PDB-7qib: Crystal structure of Mycobacterium hassiacum glucosyl-3-phosphogl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qib

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium hassiacum glucosyl-3-phosphoglycerate synthase at pH 8.5 in complex with UDP

要素

Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Glucose / UDP / thermostable / GTA-fold

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosyl-3-phosphoglycerate synthase / glycosyltransferase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycolicibacterium hassiacum DSM 44199 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Silva, A. / Nunes-Costa, D. / Barbosa Pereira, P.J. / Macedo-Ribeiro, S.

資金援助

ポルトガル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Mycobacterium hassiacum glucosyl-3-phosphoglycerate synthase at pH 8.5 in complex with UDP
著者: Silva, A. / Nunes-Costa, D. / Barbosa Pereira, P.J. / Macedo-Ribeiro, S.

履歴

登録	2021年12月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qib.cif.gz	291 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qib.ent.gz	193.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qib.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7qib_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qib_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7qib_validation.xml.gz	25.9 KB	表示
CIF形式データ	7qib_validation.cif.gz	38.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/7qib ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/7qib	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7pvlS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (4) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (2) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase

B: Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase

ヘテロ分子

71.3 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Alarico S, Nunes-Costa D, Silva A, Costa M, Macedo-Ribeiro S, Empadinhas N. A genuine mycobacterial thermophile: Mycobacterium hassiacum growth, survival and GpgS stability at ...根拠: gel filtration, Alarico S, Nunes-Costa D, Silva A, Costa M, Macedo-Ribeiro S, Empadinhas N. A genuine mycobacterial thermophile: Mycobacterium hassiacum growth, survival and GpgS stability at near-pasteurization temperatures. Microbiology (Reading). 2020;166(5):474-483. doi:10.1099/mic.0.000898

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.045, 89.957, 95.217
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase 分子量: 35151.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The C-terminal KLAAALEHHHHHH sequence corresponds to a linker followed by an hexahistidine tag used for protein purification. 由来: (組換発現) Mycolicibacterium hassiacum DSM 44199 (バクテリア) 株: DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849 / 遺伝子: gpgS, C731_3243, MHAS_02845 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: K5B7Z4, glucosyl-3-phosphoglycerate synthase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.44 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5; 0.2 M MgCl2; 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→47.8 Å / Num. obs: 80077 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 23.51 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 1.6→1.68 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 1.24 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 11135 / CC_1/2: 0.594 / R_pim(I) all: 0.589 / R_rim(I) all: 1.376 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7PVL

7pvl

解像度: 1.6→47.8 Å / SU ML: 0.1997 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.3831
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1962	3884	4.86 %
R_work	0.174	76096	-
obs	0.1751	79980	99.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4286	0	58	442	4786

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0056	4467
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7813	6127
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0527	746
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0108	785
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.1328	1602

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.4089	102	0.3563	2235	X-RAY DIFFRACTION	82.2
1.62-1.64	0.3524	124	0.32	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.64-1.66	0.3405	139	0.2978	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.68	0.3309	137	0.2938	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.68-1.7	0.3271	145	0.2789	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.7-1.73	0.2617	156	0.2641	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.73-1.76	0.3005	135	0.2515	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.76-1.79	0.2552	130	0.2376	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.79-1.82	0.2693	136	0.2326	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.82-1.85	0.2607	136	0.231	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.85-1.88	0.2251	159	0.2106	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.92	0.2358	145	0.1906	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.96	0.1947	137	0.18	2733	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.96-2.01	0.1999	144	0.1657	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.01-2.06	0.1844	138	0.1579	2725	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.06-2.12	0.1864	128	0.1589	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.18	0.2013	139	0.1604	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.18-2.25	0.1858	146	0.1577	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.25-2.33	0.1905	138	0.1545	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.42	0.1986	130	0.1542	2752	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.42-2.53	0.1691	140	0.1582	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.53-2.67	0.1902	121	0.1678	2763	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.67-2.83	0.1893	125	0.1726	2765	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.83-3.05	0.1922	136	0.1706	2775	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.05-3.36	0.2119	150	0.1712	2765	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.36-3.84	0.166	152	0.1546	2767	X-RAY DIFFRACTION	99.62
3.85-4.84	0.1673	154	0.1385	2792	X-RAY DIFFRACTION	99.33
4.84-47.8	0.1775	162	0.1805	2936	X-RAY DIFFRACTION	99.49

