	1626	0.162	1712	0.966	0.97	100	0.172
4.079-4.984	0.175	74	0.16	1389	0.16	1465	0.969	0.972	99.8635	0.182
4.984-6.999	0.291	59	0.245	1117	0.247	1176	0.935	0.943	100	0.262
6.999-41.997	0.261	35	0.202	670	0.205	705	0.941	0.959	100	0.248

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2039	0.4322	0.2272	0.3861	0.4024	0.5057	0.1595	0.0618	-0.0777	0.1242	-0.0905	-0.0802	0.0982	-0.1598	-0.069	0.0875	-0.0233	-0.0408	0.0807	0.0072	0.033	39.3697	36.1522	44.9981
2	0.2179	0.0676	-0.3036	1.0735	0.0168	0.8012	0.0256	-0.0378	-0.0243	0.0303	0.0051	0.0194	-0.0344	0.0691	-0.0307	0.0082	0.0022	0.0082	0.0173	0.0165	0.0503	55.0926	60.5659	33.1885

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	2 - 241
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AaA	301
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AbA	302
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AcA	303
5	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AdA	304
6	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	1 - 129
7	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BaB	201
8	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BbB	202

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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