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万見
- PDB-7qhr: Unexpected imidazole coordination to dirhodium tetraacetate compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qhr
タイトルUnexpected imidazole coordination to dirhodium tetraacetate complex in a protein environment: insights from X-ray crystallography and quantum chemistry
要素Ribonuclease pancreatic
キーワードHYDROLASE / In-crystallo reactivity / protein metalation / dirhodium tetraacetate
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CJI / tri-(mi2-acetato-(O, O')-diaqua-dirhodium(II, II) / octaaqua-dirhodium (II, II) fragment / Chem-D5A / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Loreto, D. / Merlino, A.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Not funded イタリア
引用ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2022
タイトル: Unexpected Imidazole Coordination to the Dirhodium Center in a Protein Environment: Insights from X-ray Crystallography and Quantum Chemistry.
著者: Loreto, D. / Fasulo, F. / Munoz-Garcia, A.B. / Pavone, M. / Merlino, A.
履歴
登録2021年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年6月15日Group: Database references / Non-polymer description / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.formula / _citation.journal_volume ..._chem_comp.formula / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 3.02024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_type / chem_comp ...atom_type / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease pancreatic
B: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3137
ポリマ－27,4172
非ポリマー1,8975
水4,702261
1
A: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7684
ポリマ－13,7081
非ポリマー1,0603
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5453
ポリマ－13,7081
非ポリマー8372
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.500, 32.530, 72.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.295, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease

-
非ポリマー , 5種, 266分子

#2: 化合物 ChemComp-D1O / tri-(mi2-acetato-(O, O')-diaqua-dirhodium(II, II)


分子量: 419.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O8Rh2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-D3I / octaaqua-dirhodium (II, II) fragment


分子量: 239.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2Rh2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CJI / cis-mi2-acetato-(O, O')-N-imidazyl-pentaaqua-dirhodium(II, II)


分子量: 399.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N2O6Rh2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-D5A / trans-mi2-acetato-(O, O')-N-imidazyl-pentaaqua-dirhodium(II, II)


分子量: 416.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11N2O7Rh2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 22% PEG 4000 10 mM sodium citrate pH 5.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50.3 Å / Num. obs: 43550 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.4→1.43 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2863 / CC1/2: 0.8 / Rrim(I) all: 1.079 / % possible all: 87.91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
AutoProcessデータ削減
AutoProcessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JVT

1jvt


解像度: 1.4→50.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 1.395 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 2039 4.671 %
Rwork0.1897 41609 -
all0.192 --
obs-43550 94.3 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 24.977 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.139 Å2-0 Å20.101 Å2
2---0.14 Å2-0 Å2
3---0.278 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→50.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1898 0 67 261 2226
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0132122
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0151809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.9481.7072911
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5171.594199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2035269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.67424.078103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.80115349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.44158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2281
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.022583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02475
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.2429
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1830.21702
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1670.2992
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0840.2977
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2181
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1770.213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2040.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2370.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5272.4571049
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5272.4571048
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7473.6811327
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7463.6811328
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1472.6541072
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1052.6531061
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.653.8861590
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5663.881568
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.54629.9812408
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.5430.0722387
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.4360.3271250.2892863X-RAY DIFFRACTION87.9082
1.436-1.4760.3041170.2732983X-RAY DIFFRACTION92.6756
1.476-1.5180.2681320.2542881X-RAY DIFFRACTION93.4264
1.518-1.5650.2611490.2472785X-RAY DIFFRACTION93.7081
1.565-1.6160.2851350.2352752X-RAY DIFFRACTION94.1925
1.616-1.6730.2731460.222467X-RAY DIFFRACTION89.4557
1.673-1.7360.2491280.2212555X-RAY DIFFRACTION94.3058
1.736-1.8070.2661310.2092469X-RAY DIFFRACTION94.0325
1.807-1.8870.2561090.2122366X-RAY DIFFRACTION94.3216
1.887-1.9790.2381060.1962264X-RAY DIFFRACTION94.9519
1.979-2.0860.216960.1862196X-RAY DIFFRACTION94.9855
2.086-2.2120.2121090.1792024X-RAY DIFFRACTION93.5526
2.212-2.3650.2491200.1791903X-RAY DIFFRACTION95.2448
2.365-2.5540.206760.1661863X-RAY DIFFRACTION96.0852
2.554-2.7970.206790.1771706X-RAY DIFFRACTION96.2783
2.797-3.1260.246750.1751529X-RAY DIFFRACTION96.9184
3.126-3.6070.172700.1641373X-RAY DIFFRACTION96.4572
3.607-4.4120.231590.1611167X-RAY DIFFRACTION96.917
4.412-6.2150.232490.166927X-RAY DIFFRACTION98.0905

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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