PDB-7qih: Complex of the Yersinia enterocolitica Type III secretion protein...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qih

タイトル

Complex of the Yersinia enterocolitica Type III secretion proteins YscX and YscY

要素

Chaperone protein YscY
Yop proteins translocation protein X

キーワード

CHAPERONE / Type III Secretion System / T3SS / SctX / SctY

機能・相同性

Type III secretion system YscX / Type III secretion system chaperone, YscY / Type III secretion system YscX (type_III_YscX) / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / extracellular region / cytoplasm / Chaperone protein YscY / Yop proteins translocation protein X

機能・相同性情報

生物種

Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Gilzer, D. / Niemann, H.H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Direct interaction of a chaperone-bound type III secretion substrate with the export gate.
著者: Gilzer, D. / Schreiner, M. / Niemann, H.H.

履歴

登録	2021年12月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qih.cif.gz	192.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qih.ent.gz	128.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qih.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7qih_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qih_full_validation.pdf.gz	456 KB	表示
XML形式データ	7qih_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	7qih_validation.cif.gz	19.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/7qih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/7qih	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7qiiC 7qijC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/905 / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chaperone protein YscY

B: Yop proteins translocation protein X

C: Chaperone protein YscY

D: Yop proteins translocation protein X

45.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chaperone protein YscY

B: Yop proteins translocation protein X

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Complex confirmed via co-expression, pull-down and gel filtration. Individual expression of either YscX or YscY not possible.
22.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Chaperone protein YscY

D: Yop proteins translocation protein X

登録者が定義した集合体
22.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.553, 140.833, 59.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

#1: タンパク質	Chaperone protein YscY / Yop proteins translocation protein Y 分子量: 14077.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: YscY with N-terminal hexahistidine tag 由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) 遺伝子: yscY / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C2N2
#2: タンパク質	Yop proteins translocation protein X 分子量: 8653.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminally truncated YscX 由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) 遺伝子: yscX / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C2N4
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Protein Concentration: 3-5 mg/mL; Protein Buffer: 20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM TCEP; Reservoir Solution: 0.1 M BisTris pH 6.0, 0.2 M MgCl2, 13-21 % PEG 3350; Drop Ratio: 0.33 uL ...詳細: Protein Concentration: 3-5 mg/mL; Protein Buffer: 20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM TCEP; Reservoir Solution: 0.1 M BisTris pH 6.0, 0.2 M MgCl2, 13-21 % PEG 3350; Drop Ratio: 0.33 uL Reservoir + 0.66 uL Protein PH範囲: 5.5-6.2

結晶

マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.17 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Protein Concentration: 3-5 mg/mL; Protein Buffer: 20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM TCEP; Reservoir Solution: 0.1 M BisTris pH 6.0, 0.2 M MgCl2, 13-21 % PEG 3350; Drop Ratio: 0.33 uL ...
PH範囲: 5.5-6.2

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→45.62 Å / Num. obs: 27713 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.78 % / B_iso Wilson estimate: 39.5 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 1.92→2.03 Å / 冗長度: 11.29 % / Mean I/σ(I) obs: 0.78 / Num. unique obs: 4312 / CC_1/2: 0.446 / R_rim(I) all: 2.941 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
BUCCANEER		モデル構築
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold2 model

解像度: 1.92→45.62 Å / SU ML: 0.3125 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.4098
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2624	1382	5 %
R_work	0.2206	26232	-
obs	0.2226	27614	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→45.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2883	0	0	68	2951

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0016	2960
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.3894	4011
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0274	448
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	526
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.4943	1106

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.92-1.99	0.4854	132	0.4707	2491	X-RAY DIFFRACTION	96.22
1.99-2.07	0.3794	135	0.3521	2578	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.07-2.16	0.351	136	0.3004	2581	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.16-2.27	0.3084	137	0.2675	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.27-2.42	0.2671	138	0.2306	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.42-2.6	0.2747	139	0.2328	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.6-2.86	0.3054	137	0.2336	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.87-3.28	0.2533	138	0.2404	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.28-4.13	0.2425	142	0.192	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.13-45.62	0.2185	148	0.1824	2806	X-RAY DIFFRACTION	99.29

