PDB-7qnl: LOV2-DARPIN FUSION - D4_DeltaLOV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qnl

タイトル

LOV2-DARPIN FUSION - D4_DeltaLOV

要素

DARPIN

キーワード

DE NOVO PROTEIN / DARPin / light switching / LOV2 domain

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Mittl, P.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: LOV2-DARPIN FUSION - D4_DeltaLOV
著者: Mittl, P.R.E.

履歴

登録	2021年12月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qnl.cif.gz	104.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qnl.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qnl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qnl_validation.pdf.gz	436.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qnl_full_validation.pdf.gz	437.1 KB	表示
XML形式データ	7qnl_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	7qnl_validation.cif.gz	18 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/7qnl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/7qnl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1svxS S: 精密化の開始モデル

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: DARPIN

ヘテロ分子

26.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.741, 89.741, 69.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-1060- HOH
2	1	AAA-1064- HOH
3	1	AAA-1067- HOH

#1: タンパク質	DARPIN 分子量: 25914.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DARPin off7 with linker / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2 M ammonium sulphate, 2% PEG400, 100 mM HEPES, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.71→63.46 Å / Num. obs: 22744 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 25.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.013 / Net I/σ(I): 28
反射シェル	解像度: 1.71→1.85 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1138 / CC_1/2: 0.584

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SVX

1svx

解像度: 1.71→63.456 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 5.895 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.157 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2635	1135	4.99 %
R_work	0.1973	21609	-
all	0.2	-	-
obs	-	21609	72.417 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.097 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.097 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.194 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→63.456 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1823	0	50	167	2040

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1916
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.752	1.623	2605
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.467	1.586	4236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.824	5	245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.697	24.194	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.361	15	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.471	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	249
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2152
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	378
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	442
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	934
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	894
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.23	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.027	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.235	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.228	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.241	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.958	2.634	974
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.955	2.631	973
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.736	3.933	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.736	3.936	1222
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.475	3.313	942
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.944	3.104	903
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.161	4.782	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.656	4.471	1325
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.57	34.037	2173
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.302	33.456	2131

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.71-1.75	0.206	10	0.293	135	X-RAY DIFFRACTION	6.3708
1.75-1.798	0.336	17	0.309	368	X-RAY DIFFRACTION	17.2414
1.798-1.85	0.383	27	0.299	594	X-RAY DIFFRACTION	28.9241
1.85-1.907	0.279	54	0.279	777	X-RAY DIFFRACTION	39.4774
1.907-1.97	0.266	53	0.255	979	X-RAY DIFFRACTION	50.8124
1.97-2.039	0.221	75	0.23	1244	X-RAY DIFFRACTION	66.0822
2.039-2.115	0.268	87	0.231	1614	X-RAY DIFFRACTION	89.3852
2.115-2.202	0.283	91	0.232	1752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.202-2.3	0.216	74	0.215	1705	X-RAY DIFFRACTION	99.9438
2.3-2.412	0.237	91	0.198	1618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.412-2.542	0.308	79	0.207	1534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.542-2.696	0.257	73	0.207	1449	X-RAY DIFFRACTION	100
2.696-2.882	0.29	69	0.205	1381	X-RAY DIFFRACTION	100
2.882-3.112	0.315	72	0.206	1287	X-RAY DIFFRACTION	99.9265
3.112-3.408	0.348	65	0.202	1181	X-RAY DIFFRACTION	99.9198
3.408-3.809	0.214	62	0.174	1095	X-RAY DIFFRACTION	99.9136
3.809-4.396	0.232	48	0.158	969	X-RAY DIFFRACTION	99.9018
4.396-5.377	0.234	40	0.165	841	X-RAY DIFFRACTION	100
5.377-7.577	0.204	32	0.218	670	X-RAY DIFFRACTION	99.8577
7.577-63.456	0.39	16	0.19	416	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 8.5371 Å / Origin y: -5.6868 Å / Origin z: 13.0663 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0936 Å²	-0.0011 Å²	0.016 Å²	-	0.0221 Å²	0.0122 Å²	-	-	0.0514 Å²
L	0.4949 °²	-0.1724 °²	0.0121 °²	-	0.816 °²	0.6032 °²	-	-	0.4987 °²
S	-0.1842 Å °	0.0084 Å °	-0.0326 Å °	0.0038 Å °	0.1034 Å °	0.0719 Å °	-0.0516 Å °	0.0797 Å °	0.0808 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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