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- PDB-7qiu: YsgA 23s RNA methyltransferase from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qiu
タイトルYsgA 23s RNA methyltransferase from Bacillus subtilis
要素rRNA methylase
キーワードTRANSFERASE / 23s RNA methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA methyltransferase activity / RNA processing / methylation / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA 2-O ribose methyltransferase, substrate binding / : / MRM3-like substrate binding domain / RNA 2'-O ribose methyltransferase substrate binding / : / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / 50S ribosomal protein L30e-like
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.877 Å
データ登録者Labar, G. / Van Elder, D. / Roovers, M. / Droogmans, L.
資金援助 ベルギー, 2件
組織認可番号国
Other governmentFNRS BAG 20191372
Other governmentFNRS BAG 20171555 ベルギー
引用ジャーナル: Rna / 年: 2022
タイトル: The Bacillus subtilis open reading frame ysgA encodes the SPOUT methyltransferase RlmP forming 2'- O -methylguanosine at position 2553 in the A-loop of 23S rRNA.
著者: Roovers, M. / Labar, G. / Wolff, P. / Feller, A. / Van Elder, D. / Soin, R. / Gueydan, C. / Kruys, V. / Droogmans, L.
履歴
登録2021年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: rRNA methylase
B: rRNA methylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1982
ポリマ－58,1982
非ポリマー00
水9,728540
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area22880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.880, 66.450, 129.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 rRNA methylase


分子量: 29099.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: B4122_3537, B4122_3803, B4417_0535 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A164ZSS2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.05 %
結晶化温度: 292 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG3350 2%, MES 200mM pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980109 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980109 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.877→45.849 Å / Num. obs: 46483 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 15.486 % / Biso Wilson estimate: 39.62 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 0.903 / Net I/σ(I): 29.03
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.88-1.9315.2431.2552.2950486340833120.7741.29897.2
1.93-1.9815.9390.9033.4352948332833220.880.93399.8
1.98-2.0415.5880.6394.8550099321632140.9450.66199.9
2.04-2.114.7870.4516.6346343313531340.9660.467100
2.1-2.1715.9220.3498.8948275303230320.9820.36100
2.17-2.2416.1560.27711.2847869296429630.9890.286100
2.24-2.3315.9610.20115.1344963281728170.9940.207100
2.33-2.4215.1140.1518.8441532274827480.9960.155100
2.42-2.5315.7790.12222.9141498263026300.9980.127100
2.53-2.6516.480.09728.7941875254125410.9980.1100
2.65-2.816.3770.07735.8839206239423940.9990.079100
2.8-2.9716.0830.06342.836429226522650.9990.065100
2.97-3.1715.7980.0551.8334045215521550.9990.052100
3.17-3.4315.0140.04359.5130224201320130.9990.044100
3.43-3.7513.6680.03666.0925122183918380.9990.03799.9
3.75-4.215.2380.03274.67260121707170710.033100
4.2-4.8514.5390.02978.72218091500150010.03100
4.85-5.9414.0760.0374.62181581290129010.031100
5.94-8.414.9950.02679.76152801020101910.02799.9
8.4-45.84912.9810.02380.1376466005890.9990.02498.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5kzk

5kzk


解像度: 1.877→45.849 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2074 2323 5 %
Rwork0.1821 44154 -
obs0.1833 46477 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 140.2 Å2 / Biso mean: 53.6323 Å2 / Biso min: 24.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.877→45.849 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3787 0 0 540 4327
Biso mean---63.37 -
残基数----500
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8772-1.91550.35721310.3402250296
1.9155-1.95710.31821330.29252546100
1.9571-2.00260.30611340.27092545100
2.0026-2.05270.25551370.23652584100
2.0527-2.10820.23711350.23482571100
2.1082-2.17030.23611360.22332573100
2.1703-2.24030.27171350.23082592100
2.2403-2.32040.25171350.22292568100
2.3204-2.41330.26021360.22292568100
2.4133-2.52310.24891370.2172582100
2.5231-2.65610.26911360.20922623100
2.6561-2.82250.22151360.19482585100
2.8225-3.04040.23921370.19472608100
3.0404-3.34630.19631380.17932606100
3.3463-3.83030.16751400.15462648100
3.8303-4.82490.16571390.13292667100
4.8249-45.8490.18461480.17152786100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.23231.57591.39445.47540.84.12950.2535-0.1994-0.11350.8117-0.3188-0.19470.2380.12140.07710.4471-0.08910.00830.2852-0.03210.297810.884830.4552120.2147
28.8204-0.26950.29656.31532.478.16240.10880.16690.14060.6712-0.0807-0.83330.21610.4261-0.07480.4638-0.1101-0.06350.28530.07040.358916.678131.3545120.8561
32.25890.05373.66112.0651-1.68966.8088-0.0178-0.23590.09180.3254-0.01550.2269-0.0491-0.51120.04690.2475-0.00940.07070.3007-0.01190.2960.878335.612100.9013
42.95082.2362.36064.94370.85555.83510.3338-0.2567-0.04060.3143-0.13690.04960.3175-0.372-0.22680.2012-0.02290.04130.2930.0110.1859-0.86432.7181100.7332
52.91760.9694-4.02438.9688-4.74527.9130.25480.51750.2893-0.6341-0.13070.2737-0.1701-0.5999-0.16840.26180.0604-0.05810.43330.01640.3571-5.06140.711285.0657
66.45711.5205-1.68131.7663-1.36794.04920.0140.364-0.1847-0.423-0.00980.21920.3449-0.50390.01480.33760.016-0.03970.27150.00790.2491.671435.481984.0073
76.3096-3.49461.02178.96290.0322.8828-0.0424-0.30830.53320.04250.0579-0.4893-0.05250.0317-0.01930.41940.1554-0.02480.4701-0.07340.32735.397220.30881.3046
82.4211-4.3290.57194.6411-0.21391.54040.2850.0072-0.1057-0.5974-0.05430.09450.0621-0.1611-0.27770.44920.088-0.0330.4129-0.01770.379929.777819.943876.6058
92.3853-0.9211-1.1863.75911.11843.56090.1881-0.07460.22880.02080.0899-0.3159-0.28710.4692-0.27450.2963-0.00640.02130.3061-0.02080.289720.298946.107685.4095
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 58 )A-2 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 59 through 91 )A59 - 91
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 92 through 127 )A92 - 127
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 128 through 174 )A128 - 174
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 175 through 204 )A175 - 204
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 205 through 248 )A205 - 248
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 0 through 42 )B0 - 42
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 43 through 104 )B43 - 104
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 105 through 248 )B105 - 248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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