PDB-7qlg: CRYSTAL STRUCTURE OF E.coli ALCOHOL DEHYDROGENASE - FucO MUTANT L...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qlg

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF E.coli ALCOHOL DEHYDROGENASE - FucO MUTANT L259V COMPLEXED WITH FE, NADH, AND GLYCEROL

要素

Lactaldehyde reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FucO / NADH / Dehydrogenase / aldehyde reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

lactaldehyde reductase / R-lactaldehyde reductase activity / S-lactaldehyde reductase activity / fucose catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Sridhar, S. / Kiema, T.R. / Widertsen, M. / Wierenga, R.K.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2023
タイトル: Crystal structures and kinetic studies of a laboratory evolved aldehyde reductase explain the dramatic shift of its new substrate specificity.
著者: Sridhar, S. / Zavarise, A. / Kiema, T.R. / Dalwani, S. / Eriksson, T. / Hajee, Y. / Reddy Enugala, T. / Wierenga, R.K. / Widersten, M.

履歴

登録	2021年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2023年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qlg.cif.gz	293.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qlg.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qlg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qlg_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qlg_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	7qlg_validation.xml.gz	29.2 KB	表示
CIF形式データ	7qlg_validation.cif.gz	41.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/7qlg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/7qlg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qlqC 7qlsC 7qnhC 1rrmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Lactaldehyde reductase

BBB: Lactaldehyde reductase

ヘテロ分子

84.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.780, 55.360, 107.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.670, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Lactaldehyde reductase / Propanediol oxidoreductase 分子量: 41521.277 Da / 分子数: 2 / 変異: L259V, S315G / 由来タイプ: 組換発現詳細: M M A N R M I L N E T A W F G R G A V G A L T D E V K R R G Y Q K A L I V T D K T L V Q C G V V A K V T D K M D A A G L A W A I Y D G V V P N P T I T V V K E G L G V F Q N S G A D Y L I A I G ...詳細: M M A N R M I L N E T A W F G R G A V G A L T D E V K R R G Y Q K A L I V T D K T L V Q C G V V A K V T D K M D A A G L A W A I Y D G V V P N P T I T V V K E G L G V F Q N S G A D Y L I A I G G G T P Q D T C K A I G I I S N N P E F A D V R S L E G L S P T N K P S V P I L A I P T T A G T A A E V T I N Y V I T D E E K R R K F V C V D P H D I P Q V A F I D A D M M D G M P P A L K A A T G V D A L T H A I E G Y I T R G A W A L T D A L H I K A I E I I A G A L R G S V A G D K D A G E E M A L G Q Y V A G M G F S N V G V G L V H G M A H P L G A F Y N T P H G V A N A I L L P H V M R Y N A D F T G E K Y R D I A R V M G V K V E G M S L E E A R N A A V E A V F A L N R D V G N P P H L R D V G V R K E D I P A L A Q A A L D D V C T G G N P R E A T L E D I V E L Y H T A W T S H H H H H 由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 遺伝子: fucO, Z4116, ECs3659 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A9S2, lactaldehyde reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.43 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 50.64mM Sodium acetate trihydrate, pH 4.5, 15%w/v PEG 3350, 200mM Sodium Formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→51.661 Å / Num. obs: 53704 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.14 % / B_iso Wilson estimate: 18.366 Å² / CC_1/2: 0.971 / R_pim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.25 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 53704 / CC_1/2: 0.414 / R_pim(I) all: 0.752 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RRM

1rrm

解像度: 2→51.661 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 5.181 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.16 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2271	2602	4.846 %
R_work	0.1862	51088	-
all	0.188	-	-
obs	-	53690	98.78 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.391 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.601 Å²	-0 Å²	-1.058 Å²
2-	-	1.538 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.411 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→51.661 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5692	0	108	241	6041

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	5916
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5640
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.382	1.64	8066
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.265	1.579	12969
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.366	5	766
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.93	22.593	270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.688	15	915
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.334	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	807
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6757
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	1189
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	5077
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.148	0.2	2894
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	2473
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	259
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.295	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.227	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.046	2.03	3064
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.046	2.029	3063
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.664	3.04	3827
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.664	3.041	3828
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.656	2.303	2852
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.656	2.304	2853
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.706	3.35	4238
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.705	3.351	4239
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.638	24.802	6457
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.637	24.806	6458

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.303	202	0.288	3785	X-RAY DIFFRACTION	99.1791
2.052-2.108	0.286	180	0.269	3668	X-RAY DIFFRACTION	99.4058
2.108-2.169	0.331	194	0.258	3551	X-RAY DIFFRACTION	99.1265
2.169-2.236	0.277	186	0.243	3467	X-RAY DIFFRACTION	99.4555
2.236-2.309	0.249	177	0.23	3369	X-RAY DIFFRACTION	99.3834
2.309-2.39	0.245	141	0.211	3280	X-RAY DIFFRACTION	98.9586
2.39-2.48	0.244	159	0.203	3148	X-RAY DIFFRACTION	99.6084
2.48-2.582	0.231	170	0.185	3024	X-RAY DIFFRACTION	99.5016
2.582-2.696	0.225	169	0.187	2882	X-RAY DIFFRACTION	99.1873
2.696-2.828	0.227	124	0.181	2793	X-RAY DIFFRACTION	99.0829
2.828-2.981	0.233	128	0.172	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.1094
2.981-3.161	0.211	112	0.175	2533	X-RAY DIFFRACTION	99.0266
3.161-3.379	0.193	131	0.165	2327	X-RAY DIFFRACTION	99.3533
3.379-3.65	0.219	121	0.152	2211	X-RAY DIFFRACTION	98.9393
3.65-3.998	0.191	91	0.143	2001	X-RAY DIFFRACTION	97.8027
3.998-4.469	0.181	92	0.146	1799	X-RAY DIFFRACTION	96.875
4.469-5.159	0.204	80	0.141	1603	X-RAY DIFFRACTION	96.5577
5.159-6.314	0.225	69	0.177	1352	X-RAY DIFFRACTION	96.4043
6.314-8.913	0.174	50	0.152	1048	X-RAY DIFFRACTION	95.3125
8.913-51.6	0.162	26	0.183	594	X-RAY DIFFRACTION	92.8144

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関連情報:EMDBヘッダ

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