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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qjf | ||||||
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タイトル | Llp mutant C1G, lytic conversion lipoprotein of phage T5 | ||||||
要素 | Lytic conversion lipoprotein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Phage protein / Periplasmic protein / Soluble of acylated WT protein STRUCTURE FROM UNIO / UNIO VERSION 2.9.5 | ||||||
機能・相同性 | negative regulation of receptor-mediated virion attachment to host cell / : / superinfection exclusion / host cell plasma membrane / Lytic conversion lipoprotein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia phage T5 (ファージ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Degroux, S. / Mestdach, E. / Vives, C. / Le Roy, A. / Salmon, L. / Herrman, T. / Breyton, C. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Llp mutant C1G, lytic conversion lipoprotein of phage T5 著者: Degroux, S. / Mestdach, E. / Vives, C. / Le Roy, A. / Salmon, L. / Herrman, T. / Breyton, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qjf.cif.gz | 372.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qjf.ent.gz | 312.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qjf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7qjf_validation.pdf.gz | 399.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7qjf_full_validation.pdf.gz | 520.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7qjf_validation.xml.gz | 22 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7qjf_validation.cif.gz | 37.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/7qjf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/7qjf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7052.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Mutated version of the lytic conversion lipoprotein produced from a MBP-Llp fusion protein with TEV cleavage site. The mature protein results in the same protein sequence as the WT protein, ...詳細: Mutated version of the lytic conversion lipoprotein produced from a MBP-Llp fusion protein with TEV cleavage site. The mature protein results in the same protein sequence as the WT protein, with a Glycine in amino acide +1 in place of the acylated cysteine. 由来: (組換発現) Escherichia phage T5 (ファージ) / 遺伝子: llp, T5.158, T5p154 / プラスミド: pMAL-p2E / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q38162 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 25 mM no Tris, 75 mM no NaCl, 1.024 mM 13C 15N Sol-Llp, 90% H2O/10% D2O 詳細: Sol-Llp protein is soluble and the buffer is 25 mM Tris pH6.5, 75 mM NaCL. Label: 15N_C13_Sol-Llp / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 75 mM / Label: 15N_C13_Sol-Llp / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |