[日本語] English
万見
- PDB-7qjf: Llp mutant C1G, lytic conversion lipoprotein of phage T5 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qjf
タイトルLlp mutant C1G, lytic conversion lipoprotein of phage T5
要素Lytic conversion lipoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Phage protein / Periplasmic protein / Soluble of acylated WT protein STRUCTURE FROM UNIO / UNIO VERSION 2.9.5
機能・相同性negative regulation of receptor-mediated virion attachment to host cell / superinfection exclusion / host cell plasma membrane / membrane / Lytic conversion lipoprotein
機能・相同性情報
生物種Escherichia phage T5 (ファージ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Degroux, S. / Mestdach, E. / Vives, C. / Le Roy, A. / Salmon, L. / Herrman, T. / Breyton, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-20-CE11-0023 フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Llp mutant C1G, lytic conversion lipoprotein of phage T5
著者: Degroux, S. / Mestdach, E. / Vives, C. / Le Roy, A. / Salmon, L. / Herrman, T. / Breyton, C.
履歴
登録2021年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lytic conversion lipoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0531
ポリマ－7,0531
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Lytic conversion lipoprotein


分子量: 7052.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Mutated version of the lytic conversion lipoprotein produced from a MBP-Llp fusion protein with TEV cleavage site. The mature protein results in the same protein sequence as the WT protein, ...詳細: Mutated version of the lytic conversion lipoprotein produced from a MBP-Llp fusion protein with TEV cleavage site. The mature protein results in the same protein sequence as the WT protein, with a Glycine in amino acide +1 in place of the acylated cysteine.
由来: (組換発現) Escherichia phage T5 (ファージ) / 遺伝子: llp, T5.158, T5p154 / プラスミド: pMAL-p2E / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q38162
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic23D 1H-15N NOESY aliphatic
1121isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
1131isotropic23D 1H-15N-13C NOESY
121isotropic23D 1H-13C TOCSY
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D HN(CA)CO
151isotropic13D HNCA
161isotropic13D HN(CO)CA
171isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D HN(COCA)CB
191isotropic1HAHBNH
1101isotropic1HAHB(CO)NH
1111isotropic12D 15N-HSQC

-
試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 25 mM no Tris, 75 mM no NaCl, 1.024 mM 13C 15N Sol-Llp, 90% H2O/10% D2O
詳細: Sol-Llp protein is soluble and the buffer is 25 mM Tris pH6.5, 75 mM NaCL.
Label: 15N_C13_Sol-Llp / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
25 mMTrisno1
75 mMNaClno1
1.024 mMSol-Llp13C 15N1
試料状態イオン強度: 75 mM / Label: 15N_C13_Sol-Llp / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE10002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
UNIO2.9.5Torsten Herrmannchemical shift assignment
UNIO2.9.5Torsten Herrmannデータ解析
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNS1.3Brunger精密化
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る