PDB-7qls: CRYSTAL STRUCTURE OF E.coli ALCOHOL DEHYDROGENASE - FucO MUTANT N...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qls

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF E.coli ALCOHOL DEHYDROGENASE - FucO MUTANT N151G, L259V COMPLEXED WITH FE, NADH, AND DIMETHOXYPHENYL ACETAMIDE

要素

Lactaldehyde reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FucO / NADH / Dehydrogenase / aldehyde reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

lactaldehyde reductase / R-lactaldehyde reductase activity / S-lactaldehyde reductase activity / fucose catabolic process / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Sridhar, S. / Kiema, T.R. / Wierenga, R.K. / Widersten, M.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2023
タイトル: Crystal structures and kinetic studies of a laboratory evolved aldehyde reductase explain the dramatic shift of its new substrate specificity.
著者: Sridhar, S. / Zavarise, A. / Kiema, T.R. / Dalwani, S. / Eriksson, T. / Hajee, Y. / Reddy Enugala, T. / Wierenga, R.K. / Widersten, M.

履歴

登録	2021年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月12日	Group: Database references / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2023年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qls.cif.gz	406.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qls.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qls.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qls_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qls_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	7qls_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	7qls_validation.cif.gz	38.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/7qls ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/7qls	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qlgC 7qlqC 7qnhC 1rrmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Lactaldehyde reductase

BBB: Lactaldehyde reductase

ヘテロ分子

84.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.262, 86.432, 137.833
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth seq-ID: 3 - 384 / Label seq-ID: 3 - 384

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	AAA	A
2	2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Lactaldehyde reductase / Propanediol oxidoreductase 分子量: 41464.230 Da / 分子数: 2 / 変異: N151G,L259V,S315G / 由来タイプ: 組換発現詳細: M M A N R M I L N E T A W F G R G A V G A L T D E V K R R G Y Q K A L I V T D K T L V Q C G V V A K V T D K M D A A G L A W A I Y D G V V P N P T I T V V K E G L G V F Q N S G A D Y L I A I G ...詳細: M M A N R M I L N E T A W F G R G A V G A L T D E V K R R G Y Q K A L I V T D K T L V Q C G V V A K V T D K M D A A G L A W A I Y D G V V P N P T I T V V K E G L G V F Q N S G A D Y L I A I G G G T P Q D T C K A I G I I S N N P E F A D V R S L E G L S P T N K P S V P I L A I P T T A G T A A E V T I G Y V I T D E E K R R K F V C V D P H D I P Q V A F I D A D M M D G M P P A L K A A T G V D A L T H A I E G Y I T R G A W A L T D A L H I K A I E I I A G A L R G S V A G D K D A G E E M A L G Q Y V A G M G F S N V G V G L V H G M A H P L G A F Y N T P H G V A N A I L L P H V M R Y N A D F T G E K Y R D I A R V M G V K V E G M S L E E A R N A A V E A V F A L N R D V G N P P H L R D V G V R K E D I P A L A Q A A L D D V C T G G N P R E A T L E D I V E L Y H T A W T S H H H H H 由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 遺伝子: fucO, Z4116, ECs3659 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P0A9S2, lactaldehyde reductase
#2: 化合物	ChemComp-E9I / 2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethanamide / (3,4-ジメトキシフェニル)アセトアミド分子量: 195.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 559.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₅O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.05 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M Sodium acetate pH 4.5; 20 % (w/v) PEG 8000; 0.2 M NaF

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月11日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→73.34 Å / Num. obs: 29415 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 53.437 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 13.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 3029 / CC_1/2: 0.776 / R_pim(I) all: 0.349 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RRM

1rrm

解像度: 2.4→73.333 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.556 / ESU R Free: 0.257 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2298	1466	4.994 %
R_work	0.197	27888	-
all	0.199	-	-
obs	-	29354	99.966 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.748 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.394 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.769 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.162 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→73.333 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5692	0	102	77	5871

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	5906
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	5629
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.282	1.638	8050
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.325	1.584	12941
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.099	5	765
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.753	22.537	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.281	15	915
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.658	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	805
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6801
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.219	0.2	5013
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.146	0.2	2905
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.06	0.2	2552
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.145	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.996	5.014	3066
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.996	5.012	3065
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.158	7.52	3829
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.158	7.521	3830
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.904	5.264	2840
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.904	5.264	2841
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.119	7.804	4221
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.118	7.804	4222
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.866	60.327	6405
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.864	60.326	6404
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.076	0.05	11979

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07585	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07585	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.462	0.358	85	0.292	2069	X-RAY DIFFRACTION	100
2.462-2.53	0.274	93	0.27	1959	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.603	0.308	92	0.26	1942	X-RAY DIFFRACTION	100
2.603-2.683	0.277	98	0.262	1879	X-RAY DIFFRACTION	100
2.683-2.771	0.318	95	0.247	1814	X-RAY DIFFRACTION	99.9476
2.771-2.868	0.316	101	0.241	1755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.868-2.977	0.287	105	0.267	1667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.977-3.098	0.289	88	0.245	1644	X-RAY DIFFRACTION	99.9423
3.098-3.236	0.288	81	0.228	1588	X-RAY DIFFRACTION	100
3.236-3.394	0.26	94	0.229	1483	X-RAY DIFFRACTION	100
3.394-3.577	0.244	83	0.229	1430	X-RAY DIFFRACTION	99.934
3.577-3.794	0.189	62	0.18	1373	X-RAY DIFFRACTION	100
3.794-4.056	0.233	67	0.176	1292	X-RAY DIFFRACTION	100
4.056-4.38	0.2	71	0.162	1193	X-RAY DIFFRACTION	100
4.38-4.798	0.186	52	0.148	1126	X-RAY DIFFRACTION	100
4.798-5.363	0.213	56	0.177	1005	X-RAY DIFFRACTION	100
5.363-6.192	0.192	37	0.173	930	X-RAY DIFFRACTION	100
6.192-7.579	0.153	51	0.14	763	X-RAY DIFFRACTION	100
7.579-10	0.14	34	0.116	615	X-RAY DIFFRACTION	100
8-73.3	0.246	21	0.244	361	X-RAY DIFFRACTION	98.2005

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7976	0.4333	0.3865	2.9542	-0.6364	2.2257	0.0549	-0.5178	-0.0765	0.3203	0.0148	-0.0311	0.1869	-0.0706	-0.0698	0.286	-0.0667	-0.0497	0.2312	0.048	0.0169	-6.324	-14.333	32.022
2	2.6956	-0.0505	0.6925	3.7063	-0.2723	1.8419	0.1927	0.0951	-0.3796	-0.8227	0.0134	0.068	0.4914	0.0032	-0.206	0.5567	-0.0373	-0.0776	0.0696	0.0065	0.0662	-7.664	-23.196	8.354
3	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.272	0	0	0.272	0	0.272	0	0	0
4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.272	0	0	0.272	0	0.272	0	0	0

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	3 - 185
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	186 - 384
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	AAA	3 - 185
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	AAA	186 - 385

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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