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Yorodumi- PDB-7qib: Crystal structure of Mycobacterium hassiacum glucosyl-3-phosphogl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qib | ||||||
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Title | Crystal structure of Mycobacterium hassiacum glucosyl-3-phosphoglycerate synthase at pH 8.5 in complex with UDP | ||||||
Components | Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Glucose / UDP / thermostable / GTA-fold | ||||||
Function / homology | Function and homology information glucosyl-3-phosphoglycerate synthase / glycosyltransferase activity / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycolicibacterium hassiacum DSM 44199 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Silva, A. / Nunes-Costa, D. / Barbosa Pereira, P.J. / Macedo-Ribeiro, S. | ||||||
Funding support | Portugal, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of Mycobacterium hassiacum glucosyl-3-phosphoglycerate synthase at pH 8.5 in complex with UDP Authors: Silva, A. / Nunes-Costa, D. / Barbosa Pereira, P.J. / Macedo-Ribeiro, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7qib.cif.gz | 291 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7qib.ent.gz | 193.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7qib.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/7qib ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/7qib | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7pvlS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35151.129 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The C-terminal KLAAALEHHHHHH sequence corresponds to a linker followed by an hexahistidine tag used for protein purification. Source: (gene. exp.) Mycolicibacterium hassiacum DSM 44199 (bacteria) Strain: DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849 / Gene: gpgS, C731_3243, MHAS_02845 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) References: UniProt: K5B7Z4, glucosyl-3-phosphoglycerate synthase #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: 0.1 M Tris pH 8.5; 0.2 M MgCl2; 25% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.97934 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 14, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→47.8 Å / Num. obs: 80077 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 23.51 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 13.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.68 Å / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 1.24 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 11135 / CC1/2: 0.594 / Rpim(I) all: 0.589 / Rrim(I) all: 1.376 / % possible all: 95.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7PVL Resolution: 1.6→47.8 Å / SU ML: 0.1997 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.3831 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.75 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→47.8 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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