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.86432302408	-1.75749733461	0.878865909687	3.50374984206	0.135532957276	0.969477025445	-0.138466074579	-0.746570698002	-0.409395327323	0.574017735131	-0.130449306004	0.360524598333	-0.394291989507	0.242400961349	0.0655892271292	0.27793900565	0.00935266808202	0.0822632899645	0.336110462879	0.0194688747576	0.288564969999	-46.5454527	-0.0796588694359	12.4296449443
2	8.44778411096	-0.367450280947	-2.69663291021	7.69692739662	-1.94394163996	2.19034492814	-0.00966733186757	-0.120461467326	-0.382069865412	0.170600265327	-0.0260951579513	0.274409314738	-0.111041833022	0.0276649680061	-0.0106806057442	0.18532821368	-0.0109776079039	-0.0423411995518	0.172326901069	-0.0123265839349	0.200523520152	-33.8041706675	-13.7624862882	11.5521576749
3	4.98077780991	-0.767617089102	6.78851488276	0.914029748271	-0.817461942814	9.19237788473	0.445681675223	-0.345050895466	-0.257699225364	0.132968248567	-0.0731998184994	-0.00629224671453	0.782247320298	-0.265543365313	-0.486419129443	0.292490694135	0.00806496141213	-0.00824742786212	0.281432812675	-0.0171947716289	0.267411287958	-31.8586234593	-19.2537094165	5.38610939382
4	7.54206942246	-2.74371240031	4.74640176213	2.94238548049	-2.47000465875	7.31645053345	0.0650505201535	0.19825856837	0.355246674199	-0.162784909435	-0.171226353074	-0.141446080788	-0.143040289639	0.294477510645	0.100702171735	0.20926479516	-0.0218496980805	0.0142402984097	0.201703157927	-0.0464572535452	0.21060123766	-47.5398386172	-11.9093344798	-14.6154962175
5	0.755988558857	0.80278944249	0.464559098331	2.33360208908	1.50441030469	2.01682693232	0.0923879395108	-0.101620203666	-0.226266195544	0.268309384165	-0.033502391232	-0.142788380543	0.34358278819	-0.0900207795646	-0.0789455500041	0.247924707179	-0.0140195063218	-0.011396953733	0.185121698816	0.0115975436945	0.227796337505	-13.2010457837	-24.7983627317	32.539958942
6	7.77568065447	-5.15038037362	4.12768824956	5.24908113843	-5.13186056307	8.10069194118	-0.195259729907	-0.518992939789	-0.00600603264381	0.259054977318	0.224661945695	0.453042836622	-0.00878295954403	-0.618460466894	-0.0042870898253	0.255763894124	-0.0281987223175	0.0037918079588	0.262515850637	-0.0509740729485	0.166319464917	-16.8499951676	-5.0012403354	45.752188462
7	0.976770097773	0.396818559808	0.534544623134	1.61446257714	0.65829018562	2.67166298228	-0.00832153357541	-0.0822849292777	0.0900562585965	0.0876504663511	0.0129772354748	0.0432482310863	-0.179507716135	-0.0589717593957	-0.00624969220293	0.226131240086	-0.0133111195929	-0.0212847203187	0.196411217945	-0.00618692035401	0.196030632231	-10.0325022197	-2.71523045344	37.8598865137
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9	1.634724395	0.462822908347	0.797519101695	0.970939601625	0.275966421547	1.96047721096	0.00995292921637	-0.0799558491903	-0.00911715725689	0.0219585318419	0.0449861209489	0.000697646374684	-0.065530873433	-0.0605635823251	-0.0468583194224	0.223889643917	-0.00974795249504	0.00408249927639	0.181959873092	-0.00584972922511	0.191961665501	-17.4549379065	-13.8982084112	23.0364341237
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14	1.32661756739	-0.891150139209	-0.495951677449	4.33071077541	1.95108499704	4.55809547971	-0.0571133940536	-0.0468253468136	0.263281848257	-0.258451168431	-0.0729656290525	0.0252591649932	-0.44505244175	-0.218524923752	0.170540973949	0.294473871174	0.058418385905	0.020527433627	0.170692932753	-0.0172976729969	0.284739830474	-50.2508114214	9.01797882514	3.36106248181
15	1.40701027733	-0.111728429043	-0.467125493421	2.35966109175	1.13135835492	1.76799893243	0.0113615255365	-0.104306027556	-0.134413922732	0.353980313671	-0.2408976359	0.578826520097	0.213432444005	-0.366121087654	0.176018543636	0.229179580705	-0.0386361537239	0.064966696643	0.271780714298	-0.0679473467895	0.274691968164	-56.4298144722	-14.5183316696	3.92880411461
16	6.37510421629	-0.42284273444	-0.112895756249	2.85233791733	0.481546457619	6.46262612587	-0.138985046778	0.0836295553259	0.315840700825	0.0894125088205	-0.0792001293201	0.0749501184632	-0.279026888932	-0.124500759946	0.206988868849	0.210295948265	0.0257594380278	0.00982780578103	0.128799706916	-0.0444979361057	0.251709892125	-50.6522408655	3.13804288405	3.8992693733
17	2.2945272571	0.180894995303	1.34287725182	0.961852938819	0.517516263361	1.343379542	-0.0808054885932	-0.219062797725	-0.00247022008108	0.123657074716	0.0175325756397	0.103246894382	-0.101789075769	-0.159845307818	0.0621615083006	0.265214389103	0.0109061066898	0.0233498041625	0.210784233728	0.00168658922337	0.204028108491	-39.2937871815	-3.88734034963	7.37609342443
18	4.96558889136	1.87395269596	-0.676518497136	3.04461871167	-2.56374800254	3.21650224374	-0.0752439638428	0.029632490329	-0.180638906317	0.151591200221	0.0113878703927	-0.156198126164	0.0972774430361	-0.0340262341096	0.0300717772354	0.234980989448	-0.0177326162722	0.0190509931553	0.212128204939	-0.0340486789152	0.202211453649	-37.9059027057	-6.1151302171	1.70521003676

