PDB-7qlr: Receptor-binding protein of Clostridium difficile phage CDHS-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qlr

タイトル

Receptor-binding protein of Clostridium difficile phage CDHS-1

要素

CDHS1_22 Putative tail fiber protein

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Receptor-binding protein Binding protein for Clostridium difficile

機能・相同性

Tail fiber protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteriophage sp. (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.462 Å

データ登録者

Wallis, R. / Dowah, A. / Clokie, M.R.J.

資金援助

Libya, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structurome of a Clostridium difficile phage and the remarkable accurate prediction of its novel phage receptor-binding protein
著者: Dowah, A. / Wallis, R. / Clokie, M.R.J.

履歴

登録	2021年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qlr.cif.gz	919.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qlr.ent.gz	778.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qlr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/7qlr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/7qlr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CDHS1_22 Putative tail fiber protein

B: CDHS1_22 Putative tail fiber protein

C: CDHS1_22 Putative tail fiber protein

D: CDHS1_22 Putative tail fiber protein

ヘテロ分子

277 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CDHS1_22 Putative tail fiber protein

ヘテロ分子

D: CDHS1_22 Putative tail fiber protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CDHS1_22 Putative tail fiber protein

ヘテロ分子

C: CDHS1_22 Putative tail fiber protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.990, 178.206, 227.621
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 15 through 616 or resid 700 through 701))
2	1	(chain B and (resid 15 through 616 or resid 700 through 701))
3	1	chain C
4	1	(chain D and (resid 15 through 616 or resid 700 through 701))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain A and (resid 15 through 616 or resid 700 through 701))	A	15 - 616
1	2	1	(chain A and (resid 15 through 616 or resid 700 through 701))	A	700 - 701
2	1	1	(chain B and (resid 15 through 616 or resid 700 through 701))	B	15 - 616
2	2	1	(chain B and (resid 15 through 616 or resid 700 through 701))	B	700 - 701
3	1	1	chain C	C	15 - 616
4	1	1	(chain D and (resid 15 through 616 or resid 700 through 701))	D	15 - 616
4	2	1	(chain D and (resid 15 through 616 or resid 700 through 701))	D	700 - 701

#1: タンパク質	CDHS1_22 Putative tail fiber protein 分子量: 69181.477 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteriophage sp. (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1J1J928
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.19 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: .1M HEPES pH 7, containing 0.05M ammonium acetate, 0.15M magnesium sulphate heptahydrate, 12% PEG smear medium, and 4% acetone

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.462→113.81 Å / Num. obs: 117323 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 42.71 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.259 / R_pim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 2.462→2.741 Å / R_merge(I) obs: 1.772 / Num. unique obs: 6094 / CC_1/2: 0.601 / R_pim(I) all: 0.498

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2		データスケーリング
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
autoPROC		データ削減
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.462→102.64 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2186	5884	5.02 %
R_work	0.1952	111428	-
obs	0.1964	117312	68.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 135.26 Å² / B_iso mean: 48.863 Å² / B_iso min: 21.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.462→102.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18731	0	8	367	19106
B_iso mean	-	-	63.7	45.62	-
残基数	-	-	-	-	2411

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	10865	X-RAY DIFFRACTION	7.674	TORSIONAL
1	2	B	10865	X-RAY DIFFRACTION	7.674	TORSIONAL
1	3	C	10865	X-RAY DIFFRACTION	7.674	TORSIONAL
1	4	D	10865	X-RAY DIFFRACTION	7.674	TORSIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID
2.462-2.48	0.4675	3	0.2945	52	X-RAY DIFFRACTION
2.48-2.51	0.3294	6	0.3047	109	X-RAY DIFFRACTION
2.51-2.54	0.3505	17	0.2958	219	X-RAY DIFFRACTION
2.54-2.57	0.3983	25	0.3076	434	X-RAY DIFFRACTION
2.57-2.61	0.3395	39	0.285	722	X-RAY DIFFRACTION
2.61-2.64	0.2592	56	0.3018	988	X-RAY DIFFRACTION
2.64-2.68	0.3136	68	0.296	1319	X-RAY DIFFRACTION
2.68-2.72	0.3245	78	0.288	1590	X-RAY DIFFRACTION
2.72-2.76	0.3791	109	0.2844	1911	X-RAY DIFFRACTION
2.76-2.81	0.2771	143	0.2842	2378	X-RAY DIFFRACTION
2.81-2.86	0.3204	131	0.2772	2926	X-RAY DIFFRACTION
2.86-2.91	0.3345	180	0.2642	3429	X-RAY DIFFRACTION
2.91-2.97	0.3085	198	0.2664	4052	X-RAY DIFFRACTION
2.97-3.03	0.2728	240	0.262	4647	X-RAY DIFFRACTION
3.03-3.09	0.265	253	0.2488	4929	X-RAY DIFFRACTION
3.09-3.16	0.2709	273	0.2398	5265	X-RAY DIFFRACTION
3.16-3.24	0.2527	278	0.2311	5398	X-RAY DIFFRACTION
3.24-3.33	0.241	311	0.2218	5349	X-RAY DIFFRACTION
3.33-3.43	0.2379	292	0.2179	5402	X-RAY DIFFRACTION
3.43-3.54	0.2379	293	0.2041	5406	X-RAY DIFFRACTION
3.54-3.67	0.2223	311	0.1989	5386	X-RAY DIFFRACTION
3.67-3.81	0.2068	275	0.1855	5436	X-RAY DIFFRACTION
3.81-3.99	0.2188	287	0.1711	5432	X-RAY DIFFRACTION
3.99-4.2	0.1794	284	0.1643	5406	X-RAY DIFFRACTION
4.2-4.46	0.1728	333	0.1567	5416	X-RAY DIFFRACTION
4.46-4.8	0.1842	273	0.1498	5487	X-RAY DIFFRACTION
4.8-5.29	0.1871	284	0.1643	5483	X-RAY DIFFRACTION
5.29-6.05	0.2083	253	0.1967	5542	X-RAY DIFFRACTION
6.05-7.62	0.2078	276	0.1914	5568	X-RAY DIFFRACTION
7.62-102.64	0.1805	315	0.1673	5747	X-RAY DIFFRACTION

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4897	-0.4016	0.3471	0.1909	-0.2313	0.5472	-0.1061	0.1701	0.0871	-0.0765	-0.0011	-0.0282	-0.1198	0.1382	0.0503	0.3	-0.0833	-0.1214	0.3504	0.1724	0.4333	-4.9392	36.3812	134.1798
2	0.2244	-0.3895	-0.1792	0.8758	0.1697	0.234	-0.0412	-0.0141	-0.0681	-0.0162	-0.0637	0.1098	0.0889	0.0076	0.0931	0.2335	0.046	0.0102	0.3645	0.0574	0.2887	39.7228	-26.7379	145.5413
3	0.2394	-0.5921	-0.0208	0.3665	0.053	0.2379	0.0785	0.2342	0.1247	-0.039	-0.1496	0.0135	0.0082	0.0423	0.0242	0.2427	-0.0147	0.0116	0.3623	-0.1379	0.4589	21.9611	62.2568	177.7053
4	0.1686	0.1493	-0.0435	0.4889	-0.1138	0.5462	0.0092	-0.0561	0.0686	0.1632	-0.0957	-0.0584	-0.2913	0.117	0.0867	0.3442	-0.0139	-0.1174	0.4102	0.048	0.3083	56.7102	42.6508	151.4637

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 14 through 616)	A	14 - 616
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 14 through 616)	B	14 - 616
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 15 through 616)	C	15 - 616
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 14 through 616)	D	14 - 616

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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