[日本語] English
万見
- PDB-7qi1: Crystal structure of human 14-3-3 protein beta in complex with CF... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qi1
タイトルCrystal structure of human 14-3-3 protein beta in complex with CFTR peptide pS753pS768 and PPI stabilizer CY007424
要素
  • 14-3-3 protein theta
  • Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
キーワードPROTEIN TRANSPORT / PPI stabilization / Cystic Fibrosis
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of voltage-gated chloride channel activity / positive regulation of cyclic nucleotide-gated ion channel activity / Sec61 translocon complex binding / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation of enamel mineralization / transepithelial water transport / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / intracellular pH elevation ...positive regulation of voltage-gated chloride channel activity / positive regulation of cyclic nucleotide-gated ion channel activity / Sec61 translocon complex binding / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation of enamel mineralization / transepithelial water transport / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / intracellular pH elevation / amelogenesis / ATPase-coupled inorganic anion transmembrane transporter activity / chloride channel inhibitor activity / Golgi-associated vesicle membrane / multicellular organismal-level water homeostasis / cholesterol transport / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / chloride channel regulator activity / membrane hyperpolarization / vesicle docking involved in exocytosis / chloride transmembrane transporter activity / small GTPase-mediated signal transduction / sperm capacitation / cholesterol biosynthetic process / chloride channel activity / RHOQ GTPase cycle / positive regulation of exocytosis / Regulation of localization of FOXO transcription factors / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / Activation of BAD and translocation to mitochondria / ABC-type transporter activity / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / chloride channel complex / protein targeting / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / 14-3-3 protein binding / substantia nigra development / cellular response to forskolin / chloride transmembrane transport / response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to cAMP / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Late endosomal microautophagy / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / PDZ domain binding / ABC-family proteins mediated transport / establishment of localization in cell / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / recycling endosome / Chaperone Mediated Autophagy / Aggrephagy / transmembrane transport / recycling endosome membrane / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / intracellular protein localization / protein-folding chaperone binding / early endosome membrane / transmembrane transporter binding / early endosome / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / apical plasma membrane / protein domain specific binding / lysosomal membrane / focal adhesion / negative regulation of DNA-templated transcription / synapse / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
14-3-3 theta / : / CFTR regulator domain / Cystic fibrosis TM conductance regulator (CFTR), regulator domain / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / : / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site ...14-3-3 theta / : / CFTR regulator domain / Cystic fibrosis TM conductance regulator (CFTR), regulator domain / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / : / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / GLUTAMINE / [2-(2-methylphenyl)sulfanylphenyl]methanamine / TYROSINE / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / 14-3-3 protein theta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Stevers, L.M. / Ottmann, C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)024.001.035 オランダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Macrocycle-stabilization of its interaction with 14-3-3 increases plasma membrane localization and activity of CFTR.
著者: Stevers, L.M. / Wolter, M. / Carlile, G.W. / Macdonald, D. / Richard, L. / Gielkens, F. / Hanrahan, J.W. / Thomas, D.Y. / Chakka, S.K. / Peterson, M.L. / Thomas, H. / Brunsveld, L. / Ottmann, C.
履歴
登録2021年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年10月26日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein theta
B: 14-3-3 protein theta
F: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
E: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
C: 14-3-3 protein theta
D: 14-3-3 protein theta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,43914
ポリマ－114,9766
非ポリマー1,4648
水9,710539
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14590 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area43320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.367, 111.460, 130.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-913-

HOH

21D-391-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 6分子 ABCDFE

#1: タンパク質
14-3-3 protein theta / 14-3-3 protein T-cell / 14-3-3 protein tau / Protein HS1


分子量: 27115.580 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminally truncated 14-3-3 protein beta / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAQ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P27348
#2: タンパク質・ペプチド Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / CFTR / ATP-binding cassette sub-family C member 7 / Channel conductance-controlling ATPase / cAMP- ...CFTR / ATP-binding cassette sub-family C member 7 / Channel conductance-controlling ATPase / cAMP-dependent chloride channel


分子量: 3256.653 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13569, EC: 3.6.3.49

-
非ポリマー , 5種, 547分子

#3: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-Q95 / [2-(2-methylphenyl)sulfanylphenyl]methanamine


分子量: 229.341 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H15NS / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO3 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: 化合物 ChemComp-GLN / GLUTAMINE / グルタミン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N2O3 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 539 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Qiagen Cryos Suite #44 (0.09 M HEPES sodium salt pH7.5, 1.26M tri-sodium citrate, 10% (v/v) glycerol) with an extra 2% (v/v) of glycerol.

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→56.282 Å / Num. obs: 102027 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 28.91 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.76→1.97 Å / Num. unique obs: 4934 / CC1/2: 0.796

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HEP

6hep


解像度: 1.76→56.28 Å / SU ML: 0.1978 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.4139
詳細: A non-canonical order of axes is used in this structure (P2 21 21)
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2411 5010 4.91 %
Rwork0.1952 --
obs0.1975 102027 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→56.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7665 0 94 539 8298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00617951
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.787610740
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431202
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00461386
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.24313016
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.76-1.780.31041790.24933133X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.80.31081470.2523228X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.820.291840.24363160X-RAY DIFFRACTION99.94
1.82-1.850.24821700.22743200X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.870.24981520.2213207X-RAY DIFFRACTION99.97
1.87-1.90.28471700.22893227X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.920.28681690.24413174X-RAY DIFFRACTION100
1.92-1.950.28641750.23583228X-RAY DIFFRACTION99.97
1.95-1.980.27181420.23363202X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.010.28111770.21373224X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.050.26551710.21673169X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.090.2671550.20823270X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.130.26981760.2073184X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.170.27691500.19913213X-RAY DIFFRACTION99.97
2.17-2.220.27921680.19653226X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.270.23811650.19513250X-RAY DIFFRACTION99.97
2.27-2.330.25311770.20243193X-RAY DIFFRACTION99.94
2.33-2.390.23841680.20013222X-RAY DIFFRACTION99.97
2.39-2.460.24771510.21213240X-RAY DIFFRACTION99.88
2.46-2.540.25461600.20763242X-RAY DIFFRACTION99.77
2.54-2.630.28071800.20643197X-RAY DIFFRACTION99.73
2.63-2.730.25551500.21123246X-RAY DIFFRACTION99.5
2.73-2.860.25981690.20393240X-RAY DIFFRACTION99.68
2.86-3.010.26151830.20833215X-RAY DIFFRACTION99.59
3.01-3.20.24581660.20663273X-RAY DIFFRACTION99.74
3.2-3.440.26071510.19193279X-RAY DIFFRACTION99.74
3.44-3.790.20911600.17913269X-RAY DIFFRACTION99.62
3.79-4.340.22231730.15823299X-RAY DIFFRACTION99.66
4.34-5.470.18661880.16973325X-RAY DIFFRACTION99.94
5.47-56.280.21341840.18423482X-RAY DIFFRACTION99.76

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る