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- PDB-7qhy: Structure of a Kluyveromyces lactis protein involved in RNA decay -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qhy
タイトルStructure of a Kluyveromyces lactis protein involved in RNA decay
要素Nonsense-mediated decay protein 4,Nonsense-mediated decay protein 4,Nonsense mediated mRNA decay protein 4 (Nmd4)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA decay / PIN domain / AlphaFold model / RoseTTAFold model
機能・相同性nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / cytoplasm / Nonsense-mediated decay protein 4
機能・相同性情報
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Barbarin-Bocahu, I. / Graille, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-CE11-0003-04 フランス
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: The X-ray crystallography phase problem solved thanks to AlphaFold and RoseTTAFold models: a case-study report.
著者: Barbarin-Bocahu, I. / Graille, M.
履歴
登録2021年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nonsense-mediated decay protein 4,Nonsense-mediated decay protein 4,Nonsense mediated mRNA decay protein 4 (Nmd4)
B: Nonsense-mediated decay protein 4,Nonsense-mediated decay protein 4,Nonsense mediated mRNA decay protein 4 (Nmd4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0509
ポリマ－57,3932
非ポリマー6577
水59433
1
A: Nonsense-mediated decay protein 4,Nonsense-mediated decay protein 4,Nonsense mediated mRNA decay protein 4 (Nmd4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8893
ポリマ－28,6971
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nonsense-mediated decay protein 4,Nonsense-mediated decay protein 4,Nonsense mediated mRNA decay protein 4 (Nmd4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1616
ポリマ－28,6971
非ポリマー4645
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.82, 76.82, 174.31
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Nonsense-mediated decay protein 4,Nonsense-mediated decay protein 4,Nonsense mediated mRNA decay protein 4 (Nmd4)


分子量: 28696.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
遺伝子: NMD4, KLLA0B08107g, KDRO_E07780 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6CVZ8
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.16 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 0.9-1 M Li2SO4 and 0.6 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→43.77 Å / Num. obs: 22619 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 59.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0115 / Net I/σ(I): 30.8
反射 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / Rmerge(I) obs: 3.897 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1648 / CC1/2: 0.605 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold model

解像度: 2.45→43.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU R Cruickshank DPI: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.299 / SU Rfree Blow DPI: 0.237 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.24
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2687 1131 -RANDOM
Rwork0.2295 ---
obs0.2314 22619 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 94.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.8488 Å20 Å20 Å2
2---2.8488 Å20 Å2
3---5.6975 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→43.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2941 0 39 33 3013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083050HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.974115HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1066SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes493HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3050HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion406SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2313SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.83
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.47 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4208 22 -
Rwork0.2762 --
obs0.2827 453 99.56 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8798-0.3852-1.44391.47470.12273.6170.3942-0.1462-0.2954-0.1462-0.398-0.563-0.2954-0.5630.0038-0.09420.2351-0.0130.2556-0.0439-0.138115.42360.619610.542
24.6879-0.99930.48623.08440.22924.32280.2366-0.2334-0.313-0.2334-0.274-0.2082-0.313-0.20820.0374-0.16550.2042-0.0382-0.0328-0.12710.11137.9638-27.1327-4.5071
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A-1 - 234
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 245
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B303 - 306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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