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.56756238946	1.98466554416	4.14576414942	8.21972245041	0.355988668589	8.82749926383	-0.10930176839	0.0807391558407	0.51254260566	0.0881071805557	-0.0265076471294	0.52061732306	0.0485299669292	0.0765070869797	0.0922880655068	0.285439150461	0.0234726881118	0.048825290852	0.259155721533	0.0309151585092	0.213373971578	-29.4177964615	18.8486325464	-23.0041878663
2	4.62696867291	1.20630496874	-1.03700894838	7.42017406766	2.04009592005	5.38776928125	-0.446412232776	-0.493902502856	-1.41569135646	-0.0418205765876	0.690963610357	-0.364599414004	0.256703837068	0.283293485062	-0.181371161226	0.405021252766	0.0614206691205	0.0911689134319	0.262690211428	0.0100377549477	0.341276075362	-22.3598134303	13.5638606302	-26.0276941279
3	7.97299389102	0.580415637107	3.81250314788	3.02970631997	-2.37392689179	8.60271735313	0.109668096958	0.199602115592	-0.309368326416	-0.426075338529	0.241833157238	-0.138508029441	0.371698954114	-0.00763650487606	-0.272707636484	0.332843091322	-0.0421641005016	0.0569974524756	0.284564966239	-0.0255852726474	0.218903611387	-19.5645665103	25.4675177876	-39.6873151962
4	7.7827248986	2.17838650715	1.7947455157	7.41022658536	0.759893834119	7.85264078702	-0.280527360862	0.752395700787	-0.419652288305	-0.529269548392	0.54646654247	-1.19745280304	0.00477189633735	0.939284662092	-0.212603356631	0.438949412737	-0.098131725055	0.0454523314804	0.395774016216	-0.130634415752	0.372420062412	-8.22752894758	28.9425614883	-39.3874562102
5	9.33821150025	0.0399532855224	1.04156228567	0.544163925346	-0.220537771052	0.222922562311	0.752107826151	-0.114356386338	-0.276131728801	1.65989877928	-0.433891139731	1.2360708893	1.3601211646	-0.683673191391	-0.617697637015	1.03867494156	-0.180808586255	0.0627798174371	0.423441081834	0.0060548981089	0.614930506983	-12.11566102	41.5826180254	-29.8976014438
6	6.63118700826	1.89362573114	-3.72863918965	5.72092068598	-1.77816356292	5.36446226131	0.196782172239	-0.062684393865	-0.83298266569	0.742075675648	-0.546964102285	-0.411804169629	-0.552439518039	0.39353049803	0.224429509523	0.573626819656	-0.0891973163005	-0.0611891259566	0.394953827808	0.0239991153534	0.248337979919	-18.6306859994	28.0326287372	-21.6150750873
7	6.04979529486	-0.0922103005834	-3.33398320968	5.95972267393	-0.321196546651	5.65757083463	-0.193804625248	-0.938974543469	0.0342563924563	1.23512767928	-0.405449724775	1.26723290595	0.520470374213	0.531445048621	0.517416839119	0.443416622994	-0.0757276705703	0.115370596316	0.408662056835	-0.00736503912069	0.398645559398	-35.0246703165	11.8494201554	-18.8029844017
8	3.0711850185	-2.56614354833	4.08216988001	1.42199985352	-3.05458394802	8.57427160394	0.131208458535	-0.0014117648384	0.452665176423	-0.0819541043638	0.017291798989	0.297530681192	-0.296848227927	-0.032722128725	-0.082428434583	0.477089195376	-0.127770211249	0.106497569336	0.285848523749	0.0509665218494	0.509411045675	-26.2206006124	5.2062099398	-11.5269145367
9	9.32652486068	-2.06778528332	-2.19091447149	8.03633336324	2.77509012169	1.46821643922	-0.246098178481	1.05215368972	0.031171314296	-0.256086555705	-0.11327232413	-0.14418773802	-0.0170019181495	-0.389758101433	0.243946754235	0.528388963482	-0.010083138685	9.22999232733E-5	0.539779494657	-0.0514587837089	0.245992864573	-9.86802383271	17.4985105853	-7.05635571364
10	9.48112276691	1.53670893901	6.2320205934	6.95278674302	6.55736620476	8.49265299574	-0.00261799117189	0.196208452055	-0.0585199533493	-0.177486300671	0.139066200023	-0.0416754897445	-0.158727177868	0.412668893165	-0.155098233418	0.428008234952	-0.0192411729591	0.0529345097742	0.361777472856	-0.0233079011914	0.163596530452	-19.2701820363	24.8340962646	9.9777443942
11	3.94115181308	1.31269449493	-2.50767189284	4.78357978404	3.26129606054	4.7994961236	-0.0757374969966	1.38143880593	0.789164768242	-0.554586958311	0.43670916756	-0.105304081383	-0.410404113095	-1.0170151303	-0.296926966995	1.03889535781	0.123345577206	0.0190268605955	0.964386097031	0.0881661061464	0.376053475447	-21.9758539073	27.9290780069	-6.85640573115
12	4.88822941995	3.43279569438	-2.54132311756	6.77116343516	1.48895944103	3.63944940288	-0.666201108055	0.676785526987	-0.0259446526911	-1.69841680964	0.915397490577	-0.79039041648	0.588774748023	-0.401560336072	-0.271400765018	0.723502141773	-0.0263254646185	0.00650739486465	0.561971376927	-0.0950973017178	0.749303375044	-5.28839716435	7.44393441613	-9.65208633337
13	3.14278268512	1.03035096552	3.67621401209	0.0268758675758	0.986183364761	3.7755555407	-0.0276636794363	-0.363299131661	0.454706036357	0.35183509486	-0.260897192175	-0.159149960676	0.167476127516	-0.274256068685	0.19405935633	0.582763968914	0.079384896362	0.0615282802146	0.271946472307	-0.0647201077685	0.506516136201	-15.0081089427	4.25455223131	-17.635360391
14	9.58287283002	1.09456758749	-5.66547134438	7.18026366881	3.46074616085	8.83694287962	-0.299257654273	-0.660503710816	-0.0737651491634	-0.0136787098074	0.526641247844	-0.303666972563	0.853156413761	0.371687600099	-0.261944814499	0.531751453403	0.0341421904353	-0.0125212368806	0.262563525028	0.0113813500757	0.192223575977	-20.1691756964	20.1413509903	-31.5605230382
15	6.29028846908	-3.95566014563	-3.51718840718	4.22083659414	-0.914727284838	6.59857811792	0.0505925264443	0.211186739733	-0.535575215685	0.0263470207633	-0.104471485494	0.0794950145683	-0.138660794127	-0.089886954053	0.0293916184206	0.516199925213	-0.0325600221921	-0.0437993417757	0.339375662402	-0.10101690471	0.30309627749	-17.9844587726	17.0553848676	-0.433033856798
16	8.45852077065	-0.568765990417	1.29496043519	3.45542937254	0.0615254088169	3.76497660904	0.0445370726653	0.24478868036	0.51651951408	0.246467711098	-0.259354339475	0.522189462411	-1.0660621903	-0.808425456214	0.118805503526	0.690015878279	0.103817589878	0.0373233329175	0.508167731952	-0.0224206276714	0.287756373969	-29.2267788929	31.3657578132	8.37335331288