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 238 through 256 )	B	J	238 - 256	219 - 237
2	2	chain 'B' and (resid 257 through 275 )	B	J	257 - 275	238 - 256
3	3	chain 'B' and (resid 276 through 308 )	B	J	276 - 308	257 - 276
4	4	chain 'B' and (resid 309 through 322 )	B	J	309 - 322	277 - 290
5	5	chain 'A' and (resid 7 through 48 )	A	E	7 - 48	5 - 46
6	6	chain 'A' and (resid 49 through 65 )	A	E	49 - 65	47 - 63
7	7	chain 'A' and (resid 66 through 140 )	A	E	66 - 140	64 - 138
8	8	chain 'A' and (resid 141 through 163 )	A	E	141 - 163	139 - 161
9	9	chain 'A' and (resid 164 through 237 )	A	E	164 - 237	162 - 224
10	10	chain 'A' and (resid 238 through 256 )	A	E	238 - 256	225 - 243
11	11	chain 'A' and (resid 257 through 275 )	A	E	257 - 275	244 - 262
12	12	chain 'A' and (resid 276 through 308 )	A	E	276 - 308	263 - 277
13	13	chain 'A' and (resid 309 through 327 )	A	E	309 - 327	278 - 293
14	14	chain 'B' and (resid 10 through 41 )	B	J	10 - 41	3 - 34
15	15	chain 'B' and (resid 42 through 140 )	B	J	42 - 140	35 - 133
16	16	chain 'B' and (resid 141 through 163 )	B	J	141 - 163	134 - 156
17	17	chain 'B' and (resid 164 through 221 )	B	J	164 - 221	157 - 202
18	18	chain 'B' and (resid 222 through 237 )	B	J	222 - 237	203 - 218

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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