[日本語] English
万見
- PDB-7qlf: Conformational ensemble of solnatide in solution -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qlf
タイトルConformational ensemble of solnatide in solution
要素Tumor necrosis factor
キーワードDE NOVO PROTEIN / synthetic peptide / solnatide
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of vitamin D biosynthetic process ...negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / response to macrophage colony-stimulating factor / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / positive regulation of translational initiation by iron / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / regulation of membrane lipid metabolic process / regulation of endothelial cell apoptotic process / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of protein-containing complex disassembly / positive regulation of interleukin-18 production / response to gold nanoparticle / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / positive regulation of hair follicle development / : / death receptor agonist activity / negative regulation of myelination / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of bicellular tight junction assembly / response to isolation stress / negative regulation of amyloid-beta clearance / negative regulation of cytokine production involved in immune response / inflammatory response to wounding / positive regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / positive regulation of action potential / sequestering of triglyceride / positive regulation of I-kappaB phosphorylation / TNF signaling / positive regulation of protein transport / toll-like receptor 3 signaling pathway / embryonic digestive tract development / leukocyte migration involved in inflammatory response / necroptotic signaling pathway / vascular endothelial growth factor production / regulation of immunoglobulin production / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / response to fructose / positive regulation of neuroinflammatory response / cellular response to toxic substance / positive regulation of mononuclear cell migration / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of synoviocyte proliferation / positive regulation of fever generation / negative regulation of myoblast differentiation / negative regulation of D-glucose import / regulation of establishment of endothelial barrier / endothelial cell apoptotic process / macrophage activation involved in immune response / negative regulation of oxidative phosphorylation / positive regulation of protein localization to cell surface / TNFR1-mediated ceramide production / positive regulation of osteoclast differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / regulation of metabolic process / negative regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of protein-containing complex disassembly / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of programmed cell death / positive regulation of podosome assembly / positive regulation of hepatocyte proliferation / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / regulation of fat cell differentiation / regulation of reactive oxygen species metabolic process / TNFR1-induced proapoptotic signaling / response to L-glutamate / cortical actin cytoskeleton organization / negative regulation of heart rate / positive regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of DNA biosynthetic process / regulation of synapse organization / negative regulation of fat cell differentiation / : / negative regulation of endothelial cell proliferation / Interleukin-10 signaling / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / humoral immune response / negative regulation of apoptotic signaling pathway / skeletal muscle contraction / phagocytic cup / negative regulation of lipid storage / negative regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsMODEL GENERATED BY ROSETTA VERSION 2020.08+release.cb1cabafd74
データ登録者Macias, M.J. / Martin-Malpartida, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2022
タイトル: Conformational ensemble of the TNF-derived peptide solnatide in solution.
著者: Martin-Malpartida, P. / Arrastia-Casado, S. / Farrera-Sinfreu, J. / Lucas, R. / Fischer, H. / Fischer, B. / Eaton, D.C. / Tzotzos, S. / Macias, M.J.
履歴
登録2021年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9271
ポリマ－1,9271
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Tumor necrosis factor / Cachectin / TNF-alpha / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 2 / TNF-a


分子量: 1927.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: SOlnatide, a peptide derived from hTNF with ENac activating effect.
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01375
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D TOCSY
121isotropic12D NOESY

-
試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 1 mM solnatide, 90% H2O/10% D2O / Label: 1H_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1 mM / 構成要素: solnatide / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態イオン強度: 0 mM / Label: condition1 / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 290 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.5Bruker Biospincollection
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 30

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る