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 22 )	A	A	2 - 22	1 - 21
2	2	chain 'A' and (resid 23 through 39 )	A	A	23 - 39	22 - 38
3	3	chain 'A' and (resid 60 through 77 )	A	A	60 - 77	59 - 76
4	4	chain 'A' and (resid 78 through 107 )	A	A	78 - 107	77 - 106
5	5	chain 'A' and (resid 108 through 112 )	A	A	108 - 112	107 - 111
6	6	chain 'B' and (resid 50 through 71 )	B	B	50 - 71	1 - 22
7	7	chain 'B' and (resid 72 through 92 )	B	B	72 - 92	23 - 43
8	8	chain 'B' and (resid 93 through 120 )	B	B	93 - 120	44 - 71
9	9	chain 'C' and (resid 2 through 22 )	C	C	2 - 22	1 - 21
10	10	chain 'C' and (resid 60 through 77 )	C	C	60 - 77	59 - 76
11	11	chain 'D' and (resid 50 through 74 )	D	D	50 - 74	1 - 19
12	12	chain 'D' and (resid 75 through 92 )	D	D	75 - 92	20 - 37
13	13	chain 'D' and (resid 93 through 120 )	D	D	93 - 120	38 - 65
14	14	chain 'A' and (resid 40 through 59 )	A	A	40 - 59	39 - 58
15	15	chain 'C' and (resid 23 through 59)	C	C	23 - 59	22 - 58
16	16	chain 'C' and (resid 78 through 111 )	C	C	78 - 111	77 - 110

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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