PDB-7qi3: Structure of Fusarium verticillioides NAT1 (FDB2) N-malonyltransferase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qi3

タイトル

Structure of Fusarium verticillioides NAT1 (FDB2) N-malonyltransferase

要素

Arylamine N-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / N-malonyltransferase / N-acetyltransferase / malonyl-CoA / acetyl-CoA / 2-benzoxazolinone

機能・相同性

Arylamine N-acetyltransferase / N-acetyltransferase / arylamine N-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Papain-like cysteine peptidase superfamily / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / N-malonyltransferase FDB2

機能・相同性情報

生物種

Fusarium verticillioides (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Lowe, E.D. / Kotomina, E. / Karagianni, E. / Boukouvala, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Fusarium verticillioides NAT1 (FDB2) N-malonyltransferase is structurally, functionally and phylogenetically distinct from its N-acetyltransferase (NAT) homologues.
著者: Karagianni, E.P. / Kontomina, E. / Lowe, E.D. / Athanasopoulos, K. / Papanikolaou, G. / Garefalaki, V. / Kotseli, V. / Zaliou, S. / Grimaud, T. / Arvaniti, K. / Tsatiri, M.A. / Fakis, G. / ...

履歴

登録	2021年12月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qi3.cif.gz	716.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qi3.ent.gz	494.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7qi3_validation.pdf.gz	487.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qi3_full_validation.pdf.gz	493.7 KB	表示
XML形式データ	7qi3_validation.xml.gz	62.9 KB	表示
CIF形式データ	7qi3_validation.cif.gz	94.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/7qi3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/7qi3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1qx3S 1w6fS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Arylamine N-acetyltransferase

B: Arylamine N-acetyltransferase

C: Arylamine N-acetyltransferase

D: Arylamine N-acetyltransferase

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Arylamine N-acetyltransferase

C: Arylamine N-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
80 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Arylamine N-acetyltransferase

D: Arylamine N-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.580, 76.880, 92.544
Angle α, β, γ (deg.)	76.220, 73.060, 72.490
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Arylamine N-acetyltransferase 分子量: 39712.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium verticillioides (菌類) 遺伝子: FDB2, nat1, FVEG_12636, FVER53263_12636, FVER53590_12636 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7SP66, arylamine N-acetyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 1406分子

#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Morpheus condition H5: 0.1 M amino acids, 0.1 M sodium HEPES/MOPS buffer pH 7.5, 30% PEGMME 550/PEG 20K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→87.32 Å / Num. obs: 160393 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 23.81 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 6978 / CC_1/2: 0.644

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20rc4_4425	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Ensemble of 1w6f, 1qx3

1w6f

1qx3

解像度: 1.8→87.32 Å / SU ML: 0.2948 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 26.5623
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2216	7755	4.89 %
R_work	0.1784	150916	-
obs	0.1805	158671	95.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→87.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10974	0	100	1394	12468

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0066	11825
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.829	16064
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0523	1735
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0067	2110
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.1558	4520

