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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qhy | ||||||
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タイトル | Structure of a Kluyveromyces lactis protein involved in RNA decay | ||||||
要素 | Nonsense-mediated decay protein 4,Nonsense-mediated decay protein 4,Nonsense mediated mRNA decay protein 4 (Nmd4) | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN / RNA decay / PIN domain / AlphaFold model / RoseTTAFold model | ||||||
機能・相同性 | nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / cytoplasm / Nonsense-mediated decay protein 4 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Kluyveromyces lactis (酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Barbarin-Bocahu, I. / Graille, M. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022 タイトル: The X-ray crystallography phase problem solved thanks to AlphaFold and RoseTTAFold models: a case-study report. 著者: Barbarin-Bocahu, I. / Graille, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qhy.cif.gz | 165.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qhy.ent.gz | 131.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qhy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7qhy_validation.pdf.gz | 430 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7qhy_full_validation.pdf.gz | 435.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7qhy_validation.xml.gz | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7qhy_validation.cif.gz | 13.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/7qhy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/7qhy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28696.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) 株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37 遺伝子: NMD4, KLLA0B08107g, KDRO_E07780 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6CVZ8 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.16 % |
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結晶化 | 温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 0.9-1 M Li2SO4 and 0.6 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97856 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→43.77 Å / Num. obs: 22619 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 59.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0115 / Net I/σ(I): 30.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.51 Å / Rmerge(I) obs: 3.897 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1648 / CC1/2: 0.605 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: AlphaFold model 解像度: 2.45→43.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU R Cruickshank DPI: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.299 / SU Rfree Blow DPI: 0.237 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.24
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原子変位パラメータ | Biso mean: 94.56 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.38 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→43.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.45→2.47 Å
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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