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3655	279	0.3555	4953	X-RAY DIFFRACTION	93.98
1.82-1.84	0.3542	288	0.3445	4914	X-RAY DIFFRACTION	94.07
1.84-1.86	0.347	245	0.329	5024	X-RAY DIFFRACTION	94.95
1.86-1.89	0.3453	260	0.3202	5052	X-RAY DIFFRACTION	94.74
1.89-1.91	0.3228	265	0.3002	5045	X-RAY DIFFRACTION	94.89
1.91-1.94	0.2815	222	0.282	4999	X-RAY DIFFRACTION	94.89
1.94-1.97	0.2961	274	0.2635	5092	X-RAY DIFFRACTION	94.61
1.97-2	0.2637	275	0.2489	4947	X-RAY DIFFRACTION	95.22
2-2.03	0.2816	269	0.2431	5063	X-RAY DIFFRACTION	95.08
2.03-2.06	0.2553	239	0.227	5018	X-RAY DIFFRACTION	94.91
2.06-2.1	0.2599	268	0.217	5026	X-RAY DIFFRACTION	95.34
2.1-2.13	0.2521	260	0.2103	5055	X-RAY DIFFRACTION	95.23
2.13-2.17	0.2727	255	0.209	5004	X-RAY DIFFRACTION	95.46
2.17-2.22	0.2576	264	0.2061	5038	X-RAY DIFFRACTION	95.39
2.22-2.27	0.2376	274	0.1906	5121	X-RAY DIFFRACTION	95.33
2.27-2.32	0.2507	255	0.1842	5047	X-RAY DIFFRACTION	95.83
2.32-2.38	0.2365	255	0.1722	5032	X-RAY DIFFRACTION	95.36
2.38-2.44	0.2425	272	0.1734	5004	X-RAY DIFFRACTION	95.25
2.44-2.51	0.2359	292	0.1648	5047	X-RAY DIFFRACTION	95.34
2.51-2.6	0.2338	255	0.1688	5024	X-RAY DIFFRACTION	95.13
2.6-2.69	0.2344	238	0.1701	5051	X-RAY DIFFRACTION	94.99
2.69-2.8	0.214	228	0.1631	5050	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8-2.92	0.2155	213	0.1672	5059	X-RAY DIFFRACTION	94.43
2.92-3.08	0.2244	274	0.1656	4996	X-RAY DIFFRACTION	95.04
3.08-3.27	0.2062	283	0.1622	5034	X-RAY DIFFRACTION	95.65
3.27-3.52	0.1806	245	0.1517	5093	X-RAY DIFFRACTION	95.92
3.52-3.88	0.1804	250	0.1417	5049	X-RAY DIFFRACTION	95.2
3.88-4.44	0.1584	224	0.1259	5022	X-RAY DIFFRACTION	94.54
4.44-5.59	0.1744	289	0.1358	5054	X-RAY DIFFRACTION	95.82
5.59-87.32	0.2033	245	0.1724	5003	X-RAY DIFFRACTION	94.27

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.691436389173	0.0906569853574	0.0407338464913	1.0873144666	0.231265946024	1.41130716623	0.0166104219201	0.124872211209	0.0303983927036	-0.116826995618	0.034075440039	-0.0255123262348	0.0320689037777	0.0694993101175	0.00585963122317	0.129184303602	-0.0010832881257	0.0121207558571	0.139284822548	-0.00657320072641	0.135220977604	81.7919550462	45.7752926401	27.6745074688
2	1.62553519908	0.45514253492	-0.853348342647	1.20613465943	-0.593871484582	1.49755759242	-0.158035868393	0.280370729431	0.02893117622	-0.0929073537529	0.12857737249	-0.101730613976	0.27146641642	-0.122674077056	-0.0111429130821	0.15678318938	-0.0278564820007	-0.0293579588803	0.150774580469	-0.00540610099008	0.106368330054	110.645084571	32.8323264255	63.8227151515
3	0.85369675887	-0.179991753286	-0.29960048964	1.21660492918	0.31120667651	1.12401100667	-0.0395630782207	-0.0573512709431	0.0772067413969	0.0561644012649	0.0888569867797	0.0630359845696	-0.0256755223102	-0.0764881463906	0.0051940401163	0.120504941275	0.00477770346261	-0.00706414941139	0.109751151921	-0.000205312829725	0.129143539636	70.2228421676	62.6133307686	56.4544889018
4	0.960288472845	0.292305346974	-0.300461190122	1.14455111415	-0.360151983085	1.46364558334	0.0205262030387	-0.0844651320903	0.0582698885655	0.136425042994	0.0591156037841	0.0357863413328	-0.0242011586718	-0.121192723846	0.00975120749269	0.14071631723	0.0121787079023	0.0106433251376	0.151137184593	-0.00136484529063	0.150356709577	92.012979779	25.5562463805	92.8823058194

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 5 - 344 / Label seq-ID: 1 - 340

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	(chain 'A' and resid 5 through 344)	A	A
2	2	(chain 'B' and resid 5 through 344)	B	F
3	3	(chain 'C' and resid 5 through 344)	C	M
4	4	(chain 'D' and resid 5 through 344)	D	P

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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